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1911年3月16日，约瑟夫·门格勒出生于德国冈兹堡，父亲原来是国家人民党的老一辈党员，后来成为纳粹的忠实拥趸。

门格勒是家族的长子，但他学医还是出于偶然，因为他的弟弟早已表现出了过人的商业天赋，所以他需要去学另一门学科。

1935年，24岁的门格勒在慕尼黑大学拿到了他的第一个博士学位，三年后，他又拿到了自己的第二个博士学位。在此期间，他曾在莱比锡大学医院儿科进行了4个月的学习——后来有人猜测，那段实习的经历让他养成了微笑的习惯，以及对儿童的“偏爱”。

1938年，门格勒被吸收进了纳粹党卫军。党卫军有充足的理由招纳这样一位优秀人才，因为门格勒的第一篇博士论文就是关于人类学的，题目叫作“对于四种种族人类的前下腭部分的种族形态学研究”，第二篇是一篇标准的医学博士论文。

当希特勒正在为怎样证明“雅利安人种是最优秀的人种”而发愁的时候，门格勒的专业知识恰恰是纳粹团队所需要的。

不过，报国心切的门格勒还是先参了军，并随部队一起参加了1941年的苏德战争。在一次战斗中，门格勒负了重伤，随后被评定为“无法参加战斗的人员”，从此他远离了战场。

这对门格勒本人而言可能是一种幸运，但对这个世界上另外几十万人而言，是一个天大的噩耗。

1943年5月，门格勒作为主治医官之一，被派到了奥斯维辛集中营。

奥斯维辛集中营