第五节清军对农民军的攻战与人民的抗清斗争
（一）清朝对农民军的镇压与明王朝的重建
一、顺治帝即位，清军攻占北京
李自成大顺军推翻明朝占领北京之前，清国确立了小皇帝福临（清世祖）的统治，政权操纵在贵族多尔衮等人的手里。
一六四三年（崇德八年）八月九日，皇太极病死。满洲贵族曾为争夺皇位而发生了争议。掌管两红旗的礼亲王代善推戴皇太极长子肃亲王豪格继帝位，得到掌管镶蓝旗的济尔哈朗的支持。原属皇太极统领的两黄旗的一些大臣，也坚持拥立皇太极之子。豪格因固山厄真谭泰、护军统领图赖、启心郎索尼等统率两黄旗的将领们依附睿亲王多尔衮而辞不受位。多尔衮拥有两白旗，实力最强。硕讬（代善子）、阿达礼（代善孙）和多尔衮的同母兄弟阿济格、多铎等拥戴多尔衮继帝位。多尔衮只获得部分贵族的支持，亦无力统御八旗。多尔衮提出立幼辅政的建策，说：“当立帝之第九（原误作三）子（福临），而年岁幼稚，八高（固）山军兵，吾与右真王（济尔哈朗）分掌其半，左右辅政。年长之后，当即归政。”（《沈阳状启》）这样，拥多尔衮派贵族控制了朝政实权，拥豪格派的贵族也因皇太极之子继位，得到部分权利。贵族之间取得妥协而结束了皇位之争。
一六四三年八月十四日，年仅六岁的福临（世祖）即位，改明年为顺治元年。经诸王贝勒公议，济尔哈朗与多尔衮辅理国政，誓告天地。
大清建国前后，就已把消灭明朝作为目标。一六三五年，汉臣张文衡曾向皇太极建策说，中原之地，唯有此时可取。因为明朝“文武大小官员，俱是钱买的。文的无谋，武的无勇。管军马者克军钱，造器械者减官钱。军马日不聊生，器械不堪实用。”（《天聪朝臣工奏议》卷下）明朝的腐朽，早已不堪一击。但满洲贵族奴隶主着意于掳掠人口和财富，清国的力量也还不足以取代明朝的统治。因而皇太极时，主要还是做逐步灭明的准备。顺治帝[① 清朝顺治以后历代皇帝，都只用一个年号，不再改元。习惯上以年号称帝（如顺治帝、康熙帝）而不用庙号（世祖、圣祖）。本书沿用惯例，以便读者。]即位后，多尔衮与济尔哈朗随即发动了灭明的战争。当年九月，济尔哈朗率清军攻取中后所和前屯卫，斩明守将吴良弼和总兵官李辅明。驻守中前所的明总兵官黄色弃城逃走。宁远总兵吴三桂领兵拒守，清军不得前进。
清军分别招抚吴三桂和陕西李自成农民军，以便南下灭明。多尔衮命降清的洪承畴和吴三桂的舅父祖大寿、兄吴三凤、表弟祖可法等写信劝吴三桂投降，被吴三桂拒绝。顺治元年（一六四四年）正月，又派迟起龙到陕西榆林向李自成农民军递送国书，说：“兹者致书，欲与诸公协谋同力，并取中原。倘混一区宇，富贵共之。”（《明末农民起义史料》页四五五《清帝致西据明地诸帅书稿》）。三月三日，迟起龙到达榆林，会见农民军将领，请求转呈李自成。李自成不予答复。
大顺军经由山西、河北向北京进军，明朝急令吴三桂放弃宁远，入卫京师。吴三桂率领军兵四万、丁口七八万人，撤离宁远。清国闻讯，即修整军器，储粮秣马，准备四月初乘机大举南侵。大学士范文程上书多尔衮说：“有明流寇踞于西土，水陆诸寇，环于南服，兵民煽乱于北陲，我师燮伐其东鄙。四面受敌，其君若臣，安能相保耶？”“盖明之劲敌，惟在我国，而流寇复蹂躏中原。正如秦失其鹿，楚汉逐之。我国虽与明争天下，实与流寇角也。”（《清世祖实录》卷四）范文程提出争夺中原的主要敌手是大顺农民军。并且认为要战胜农民军，“当申严纪律，秋毫无犯”，“官仍其职，民复其业”，维护汉地原有的封建秩序。（《清世祖实录》卷四）三月十九日，李自成占领北京。四月初，清军“急聚兵马而行，男丁七十而下，十岁以上，无不从军。”（朝鲜《李朝仁祖实录》七）多尔衮亲自统率约占三分之二的满洲、蒙古八旗兵和降将孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥（毛文龙部将，崇德三年降清）的汉军南下，范文程、洪承畴、祖大寿等同行。行至辽河，多尔衮向洪承畴徵询进军策略。洪承畴上书说：“宜先遣官宣布王令，示以此行特扫除乱逆，期于灭贼”，“不屠人民，不焚庐舍，不掠财物。”建议清兵“出其不意，从蓟州、密云近京处疾行而前，贼走则即行追剿，傥仍坐踞京城以拒我，则伐之。”（《清世祖实录》卷四）多尔衮采纳洪承畴策，加速了进军日程。
吴三桂率领宁远军入卫明廷，三月二十日到达丰润。得知李自成进据北京，立即退驻山海关。李自成命吴襄写信招降，得吴三桂允诺。李自成遂派唐通带白银四万两犒师，调两万起义军去山海关接防。吴三桂带领兵民由永平来京，途中得知大顺拘禁了他的父母和爱妾陈圆圆，拷掠明朝大臣，又疑虑反悔，随即返回山海关，击败接防的农民军，举兵反大顺。
吴三桂举兵的消息传到北京，大顺诸将意见不一。牛金星说：“我新得京师，人心震叠，彼必不敢轻动。亟即真而颁爵赏，示激劝，偏师往击，未晚也。”（《谀闻续笔》卷一）刘宗敏、李过等将领也互相推诿，不愿率先出征。李自成以为“三桂与北兵（清军）久相仇杀，必不相救。”（《辛巳丛编?吴三桂纪略》）他命令牛金星留守北京，四月十三日亲率大军六万，号称二十万，带着崇祯帝太子、永王、定王及吴襄等仓卒东征。宋献策劝阻说：“皇爷去，皇爷不利；三桂来，三桂不利”（《东明闻见录》），自成不从。吴三桂见大顺军来战，派副将杨坤、游击郭云龙向多尔衮请兵，镇压大顺农民军。
四月十五日，清军师次翁后，遇到吴三桂的请兵使者。多尔衮喜出望外，给吴三桂回信说，他要“沉舟破釜，誓不返旌，期必灭贼，出民水火。”（《清世祖实录》卷四）随即改变进军路线，日夜兼程向山海关进发。山海关二十一日，李自成农民军赶到山海关。当日即在石河西和山海关的外围城东罗、北翼，分三路围攻，与吴三桂军展开激战，吴军困苦难支。是日夜间，清军到达山海关外，吴三桂剃发降清。
二十二日，李自成从北山至海滨列一字长蛇阵。多尔衮命吴三桂军去打头阵。农民军伸展两翼围吴军数重，展开激战。中午时分，忽起大风。清英王阿济格、豫王多铎率军出战，自侧翼猛攻农民军。农民军阵势大乱。李自成立马高冈观看，顿足叹息说：“此必北兵也。三桂真挟北兵来耶！”（《烈皇小识》卷八）急策马先走，大顺军败溃。
李自成退至永平，斩吴襄。二十六日返回北京。二十九日，李自成在武英殿仓促举行典礼，宣布即皇帝位，接受文武官员朝贺。三十日，大顺军撤出北京，经真定入山西，向陕西转移。
多尔衮与吴三桂军自山海关南下。范文程向各地官员传檄宣布：“义师为尔复君父仇，非杀尔百姓，今所诛者唯闯贼。吏来归，复其位；民来归，复其业。师行以律，必不汝害。”（《清史稿?范文程传》）清军下令“不许擅取为奴，不许跣剥衣服，不许拆毁屋舍，不许妄取民间器用，..犯此令者，杀一儆众。”（《沈馆录》卷七）清军南下途中，明永平、抚宁、昌黎、滦州、玉田、蓟州、丰润等地官员相继投降。多尔衮和吴三桂五月一日顺利到达通州。五月二日，多尔衮率清军由北京东城门朝阳门进入京城。多尔衮在明皇宫武英殿升座，明朝官员跪降。多尔衮在通州派吴三桂与谭泰部清军追击李自成，至真定受阻，五月二十二日返回北京。
清军从大顺农民军手里夺取了北京，随即发布文告，宣称农民军是明朝臣民“不共戴天的仇人”，清军是为明朝报君父之仇。并且陆续采取了一系列的措施，争取明朝降官和汉族地主的支持，以稳定其统治。
一、殡葬崇祯皇帝和皇后，官民带孝三天，追諡崇祯皇帝为怀宗端皇帝，墓号思陵，以示对亡明的尊重。
二、宣布“官来归者复其官”，降清的汉族文武官员，都升级任用。明朝革职官吏及山林隐逸（没有做官的失意士人），也一概录用。
三、实行科举考试。宣布会试（进士考试）定在辰、未、戌、丑年，乡试（举人考试）定在子、卯、午、酉年。凡是被黜革的举人，仍准会试。第二年闰六月，浙江总督张存仁说：“读书者有仕进之望，从逆（抗清）之心自息。”（《清世祖实录》卷一八）行科举旨在招纳文人，消弭反抗。
四、宣布“民来归者复其业”，即恢复汉族地主的田产。第二年三月，又颂布了更为具体的命令：凡是农民在战争期间将地主霸占的土地夺回者（即“均田”），一律要退还给地主，否则以党“寇”（对农民起义军的蔑称）治罪（《清世祖实录》卷一五）。
五、宣布按照明朝会计簿（万历初年张居正所定的租税簿）租税额，征收地亩钱粮。正额之外，蠲免“三饷”等一切加派，以减轻土地所有者的负担。
六、宣布文官衣冠，暂用明制。原来，清军占领北京的当天，曾颁布过剃发令，引起汉族人民的反抗。五月二十三日，宣布撤消剃发令，以缓和人民的反抗情绪。
清朝的这些政策，对争取汉族地主阶级的支持，取得一定的效果。顺天巡抚宋权对他的部下说：“我封疆臣，国亡无所属，复故主（崇祯皇帝）仇者，即吾主也。”（《碑传集》卷七）他投降清朝前后，捕杀和瓦解境内农民起义军数千人。山西巡抚李鉴、大同总兵姜瓖、背叛大顺降清的唐通，先后在各地袭击大顺农民军，投降清朝。明朝在籍官员，大学士谢陞（山东德州人）、吏部尚书田维嘉（河北饶阳人）、兵部侍郎谢启光（山东章邱人）、侍读孙之獬（山东淄川人）、给事中李鲁生（山东霑化人）等都在原籍组织地主武装，捕杀大顺地方官，镇压当地抗清义军，归降清朝。清军变掳掠为招降，汉族地主官员相继降清。农民军的抗清斗争更加困难了。
九月，清顺治帝自盛京到北京。十月初一日祭告天地，定都北京，建立起清朝的统治。加封多尔衮为叔父摄政王，济尔哈朗为辅政叔王，太祖十二子阿济格进封为英亲王，太祖十五子多铎为豫亲王。太宗长子豪格，因反对多尔衮，经固山厄真何洛会告发，曾被削去王爵。因在中原作战有功，又恢复肃亲王的爵位。
顺治帝建都北京后，全国各地仍然遍布着反抗清军的武装力量。李自成大顺军回到陕西，在准备反攻。明宗室福王在南京建号，准备恢复明朝的统治。张献忠领导的农民军在四川建立大西国，在西南地区得到发展。
清朝随即派出大兵由多铎和阿济格率领，去攻打大顺军和江南的福王。
二、大顺军反攻的失败
李自成率领大顺军自河北西出固关，到达山西平阳，整顿军马。部署大将陈永福守太原，康元勋守汾州，自领大兵进驻西安。不久，清兵入山西，陈永福被擒。李锦（即李过）败于大同，领兵入陕西，驻守绥德。李自成以陕西为基地，仍有兵数十万人，积极准备反攻。
大顺军自北京败退后，占领区内的地主豪绅纷纷组织武装，杀害大顺官员，乘机反扑。河南境内的洛阳、开封、南阳等地各有地主武装数十百起，多者数万人，少者千人。大顺将军李岩请求领兵去河南镇压。大学士牛金星密告李自成说，河南是李岩故乡，请领大兵，是要谋反。李自成听信谗言，斩李岩。大顺军制定政策，多出李岩之手。负有声威的李岩无辜被杀，军中将士多怀不平。刘宗敏、宋献策怒骂牛金星擅杀大将，应该处死。大顺军败退后处于困境，文臣武将不能同心戮力，反而互相疑忌攻讦。李自成举兵反攻更加困难了。
一六四四年七月，李自成率领大顺军大举反攻清军，发布北伐文告，声称要打到辽东，消灭清朝。说：“从长安起马，三路行兵，指日前来，先恢剿宁武、代州、大同、宣府等处，后赴北京、山海，剿除辽左。至叛逆官兵，尽行平洗。顺我百姓，无得惊遁。”（《明清史料》甲编第一本）这年八月，山西的大顺军攻克井陉；陕北的大顺军，在李锦指挥下进攻府谷，直逼大同。十月，河南的大顺军渡河进攻怀庆。李自成率军在韩城居中策应。清宣大总督吴孳昌飞启告急说：“闯贼现在韩城，欲催兵渡河，复攻山西。”“流贼蔓延，已至绛州地方。”“伏望皇上轸念残疆，于平、蒲之间驻真满洲兵（八旗兵）三二千，以遏狂氛而固重地。”（《清代档案史料丛编》第六辑）一六四四年冬天，清军发动钳形攻势。英王阿济格和吴三桂、尚可喜率兵经大同边外草地，向榆林、延安进攻；豫王多铎和孔有德、耿仲明率兵由河南怀庆进攻潼关。两路企图会师西安，围歼大顺军于关中。十二月，多铎由孟津渡河，经过洛阳，二十二日到潼关城外立营，大顺军立即将清军的前锋营三千人包围。李自成亲自赶到潼关指挥作战，依山列阵，在城外挖濠树栅，防备清兵的冲击。次年正月初四日，刘芳亮领兵攻击清营，五六两日连夜劫营。十一日，清军用炮轰击潼关，大顺军的骑兵横冲敌军，又包抄敌人后路，屡次获得胜利。这时，阿济格带兵从保德州结筏渡河，突破大顺军的北部防线，败李锦军，经过绥德、延安，进逼西安。大顺军处于腹背受敌的局面，李自成率大顺军由蓝田，出武关，向湖广转移。清军十三日进潼关，十八日到西安，李自成已于五天前撤走了。
李自成领兵出武关，进驻襄阳。阿济格、吴三桂率领清军追击。农民军在邓州、承天、德安等地迎战，不胜。撤出襄阳。牛金星降清。四月间，明左良玉部自武昌东下。李自成率大军乘虚进驻武昌城。各部将领在武昌聚集，仍有兵三十万人。清兵追来，大顺军又弃武昌南下，在富池口战败，刘宗敏被俘牺牲，宋献策俘后降清。五月，李自成率轻骑二十余人，登上通山县九宫山察看地形，遭到地主武装（乡兵）的突然袭击。李自成被害牺牲，年四十岁。大顺军丧失领袖，各部分散活动。郝摇旗、田见秀、袁宗第等部在湖南。李自成侄李锦与自成妻弟高一功率部在荆州继续抗清。
李自成自一六三〇年投身起义军，坚持战斗了十五年。作为农民领袖，他先后率领近百万的起义群众，向着地主阶级和明王朝的统治展开殊死的搏斗，占领了陕西、河南等地广大地区，并终于推翻了腐朽的明王朝，取得巨大的胜利，在中国历史上写下了光辉的篇章。李自成本人始终保持起义农民的本色，身先士卒，不慕荣利。进驻北京时，仍然布衣毡笠，跨马入城，而不象黄巢入长安那样乘舆衣锦，在农民领袖中也是罕见而难能可贵的。但是，李自成领导的农民军长期处于自发斗争的状态，只满足于免赋和“均田”（夺取田地）而缺少必要的斗争纲领和有效的政治措施。随着农民战争的胜利，农民军的许多严重的弱点逐渐暴露，显示出勇于作战的领导者们缺乏远见和政治才能。面对着明清两国和满汉两族统治阶级的进攻，农民战争终于遭到镇压而失败。农民起义推翻明朝的成果，被满洲贵族所篡夺。广大农民依然处在封建地主阶级的压迫之下。历史再一次证明，没有先进阶级的领导，农民阶级即使发动了象李自成起义这样规模巨大的农民战争，要取得本阶级的胜利和解放，也是不可能的。
三、福王复明的失败
大顺军进北京推翻明朝后，明朝陪都南京的文武大臣议立新君，图谋复明。兵部尚书史可法、兵部侍郎吕大器、左都御史张慎言、詹士姜曰广等主张拥立潞王常涝；凤阳总督马士英结纳靖南伯黄得功及高杰、刘泽清、刘良佐等将领主张拥立福王由崧。两王这时均在淮安。马士英发兵护送福王到仪征。一六四四年五月初二日，胁迫诸臣拥立福王在南京监国。五月十五日，福王在南京称帝，定明年为弘光元年。史可法、高宏图、姜曰广、马士英、王铎并为大学士。十九日，史可法到扬州督师，马士英主持内阁。福王集团有兵五十万人，控制着淮河下游以及长江以南的广大地区。
福王集团把大顺军看作是他们的主要敌人，声称要“讨贼复仇”。六月间，得知清军已占领北京，便派遣兵部侍郎左懋第、左都督陈洪范、太仆寺卿马绍愉去北京通使致谢，并“相约杀贼”。内阁议定与清朝谈判的原则是：（一）不屈膝辱命，要保持天朝体统；（二）山海关外土地割让给清朝；（三）每年赠给清朝岁币银十万两。
七月间，使臣左懋第等出发，携带金一万两、银十万两、绸缎一万匹作为酬谢清朝“破贼”的礼品；还带有晋封吴三桂为蓟国公的敕书和赏赐吴三桂的银币。
清朝的回答是，协同“讨贼”是可以的，重建明朝是不允许的。十月十四日，清大学士刚林接见左懋第等，指责说：“我国发兵为你们破贼报仇，江南不发一兵。突立皇帝，这是何说？”左懋第辩解说：当今皇帝乃神宗嫡孙，臣民拥戴，应承大统。现在“整练兵马，正欲北来剿贼。传闻贵国已发兵逐贼，以故不便前来，恐疑与贵国为敌。特令我等来谢，相约杀贼耳。”刚林说，“毋多言。我们已发大兵下江南。”使臣要祭告陵寝，也被阻止（《北使纪略》）。十一月，清朝扣留了持节不屈的左懋第（次年闰六月被杀）和马绍愉，放回了暗地投降的陈洪范。清朝进攻江南的意图已十分清楚。史可法向福王上奏说：清朝是那么强，我们是这样弱。清行仁政（指替明朝报仇），我们渐失人心。臣恐恢复无期，就是偏安也未必能办到（见《明季南略》卷七）。
福王政权被马士英等揽权行私、贪财好货的人所把持。福王深居宫中，天天以演杂剧、饮醇酒、淫幼女为乐。他命令大学士王铎书写楹联：“万事不如杯在手，一年几见月当头”（《小腆纪年》卷八）。国破家亡，大敌当前，福王依然沉湎酒色。马士英等借口筹集兵饷，搜括民财，兴修宫殿，卖官鬻爵。民间流传：“都督多似狗，职方（兵部管地图官员）满街走，相公止爱钱，皇帝但吃酒”（《续幸存录》）；“扫尽江南钱，填塞马家口”（《豫变纪略》卷六）等谚语。民众对福王腐朽集团已经厌弃。集团中人，也还在相互攻击。
马士英荐举原附阉党的阮大铖参加内阁，排斥东林官员高宏图、姜曰广、张慎言等人。江北四镇的将领刘泽清、高杰、黄得功、刘良佐争夺地盘，相互火併。马士英命刘泽清驻淮北，管辖淮海区；高杰驻泗水，管辖徐泗区；刘良佐驻临淮，管辖凤寿区；黄得功驻庐州，管辖滁和区。每镇额兵三万人，粮饷就地自筹，所得城池，即归本镇管辖。马士英还教唆刘泽清等人联名攻击东林官员吕大器、刘宗周，词连姜曰广。朝廷内外，都卷入派别纠纷之中。
史可法受命督师扬州，四镇并不听节制。他断定清军必然要南下，只能鼓励高杰领兵北上。弘光元年（一六四五年）正月，高杰被降清的叛将许定国谋杀。二月间，清廷命令追击李自成的多铎军移兵河南，大举南侵。
亡明与农民军作战的平贼将军左良玉驻守武昌，有兵数十万，与马士英对立。东林官员多依附左良玉，以求自保。三月底，左良玉自武昌领兵东下，声讨马士英。自汉口至蕲州，列舟船二百余里。武昌被李自成攻占。马士英急调江北各镇抵御左军，而不对清兵设防。四月初，清多铎攻占归德，淮南告急。史可法奏告说：左良玉并不敢与朝廷为难，清兵一来，国必灭亡。福王也对马士英说：“良玉虽不该进逼南京，我看他的奏章，原不曾反叛。如今还该守淮南。”马士英大声反对，说：“这都是左良玉死党的谬论，不可听信。我已派黄得功、刘良佐渡江了。宁可君臣死于清兵，也不可死于左良玉之手。谁敢说守备淮扬，斩首不赦”（《明季南略》卷八）。
这时，清军别部由固山厄真准塔率领，从山东进攻徐州，史可法部将总兵李成栋败降。又攻淮安，刘泽清兵败，降清。通州、泰州等地均为清军所占有。四月初五日，多铎军从归德进攻泗州，渡淮。十八日，到达扬州城下。
驻守扬州的史可法，这时被福王调离，去抗御左良玉军。史可法行至浦口，闻清军来攻，急速返回扬州，调令各镇来援。各镇均不听命。只有总兵刘肇基率兵二万，同扬州官民防守城池。十九日清军攻城，史可法领导军民抵抗七昼夜。刘肇基领兵巷战。二十五日城破，无一人投降。清兵在城中杀掠十日，繁华的扬州，被焚毁殆尽。史可法在巷战时被俘。多铎向他劝降，说：“前次写信诣见，先生不从。现在先生对旧朝忠义已成，当负重任替我大清收拾江南。”史可法严词拒绝，说我此来只求一死。三日后被杀。
五月初九日，清军渡江。十五日到达南京，马士英逃往浙江，福王出奔芜湖，大学士王铎、尚书钱谦益等投降，跪迎多铎进城。沿途降清的将官有二十三人，马步兵二十三万八千人。多铎派兵进攻芜湖，黄得功战死。五月二十二日，总兵田雄、马得功献出福王和王妃降清。福王被押解到北京，次年被清朝处死。福王集团完全失败了。
左良玉在四月间行至九江病死。五月，子梦庚在九江率马步兵十三万降清。
马士英率兵士四百人，拥宗室潞王常淓等至杭州。阮大铖等人继至。多铎命贝勒博洛领兵追击。闰六月，清军占领杭州。潞王降清，马士英、阮大铖等逃走。
（二）各地人民与南明宗室的抗清斗争
以顺治帝和多尔衮等为首的满洲贵族篡夺了李自成农民起义的果实，并击败了明室福王的复辟企图，占领了长江中下游广大的地区。但各地人民反抗清朝的斗争仍在继续发展。江南地区江阴、嘉定等地的人民掀起壮烈的斗争。福王败后，明室官员先后拥立鲁王、唐王、桂王等宗王，在两广、福建地区，举起抗清复明的旗帜，史称南明。李自成死后，各地的大顺农民军分别在李锦、高一功、郝摇旗等将领率领下，抵抗清军，进而投附到南明的旗帜之下。张献忠领导的大西军在四川建立大西国，进而占领了云南、贵州，也联合南明抗清。斗争形势的变化是：原来反明的农民起义军转而拥明抗清；原来企图联合清军镇压起义军的明王室转而联合农民起义军，抵抗清军。战争延续了十余年之久。斗争的结果是：清军先后消灭了起义农民和南明王室这两大敌人，在人民的血泊中，建立起清朝的统治。
下面，分别叙述各地抗清斗争的发展及其失败。
一、江阴、嘉定人民的抗清斗争
一六四五年六月，清军消灭福王集团后，降臣赵之龙、钱谦益等向多铎建策说：“吴下民风柔弱，飞檄可定，无烦用兵。”（《嘉定屠城纪略》）他们的门客并奉命去苏州招降。清朝将南京改为江南省，应天府改为江宁府。阿济格在收降左梦庚等后即班师回京，多铎也在六月班师。七月，清朝命贝勒勒克德浑为平南大将军，与固山厄真叶臣去江南代多铎。
这年六月，清朝重颁剃发之令，引起了江南人民的反抗。明朝汉人男子都蓄长发梳髻。满族的传统是男子将顶发的四周剃去寸余，中间长发分三绺编成一条长辫，垂于脑后。除父母丧和国丧百日内外，四周边缘的头发必须时时剃除，不许养长，叫做“薙（剃）发”。金国和清国在辽东时期，按照氏族部落的习惯，收降汉人如同收养氏族成员。因此汉人降清的臣民，均须剃发，改为满族发式，以示降顺。剃发或不剃发，于是成为投降或不投降的一个政治标志，规定“有不薙发者，察出处死。”（《清太宗实录》卷六）满洲贵族强迫汉人遵从满族风俗作为建立统治的象征，明朝官员和汉族民众则把不剃发视为保持民族传统的大义所在。围绕剃发与不剃发，展开了激烈的斗争。
清军入关后，满洲贵族曾把剃发制度推行到关内。清军和吴三桂联军在山海关战败李自成的当天，多尔衮即令山海关城内军民剃发。到北京后，又命令：“投诚官吏军民，皆著薙发，衣冠悉遵本朝制度”，并向近京各州县发布文告说，“檄文到日，薙发归顺者，地方官各升一级”，“有虽称归顺而不薙发者，是有狐疑观望之意，..显属抗拒。”（《清世祖实录》卷五）这一命令，遭到汉族人民的强烈反对，一时间人情汹汹，有的伺机外逃，有的酝酿聚众起义。清廷不得不下令“自兹以后，天下臣民照旧束发。”（《清世祖实录》卷五）降清的地方只需呈献户口、兵丁、钱粮册籍，官民不必剃发。剃发令的暂时停止，缓和了满汉民族间的矛盾。清朝消灭福王集团，占领南京后，以为天下大局已定，又恢复实行剃发。
一六四五年（顺治二年）六月五日，清廷遣官到南京往谕多铎，命令江南降顺官员、军民全部剃发，倘有不从，军法从事。十五日，多尔衮又向全国发布命令说：“向来薙发之制，不即令画一，姑听自便者，欲俟天下大定，始行此制耳。今中外一家，君犹父也，民犹子也。父子一体，岂可违异！若不画一，终属二心。”规定自布告之日起，京城内外限十日，直隶各省自部文到日亦限十日，全体官民，“尽令薙发，遵依者为我国之民，迟疑者同逆命之寇，必置重罪。若规避惜发，巧辞争辩，决不轻贷。”又规定“其衣帽装束，许从容更易，悉从本朝制度，不得违异。”二十八日，又传令江南、江北未定地方从速归顺，下诏说“仍立与限期，近者一月，远者三月，各取薙发投顺遵依文册汇奏。”（《清世祖实录》卷十七）从此以后，剃发成为不可稍缓的法令，而且越来越严。有的地方限三日剃完，有的则关起城门，强令一日全剃。剃发不如式或剪而不剃者，罪至论死。在苛法滥刑的威逼下，江南各地人民纷纷起来反抗，江阴、嘉定两城人民的斗争尤为壮烈。
江阴人民的斗争 一六四五年六月二十八日，降清的江阴知县方亨强制推行剃发令。次日，江阴居民要求留发，遭到拒绝。群众当场指斥他说：“你是明朝进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞？丑也不丑？”（赵曦明《江上孤忠录》）闰六月初一日，城北青年在季世美、季从孝、王试、何常、何泰等率领下，持械鸣锣进入城中。在县衙门前后，放枪呐喊，四门有一万多人响应。揪出方亨，扯破他的冠服。方亨诡称备文详请免剃，骗过民众。清军在各处宣称“留头不留发，留发不留头。”秀才许用等百余人在文庙集合，提出“头可断，发决不可薙”（《江上孤忠录》）的口号。四乡人民闻风响应，参加反剃发斗争的群众达数十万人之多，虽三尺童子，也誓死战斗到底。群众推举典史陈明遇为城主，部署城乡防务。
七月初五日，清朝常州知府派兵三百，偷袭江阴，在路上就被反清的农民消灭了。清朝又派马步兵千人，并调来舟师配合进攻江阴。初七日，季世美率领“冲锋营”，在虞门外迎击，清军受阻，不得前进。初八日，双桥农民歼灭了舟师，沉重地打击了清军。
清朝继续增调军兵攻城。七月初九日，陈明遇邀请前典史阎应元进城，领导抗清斗争，整顿队伍，加强城防。四乡农民听到消息后，带着武器、粮食进城，参加守卫。城内居民，争先供应各种军用物资。徽州商人陈璧先后捐银十七万五千两，并自告奋勇，到洞庭、徽州等地去请援兵。在阎应元的领导下，江阴各界人民团结抗清，增强了战斗力量。
七月初，守城战斗已经非常激烈。清军在降将刘良佐率领下攻城，在炮火的掩护下，架云梯爬城。守城战士用长矛大刀，砍杀登城敌人，并投掷砖石、火罐，发射毒箭，打击城下敌人。清兵惊慌失措，说：“我们从北京打到南京，未遇劲敌，想不到江阴这块弹丸大的地方，竟有这么大的力量！”清军屡次攻城不能取胜，便由刘良佐出面劝降。阎应元坚定地回答他说：“有降将军，无降典吏。”（《江上孤忠录》）城上火箭齐发，刘良佐狼狈逃命。当时，清军已经攻陷松江、昆山等地，就调集兵力围攻江阴。江阴人民守城三个月，八月二十日城破，居民继续展开激烈的巷战。陈明遇战死，阎应元受伤被俘，英勇牺牲，全城无一人投降。清军在城中屠杀数日，江阴城被破坏无余。
据说，清军此次攻城，兵力共用二十四万人，战死七万五千多人。当地还传说，江阴人民打死了清朝三王十八将。这虽与史实不符，但反映了人民群众对江阴抗清英雄们的赞颂。
嘉定人民的斗争 清朝的剃发令传到嘉定。闰六月十三日，嘉定各村人民组织起来进行反抗。王家庄有兵七百人，石冈兵一千人，南翔兵二千人，罗店、葛隆兵各千人，外冈、娄塘兵更以善战闻名。十四日，向驻在东关的清军（李成栋驻吴淞，部下梁得胜于初八日驻此）发动进攻，击毙八十四人，焚毁船只四十多艘，清军残兵败将狼狈逃窜。这时，太仓士绅已经率先剃发，四乡农民起而反对，封锁了城乡交通，使各地清军失去联系。十五日，李成栋派骑兵四十多人，向太仓告急，路经罗店被农民包围。突围后又在时家坟遭到袭击，掉头后退，被罗店、月桥农民截击，大部分伤亡，只有少数人逃归吴淞。嘉定人民又在罗店、北关、娄塘与清军进行了三次大规模的战斗。娄塘战役，参加战斗的人民在砖桥会师，多达十万人。
闰六月十七日，嘉定人民推举进士黄淳耀、前通政使司左通政侯峒曾主持城防，集众公议，划地分守，城楼上悬挂起“嘉定恢剿义师”的大旗。七月初三日，清军猛烈攻城，用重炮轰击。城墙坍塌，城内人民用木料堵塞，守城军士伤亡，就立即补充。初四日五更大雨，城上军士已露立三昼夜，两眼肿烂，遍体淋湿，饮食断绝，身疲力尽，昏晕难以支持。清军乘机登城，拥进城内，侯峒曾仍在城楼上指挥战斗，声色不变。二子在旁问道：“事急了，怎么办？”峒曾回答说：“死就是了，有什么说的！”（《嘉定屠城纪略》）随后，投河自尽。黄淳耀也自缢于僧舍。军士无一人投降。
清军攻进嘉定城，大肆屠杀，掳夺财物。李成栋用三百只大船运走了他掠夺的金帛子女。但是，清军的残暴行为，吓不倒英雄的嘉定人民。二十天后，江东人朱瑛自称游击将军，带兵五十人回到城里，会同市民赶走了从太仓来的清兵。李成栋赶忙派万国昌领兵到葛隆，驻守织女庙。葛隆、外冈、马隆等地人民，重新集结，捕杀剃发的人。二十四日，葛隆、外冈人民联合出击，奋勇杀敌，赶走了屯驻在织女庙的清军。二十六日黎明，清军乘人民武装力量尚未集合时，偷袭葛隆镇、外冈镇。二十七日，清军攻进嘉定，再次屠城。八月十六日，明把总吴之蕃起兵江东，反攻嘉定，失败，嘉定又遭到第三次大屠杀。嘉定人民先后有十几万人参加武装抗清斗争，前仆后继，不屈不挠，牺牲两万人。被人们称为“嘉定三屠”的历史事件，不仅表示了清军的暴行，也表示了广大人民不甘屈服的战斗传统。
江南地区人民抗清斗争此伏彼起。一六四五年六月剃发令下，生员陆世钥毁家充饷，募集二千余人在太湖起兵抗清。清军占领吴江，县丞朱国佐投降。诸生吴鉴直入县署骂国佐，国佐执送苏州府。知府逼吴鉴招出党援，吴鉴大声说：“孔子、孟子、张睢阳、颜平原皆是也。何问为？”（《南疆逸史》卷三十六）遂被杀。明职方主事吴易率众杀朱国佐，与举人孙兆奎等聚千余人在长白荡举起抗清义旗。随后，吴易与陆世钥、明松江提督吴志葵合兵进攻苏州。时在苏州的清侍郎李延龄、巡抚土国宝指挥清军反攻，吴易等败绩。明中书舍人卢象观（象昇弟）拥宗室朱盛沥起兵，率军攻打南京，战败，进入太湖坚持斗争。
闰六月，清兵破池州。明御史金声与诸生江天一集义勇起兵绩溪，郎中尹民兴与生员赵初浣坚守泾县，阻挡清军向前推进。贡生吴应箕题壁曰：“韩亡子房奋，秦帝鲁连耻”（《明季南略》卷九），奉宗室朱盛浓起兵，收复被清军占领的建德、东流。
这些抗清斗争虽然不久失败，但延缓了清军的进攻日程，使浙东、福建的明朝官员得以重建南明，组织抗清力量。
二、南明的再建与农民军抗清斗争
清朝占领南京和杭州后，浙东和福建的明朝官员又拥立明宗室鲁王和唐王，建立政权抗清。大顺诸军也相继南下，并与南明相结合。张献忠在四川率领的大西军，也树起了反清的旗帜。一六四五年十一月，清廷命洪承畴驻防江宁（南京）。代多铎领兵的勒克德浑与叶臣进军湖广，追击大顺军。又命何洛会为定西大将军，进兵四川，去攻打张献忠部。一六四五年秋至一六四六年秋季约一年多的时间，各地人民与清军展开了又一个回合的搏斗。
浙东鲁王 一六四五年五月，福王败亡。明兵部尚书张国维在东阳起兵，吏科给事中熊汝霖在余姚起兵，刑部员外郎钱肃乐与举人张煌言等在鄞县起兵，纷纷组织义军，据地抗清。六月，共同迎立在台州的鲁王以海至绍兴，建立临时政权，号为监国，不立年号。定海总兵王之仁率领的官军成为鲁王政权的主力军，与浙东义师多次抵抗清兵，获胜。南京陷后，总兵方国安逃跑，也自浙西来会。闰六月，福州唐王聿键建号称帝，向鲁王颁诏。张国维、熊汝霖主张两王军都是抗清义兵，倘若奉诏，即不能以鲁王名义号令军兵。钱肃乐以为大敌当前，不可互相对立，应称皇太侄报命。诸臣因而不和。方、王率领的官兵取得地丁正饷，各地义兵只能由富户捐输义饷。方国安甚至并取义饷。各军因争饷也彼此不和。马士英、阮大铖等逃依方国安，求附鲁王。鲁王拒不接见。一六四六年三月，清兵入钱塘，张国维与王之仁抗清获胜。进而领兵攻打杭州，不胜，回师。五月，清将博洛遣图赖等来攻方国安营，方国安与马、阮等劫持鲁王逃跑。鲁王中途脱身入海，由石浦守将张名振扈从去舟山。张国维退守东阳，败死。清兵占领绍兴。王之仁兵败，至南京，大骂洪承畴后就义。方国安与马、阮等降清，被清朝处死（一说阮大铖自杀后被戮尸）。鲁王至舟山，守将不纳，转到中左所（厦门）。由总兵官郑芝龙的从子郑彩送入长垣，仍保持监国的空衔。鲁王政权抗清复国的企图失败了。
福州唐王 一六四五年闰六月，原镇江总兵郑鸿逵、泉州总兵官郑芝龙、礼部尚书黄道周、福建巡抚张肯堂等，拥立唐王聿键在福州即皇帝位，建元隆武，称福州为天兴府。唐王曾经赞赏江阴人民的抗清斗争说：“我家（明宗室）子孙，遇到江阴的三尺童子，也要尊敬”。慨然以“复仇雪耻”为务。但是，控制唐王政权的郑芝龙，原是泉州海盗，接受明朝招抚，有兵二十余万，垄断海上贸易。他总揽军政大权，搜括财物，田园遍布闽广两省，又增置庄仓五百余处。郑芝龙只求保存财产禄位，并不想奋力抗清。唐王和大臣的出师抗清之议，都被他阻挠。
九月间，大学士黄道周亲率门生亲故百余人出师北伐，郑芝龙不派兵、不供饷，只有唐王空札数百道，用以招兵筹饷。沿途农民携带锄头、扁担参军，被称为“扁担兵”。出杉关时，已有万余人。到广信以后，获悉徽州失守，分道出兵，伤亡很大。十二月，在婺源被清总兵张天禄俘虏，解送江宁（南京）。洪承畴亲自来见，黄道周大呼道：“洪承畴早在松山战死了，先帝（崇祯）曾哭祭过，哪还能活着！这是无耻小人冒名顶替吧！”他拒绝了清朝的诱降，于次年三月在江宁被杀。
唐王政权由于得到大顺农民军的支持，而展开了抗清的斗争。
一六四五年夏季，李自成牺牲前后，大顺军各部分别向湖北的大江南北集结。李锦屯兵西山（湖北巴东一带），准备大举进攻清军。高一功率领部队由夔府来与李锦合营，攻克荆门、当阳等地。七月，农民军万人围攻荆州。大顺军田见秀、刘芳亮、吴汝义、袁宗第、刘体纯、郝摇旗、张鼐、党守素、蔺养成、王进才、牛万财等部，从四月间即陆续向大江以南转移。李自成牺牲后，他们“结盟同心”，准备与李锦合营。清朝官员报告说，他们在岳州湖上，“又以不薙头为名，号召叛党，聚集亡命”（《明清史料》丙编第六本）。清朝多次招降，都被农民军拒绝。
唐王政权建立后，各部农民军分别与南明湖广总督何腾蛟和巡抚堵胤锡联络，共抗清军。刘体纯、郝摇旗率兵至湘阴，何腾蛟派部将万大鹏单骑前来洽谈。堵胤锡在常德也与李锦、高一功进行联络，愿与农民军“同心协力，以建立功业”。何腾蛟等向唐王报告，唐王大喜，命何腾蛟督师湖广，堵胤锡总制李锦、高一功军。李锦赐名赤心，高一功赐名必正，晋封侯爵，佩龙虎将军印。李自成妻高氏（在高一功军中）封为贞义夫人，李锦部赐名忠贞营。农民军投依南明抗清，不再用大顺国号，但李锦的书疏，犹称李自成为先帝，高氏为太后，以示尊崇。何腾蛟整编李锦、郝摇旗（永忠）、袁宗第、王进才（以上是农民起义军）、黄朝宣、张先璧、刘承胤、董英（何腾蛟旧部）、曹志建（故巡抚刘熙祚旧部）、马进忠、马士秀、王允成、卢鼎（左良玉旧部）等部为十三镇，组成十余万人的强大抗清队伍。
一六四五年冬，南明军向湖北清军发起攻势。明军各部仍驻守自己的防地，何腾蛟率领郝摇旗、王进才留在长沙；堵胤锡驻常德，分治湖南；李锦屯兵公安附近地区，加强对荆州进攻的力量；刘体纯、袁宗第向清军发动新的进攻。他们在江陵以西渡江，攻彝陵，过荆门，进军郧西。沿途人民纷纷响应，声势很大。驻防湖北的清军，惶恐不安，内部动摇。十一月十五日，刘体纯、袁宗第进攻襄阳、承天，攻破城池。次年正月，进攻邓州。二月，清将王斌在房县老寨起兵反清复明。刘体纯、袁宗第率领的农民军，影响遍及南阳、兴安、汉中等地。
清廷在一六四五年十一月，调遣贝勒勒克德浑、固山厄真叶臣，到湖北武昌进攻李锦农民军。李锦部围攻荆州清军达半年之久。一六四六年二月，兵败解围。田见秀、张鼐、李友、吴汝义等在彝陵降清。三月，平西将军何洛会在山阳、商州与农民军两次激战，不能阻止农民军的发展。何腾蛟率郝摇旗、张先璧等进攻岳州、藤溪、湘阴，准备分兵收复武昌和江西的吉安。并请唐王亲自赴赣州，力取江西。
一六四六年六月，鲁王政权败灭。七月，清军博洛部占领金华、衢州，分兵两路进攻福建。这时，郑芝龙已暗中投降清朝，写信密告洪承畴说：“遇官兵撤官兵，遇水师撤水师，倾心贵朝非一日也。”（《小腆纪年》卷十二）清军经仙霞岭、分水关，郑芝龙撤去守兵，清军长驱直入。唐王自延平出发，去赣州督战。八月行至汀州，被清军追及杀死。赣州被攻破，泉州、福州也全被清博洛军占领，郑芝龙率官兵投降。清朝在福建建立军政机构，博洛迫令郑芝龙等携带家口进京，断绝他和福建的联系。
唐王聿键死后，弟聿■浮海逃往广州。十一月朔日，原大学士苏观生等拥立聿■称帝，年号绍武。十二月十五日，清兵由降将李成楝率领攻陷广州。苏观生自杀，聿■被俘，绝食死。称帝仅四十五日。
四川大西 张献忠率领大西军数十万人于一六四四年初进入四川夔州，沿江而上，占领万县。由于河水暴涨，在此停留约三个月之久。李自成攻下北京推翻明朝后，张献忠闻讯，即向重庆进军。在涪州击败明驻军曾英部，明四川巡抚陈士奇在重庆四十里外的铜锣峡抵抗。大西军击溃明军，占领重庆。八月，攻占成都，进驻明蜀王府。派遣大西军将领孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等分取四川州县。十一月十六日，张献忠在成都称皇帝，国号大西，年号大顺，以成都为西京。颁行《通天历》，铸“大顺通宝”钱行用。
大顺通宝
大西国设左、右丞相、六部，分理政务，开科取士，委派地方官员。又整顿军兵，编为一百二十营。孙可望为平东将军，领十九营；李定国为安西将军，领十六营；刘文秀为抚南将军，领十五营；艾能奇为定北将军，领二十营。四将军所属兵营是大西军对外作战的主力。四人拜张献忠为义父，均改姓张。张献忠亲自统领老营军兵，称为御营。另设宿卫兵驻防。军兵制定《禁约》，严明军纪，禁止扰害地方。大西国缉拿明宗室和逃匿官员，拘押乡绅大户，追罚饷银。四川各州县地主豪绅或杀害大西官员，或组织武装反扑。大西国严厉镇压了反抗的地主、官员，巩固了对四川的统治。
清朝攻占北京后，即出兵追击李自成军和攻打南京的福王。一六四五年夏，福王政权灭亡。十月，清朝向大西颁诏招抚，说：“张献忠如审识天时，率众来归，自当优加擢叙，世世子孙，永享富贵。”（《清世祖实录》卷二十一）张献忠置之不理。十一月，清廷派何洛会领兵进攻四川。顺治三年（一六四六年）正月，又命肃亲王豪格为靖远大将军，领兵向四川进军。何洛会部中途与归附唐王的农民军作战。豪格军三月到达西安，五月攻占汉中。
大西骁骑营禁约碑拓本
大西国面临着清军的严重威胁。九月间，张献忠决策，命四将军各领兵十万人，自成都北上迎敌。十一月，大西叛将刘进忠，自汉中引清兵入四川，偷袭大西军。张献忠在西充凤凰山，突遇敌兵，中箭牺牲。
孙可望等四将军急领兵由顺庆南下，经重庆败明曾英军，斩曾英。渡江南下，至綦江。次年正月，进军遵义。三月，占领贵阳。四将军以孙可望为首，向云南发展。
三、广西、云贵和福建地区的反清斗争
一六四五年夏，李自成被害死，南明福王败亡，清朝赢得了第一个回合的胜利，攻占了陕西和江浙。一六四六年冬，张献忠战死，南明唐王败亡，清朝又赢得了第二个回合的胜利，攻占了四川和福建的部分地区。一六四七年在广西重建的南明桂王政权率领投依南明的原大顺军，向清朝展开了大规模的反攻。
南明的反清斗争 一六四六年八月唐王死后，十月，两广总督丁魁楚、广西巡抚瞿式耜以及王化澄、马吉祥、吕大器等人，在肇庆拥立桂王朱由榔监国，一个月后即位称帝，建元永历。清李成栋军在十二月攻入广州，次年正月，李成栋攻占肇庆，向桂林进军。桂王自肇庆逃出，经过桂林，逃到武冈，急调湖南的何腾蛟率兵援救桂林。何腾蛟奉桂王诏，由长沙撤退，领兵至衡州。三月，进攻桂林的李成栋军被瞿式耜打退。清平南大将军孔有德等领兵，由岳州攻克长沙、湘潭，进军衡州。六月，何腾蛟在衡州调遣诸将抵御，只有郝摇旗、王进才率兵赶到，被清兵战败。几个月中，清军攻占了衡州、宝庆、武冈、靖州等广大地区。桂王由武冈逃往柳州、象州，然后返回桂林。十一月，清军进攻全州。何腾蛟重新整顿队伍，统率郝摇旗、焦琏、赵印选、胡一青、卢鼎诸部，连营三百里，分道出击，大败清军。一六四八年二月，清兵攻破全州，三月，向桂林进兵，被何腾蛟、瞿式耜打退。这时，清朝将领李成栋因不满满洲贵族的凌辱，在广东叛清归降南明。清江西总兵官金声桓也在二月叛清附明。湖南清军兵力空虚。五月，何腾蛟督师收复全州。何腾蛟、堵胤锡随即在湖广境内，对清军发动了进攻。九月，何腾蛟亲自督率张先璧、胡一青、焦琏，收复永州、衡州。王进才收复宝庆。十月，马进忠收复常德。堵胤锡令李锦从夔州东下，在湘潭打败清将线国安，收复湘潭、益阳、湘乡、衡山等县，进围长沙。何腾蛟与堵胤锡等议定，何腾蛟等督率马进忠等攻长沙；堵胤锡带领李锦等攻袁州、吉安，进军江西，声援金声桓抗击清军。十一月，李成栋自广东南雄出兵，攻打赣州。十二月，清大同总兵官姜瓖在大同叛清，宣告归附南明，震动了北方。
永历帝“敕命之宝”
一六四七年至一六四八年间，清朝失去了长江以南湖广的广大地区。广东和江西的汉族降将相继反清附明，大同的附明更造成严重的威胁。清朝接连派出满汉将官分领大兵出击。
金声桓在江西反清后，一六四八年三月，清廷即派遣固山厄真谭泰与何洛会领兵向江西进军。五月，攻占九江、饶州。一六四九年初，清军至南昌，金声桓战败，投水自杀。李成栋领兵来援，三月，与清军在信丰相遇，孪成栋败死。江西州县，又都被清军占领。
一六四八年十二月，清廷命阿济格领兵围攻大同姜瓖，不下。一六四九年二月，多尔衮亲自领兵征大同。三月，攻下浑源州，回师。阿济格与尼堪、博洛等继续围攻大同。大同被围困至八月，姜瓖被部下杀害，清军征服山西。
南明进军湖广。一六四八年九月，清廷命济尔哈朗为征远大将军，领兵征湖广，进攻李锦部。次年正月，进攻湘潭。这时，何腾蛟前往李锦的忠贞营，途中被清军俘掳。何腾蛟严厉拒绝济尔哈朗的劝降，被清军处死。南明失何腾蛟，军中无帅了。李锦在茶陵，被清军战败，经衡州、永郴转移到广西。这年秋季，长沙、衡州、辰州、宝庆、靖州、全州等地都被清军占领。十二月，南明焦琏军反攻全州，被清军击败，清军进占道州。
李锦退回广西，屯驻宾州、横州。南明桂王朝廷依靠大顺军的来归，在反清斗争中一度取得胜利。但内部矛盾重重，文官武将互不合作。拥立桂王的明臣与反清归明的李成栋部下相互猜忌，明臣对原大顺军也存有戒心，多方牵制。高一功甚至被迫宣称，要把军兵交兵部。何腾蛟死后，被改编的诸军失去统帅，各自离散。刘体纯、袁宗第、郝摇旗等领兵自宝庆北走常德、澧州，返回荆西。刘芳亮、刘希尧等自宁远北走，军兵在宁远、宜章一带溃散。李锦不久病死。高一功因遭疑忌，在一六五〇年从庆远往荆西。途经黔北，遭到保靖土司彭朝柱的袭击，战死。李锦义子李来亨率领军兵到巴东的西山，与郝摇旗、刘体纯等会师。在郧西坚持抗清斗争的王光兴、王光昌等与郝摇旗、李来亨等联合抗清，号称夔东十三家军。桂王政权失何腾蛟，又失大顺诸军，难以自保了。
一六五〇年五月，清朝加封辽东降将孔有德为定南王，领兵进攻广西。耿仲明为靖南王，尚可喜为平南王，进攻广东。十一月，耿仲明行至吉安，自杀。同月，尚可喜等攻入广州，孔有德攻入严关。瞿式耜邀明将赵印选防守桂林，赵印选带兵逃走。清军攻入桂林，瞿式耜与总督张同敞被俘，囚禁四十日后被杀。桂王由肇庆逃往浔州，经南宁，辗转到达广西西部的濑湍，得到贵州大西军的接应。江西、湖南、广东、广西的重要城镇，均被清军占领。
大西在云贵的建设 大西四将军在一六四七年三月占领贵阳，随即移兵进驻云南。
当时，云南阿迷州土司沙定洲起兵反明，攻占省城昆明。明副将龙在田（原石屏土司）败走大理，听说四将军领兵至贵州，便派人请兵入滇。三月，四将军进兵破交水（霑益旧城）、曲靖，沙定洲放弃昆明逃走。四月，四将军占领昆明，分兵两路攻打云南各地。西路兵由孙可望率领，五月攻克大理，七月攻占永昌，护送自昆明逃来永昌的明黔国公沐天波返回省城，声称要“共扶明室，恢复江山”。（《西南纪事》卷十二）东路由李定国率领，攻克南宁（曲靖）、晋宁、通海、河西等地，进而占领阿迷、蒙自、临安（建水）。几个月之内，四将军已控制了云南除普洱、东川以外的十六个府，收纳彝族兵士，军队发展到二十万人。李定国捣毁了沙定洲据守的城寨，灭沙氏。
一六四八年至一六五二年春的四年时间里，清军集中兵力在湖广与南明桂王作战。大西四将军得以在云贵地区训练军兵，建立政权，进行建设。
（一）政权建设 四将军进入云贵时，孙可望称平东王、李定国称安西王、刘文秀称抚南王、艾能奇称定北王。他们推孙可望为主，彼此往来通称兄弟。每公事聚会，四将军并坐，赏罚各营将官，都由孙可望出面处理。一六四七年八月，建置四王府，又建立太庙，祭祀张献忠。凡有大事必先告庙，然后行动。明致仕御史任僎归附四将军，倡议称孙可望为国主，用于支纪年，设立六部，管理军政大事，并建立州县政权机构。
（二）澄清吏治 四将军在云南经常派人秘密查访，对清官立即提升，对贪官严加惩办。姚安知府谢仪贪赃枉法，马上砍头，传示各州县。设立登闻鼓，鼓励人民对地方行政提出意见。不利的措施，立即废除。
（三）减轻赋税 明朝后期，实行一条鞭法，丁役摊入地亩，一并征收。后来摊派愈来愈多，人民负担沉重。四将军在云南实行“条编半征”法以减轻农民负担。又把近省田地和井盐，由原来官民对半分收改为四六分收。凡金、银、铜、铁矿藏，鼓励商民开采，差官抽税。
（四）训练军队 四将军部下有在陕西参加农民起义的战士一万人作为骨干，又在云南招募汉、彝各族人民入伍，编练新军。兵马三日一小操，五日一大操，进行严格训练。招收各行工匠，设立什造局四所，制造兵器。兵马给养在各州县就地供应，兵丁每日给米一大升，家口酌量减少，马料每日一至三升不等。兵丁每人各给一袍，没有家口的还给鞋袜各一双，大帽一顶。军队纪律严明，规定：一不杀人，二不放火，三不奸淫，四不宰耕牛，五不抢财货。得到人民的拥护。
大西军人家口住在云南，都与当地农民一起参加生产，缝制军服。当时人称赞说：“其俗，兵不扰民，将不欺士。崇尚礼义，视民如子。往来有体，安置有方。”（《永历纪事》）大西行政，“事尚苟简，文案不繁，官绝贪污馈送之弊，民无盗贼掠夺之端”（《滇南纪略》），人民称便。
早在一六四八年，李定国便对孙可望建策说：“闯（李自成）献（张献忠）二帝，辛苦二十年，蹂躏遍天下，至今身死业隳，究无寸土；而清人坐享渔人之利，甚可悲也。”“今挚滇、黔、蜀归就明室，诚心辅佐，恢复旧京，荡清海内，则半生流贼之耻辱可雪，将来竹帛之垂名可图也。”（《晋王李定国列传》）这个建议，得到刘文秀等的支持。孙可望于一六四九年四月即曾派人与桂王政权联系。一六五〇年十一月，清兵攻陷桂林。一六五一年桂王逃至南宁，同年十二月，又逃至濑湍。次年正月，孙可望派兵接应，护送到贵州安隆。大西军接受南明永历年号，举起了复明抗清的旗帜。
四将军北伐 四将军在云贵经过几年的准备，于一六五二年三月，出师北伐，向清朝发动了大规模的进攻。大军分两路进兵，一路由刘文秀、王复臣率领马步兵六万，向四川出兵，直指关中。一路由李定国、冯双礼率领马步兵八万出师湖广，向全州、桂林进军。孙可望移驻贵州，指挥全军（艾能奇已病死）。
刘文秀率领的一路，入川攻破重庆，占领成都。清朝急调吴三桂领兵入川。吴三桂自一六四八年即受命与清定西将军李国翰驻守汉中。七月，吴三桂与李国翰出兵夺取重庆，攻打成都。刘文秀领兵走，与王复臣领彝汉兵，攻打叙府（叙州）。吴三桂领兵来援。王复臣命步兵左右夹攻，驱大象直冲清军。象吼马惊，清军大败，退守保宁。刘文秀乘胜追击，至保宁城东北列阵。不听王复臣劝说，不等援兵到来，即匆忙攻城，被清兵战败。王复臣战死，刘文秀败退。吴三桂不敢追击，对人说：“生平未见如此劲敌。”孙可望罢免刘文秀，命驻云南。另派耿三品领兵镇守嘉定。四川一路未能取得进展。
李定国、冯双礼率领的北伐军，五月占领武冈。清宝庆守将逃走，李定国军进而攻克全州，大败清兵。驻守广西的清军孔有德部三次出兵迎战，都不能阻止李定国前进。六月二十九日，孔有德亲自领兵到严关，与李定国决战。李定国指挥部队进攻，驱大象突击，清兵溃败，孔有德逃回桂林。李定国领兵急速追击，七月初二日一举攻破桂林，孔有德兵败自杀。李定国分兵攻占平乐、梧州等地。南明将官赵印选、胡一青、马宝等和左右两江人民纷纷响应，十几天里，就收复了广西全省。八月，李定国北代湖南，取衡州，派马宝东攻阳山、连州，曹志建旧部收复临武。冯双礼、马进忠北攻长沙，别部出宁乡，收复常德。十月，马进忠趋岳州，分兵攻克江西永新、安福、永宁、龙泉，包围吉安。李定国出师七个月，攻克十六府、三十二州县，收复土地近三千里，取得重大的胜利。
清朝任命尼堪为定远大将军，领兵十万，进军湖广。李定国命令冯双礼退出长沙，伏兵白杲市，诱清军渡湘江、过衡山后，再绕出敌后，跟踪前进。预定李定国在蒸水拒敌，与冯双礼、马进忠前后夹击，歼灭清军。清军进攻衡州，李定国退走。尼堪亲自率兵追击，十一月二十四日李定国埋伏的部队，突然出击，尼堪败死。
桂林与衡州之战，李定国连获全胜。清朝连丧孔有德、尼堪两员大将，为入关以来所未有。这时，孙可望忌李定国功高难制，密令冯双礼退宝庆，马进忠不知底细，也跟着西去。李定国被迫退守武冈。
清军连遭挫败，一六五三年初，任命贝勒吞齐为定远大将军，统率尼堪遗留的军兵，据守湖南。又调安西将军阿尔津为定南将军，由汉中到湖南协同作战。任命固山厄真陈泰为宁南靖寇大将军，镇守荆州。任命驻防江宁的喀喀木为靖南将军，到广东协同尚可喜部驻防。吴三桂、李国翰还守汉中。五月，又任命大学士洪承畴（一六四八年自江南还京师，本年为内翰林弘文院大学士）经略湖广、两广、云贵地方，驻守长沙，居中调度。他在十一月报告说：“满洲援剿官兵，岂能久留？将来有恢复州县，何以分守？兵至则贼退，兵去则贼复合。彼逸我劳，甚犯兵家之忌。”（《清世祖实录》卷七十九）因此，他主张进兵要安全慎重，不急求事功，而用力于“招抚”。
清兵不敢轻易南下，孙可望、李定国等据有云贵、广西和湖广、四川的部分地区，与清朝对峙。
李定国的抗清斗争 孙可望、李定国等所取得的胜利局面，随即由于自相残杀而逐渐瓦解。
大西军在取得胜利的时刻，重又走上了大顺军的老路，将领之间，日渐不和。孙可望被推为主，嫉李定国功高势大。孙、李之间，矛盾日深。南明桂王属下的明臣，乘机从中离间。桂王扈从总兵邓凯称赞他们是“离间逆党，奋发忠义于临时。”（《求野录》）南明官员对农民军的敌视和破坏，加深了内部的冲突。一六五三年二月，孙可望领兵至沅州，邀李定国前来议事。刘文秀派人密告李定国，孙可望有意加害，李定国拒不来会，写信给孙可望说：“今虽大局稍有转机，而敌势方张，成败尚未逆睹，正吾侪同心协力，共策复兴之秋，不宜妄听谗言，自相残害，以败坏国家。”（《晋王李定国列传》）领兵自湖南退入广西，向广东进取。清军乘机占领了湖南的一些州县。李定国攻打肇庆，进围桂林，不下。八月，驻军柳州。一六五四年，自柳州出兵，攻破广东高州、廉州、雷州，围攻新会。清广东守将尚可喜向清廷告急。清朝派遣靖南将军朱玛唎从江西来援，李定国大败。一六五五年春，退守南宁。
南明桂王空无实力，只是大西军复明抗清的一面旗帜。明臣马吉翔向孙可望建策，迫令桂王禅让，由孙可望称帝。桂王大学士吴贞毓得知后，请桂王自安隆急诏李定国领兵入卫。孙可望立斩吴贞毓等明臣十八人，一六五六年初，命刘文秀去安隆，迎桂王来贵州。三月，李定国领兵至安隆，刘文秀转而依附李定国，同送桂王去云南，驻在昆明的沐天波迎桂王入昆明。桂王加封李定国为晋王，刘文秀为蜀王。李定国派部将白文选去贵州，往见孙可望讲和，被孙可望扣留。孙、李的矛盾不可调和了。
一六五七年七月，孙可望起兵反桂王。领兵十四万进攻云南，李定国在曲靖迎击。白文选单骑来见，说已与孙部诸将密约，临阵倒戈。九月，李定国派骑兵五千攻打孙部马惟兴营。马惟兴部与李定国合兵攻孙可望，临阵大呼：“迎晋王！迎晋王！”孙可望军溃败。十月，孙可望去长沙见洪承畴，叛变降清，并向清朝献策进攻云贵。
一六五八年三月，清朝派贝子洛讬为宁远绥寇大将军，会同洪承畴从湖南进兵。吴三桂、李国翰进兵四川。卓布泰、线国安从广西进兵。
四月间，孙可望旧部王自奇、关有才、张明志等在永昌起兵反南明。李定国亲自率兵平定，因而不及增援贵州，给清军造成了进攻的机会。七月，三路清军都进入贵州。九月，清朝派信郡王铎尼到贵州统率清兵，议定：铎尼自贵阳取道关岭为中路；吴三桂自遵义取水西为北路；卓布泰自永顺取黄草坝为南路；洪承畴、洛讬驻守贵阳。十月，李定国派冯双礼守鸡公背，阻击中路清军；派张先璧守黄草坝，阻击南路清军；派白文选守七星关，牵制北路清军。十一月，李定国率兵三万到南路增援，与清军在罗炎、凉水井（今册亨西）大战，先胜后败。前线传闻孙可望扈卫康国臣充当清军前导，军内孙可望旧部猜疑不安，全线动摇，被清军打败，损失很大。冯双礼、白文选、张先璧诸军也先后战败。十二月十三日，李定国退回昆明。
李定国全线溃败，急商对策。这时，刘文秀已病死，遗书建策入蜀与夔东十三家联合。李定国主张走广南，沐天波等则主张逃奔滇西。十二月十五日，李定国拥桂王撤离昆明，向滇西逃走。
清军跟踪追击。吴三桂军攻陷永昌，编筏渡过潞江。李定国设伏于磨盘山，吴三桂渡江上山，将入伏中。明大理寺少卿卢桂生，从李定国军中逃出，向清军投降告密，清军前部已入二伏。吴三桂立即下令，骑兵下马，发炮攻击伏兵。李定国率伏兵力战，自卯至午，短刀相杀，清固山厄真沙里布阵亡，清军败退。李定国的大将窦明望、王国玺也英勇牺牲。李定国在打击了清军后，便到腾越整顿部队，转成滇缅边境，桂王逃往缅甸。
一六六〇年四月，吴三桂上“三患二难”疏，请清朝出兵消灭桂王，以杜后患。一六六一年，清军进入缅甸，缅甸献出桂王。李定国出兵截击，失败，六月二十七日死于勐腊，时年四十二岁。次年，吴三桂在昆明杀桂王。
郑成功、张煌言的抗清斗争 桂王、李定国败后，据守福建地区的郑成功、张煌言等又在一六五九年，发动了进军长江的战斗，形成又一次的抗清斗争，也是最后一次高潮。
一六四六年清军进攻浙东，鲁王政权的方国安逃跑后，鲁王由张名振等扈从，被郑彩接到中左所（厦门），转至长垣。次年，郑彩、郑联兄弟出兵反清，先后攻占福建的建宁、邵武、兴化三府，福宁一州，漳浦、海澄等二十七县，温、台一带沿海人民响应，声势很大。郑彩奉鲁王，仍用监国纪年。一六四八年，清朝调两广、江浙兵，三路进攻，福建州县多被占领。鲁王大学士钱肃乐死。九月，张名振等占领舟山，接鲁王来住。一六五一年七月，清将张天禄出崇安分水关，马进宝出台州海门，闽浙总督陈锦全军出定海，分路进攻舟山。张名振拥鲁王带领战船攻吴淞，留守大学士张肯堂领兵六千守舟山。八月，清军趁着雾天进螺头门（即蛟门，亦名定关），安洋将军刘世勋、左都督张名扬率领精兵五百，义勇数千，在舟山背城奋战，互有伤亡。城中火药用完，中军金允彦、主事邱元吉跳城，投降清军。清军全力攻破城防，张肯堂全家二十余人，壮烈牺牲。事后，攻城的清兵说：“我军南下，江阴、泾县、舟山三城，最不易攻。”张名振闻讯，回师救援，舟山已经陷落，便与兵部侍郎张煌言扈从鲁王前往厦门。
厦门这时由郑芝龙子郑成功（原名森）驻守。
一六四六年郑芝龙降清时，二十四岁的郑成功与郑芝龙断绝父子关系，宣言“背父救国”。与陈辉、张进等九十余人，乘船往南澳（广东南澳县）地方，得到沿海人民群众的支持，组成九千人的队伍，奉唐王隆武年号抗清。一六四七年到鼓浪屿，与郑鸿逵（芝龙弟）部联合进攻泉州、同安、漳浦等地，连续袭击闽粤沿海州县。一六五〇年围攻潮州，不下，返回厦门，合并了从兄郑彩、郑联的队伍，自称招讨大将军。
张名振、张煌言拥鲁王到厦门。张煌言对郑成功说：“招讨（郑成功）始终为唐，真纯臣也！”郑成功回答说，“侍郎（张煌言）始终为鲁，岂与吾异趋哉？”（《鲒埼亭集》卷九）郑成功与二张消除唐、鲁二王之间的旧隙，相互推重，真诚合作，集中力量反攻长江两岸。
一六五二年二月，郑成功攻海澄，清浙闽总督陈锦率兵来援，被郑成功打败，逃回泉州。三月，郑成功攻诏安、南靖、平和，遂围困漳州。清金衢总兵马进宝带兵救授，郑成功纵之入城，增加围城兵力近二十万人，围困漳州达八个月之久。陈锦领兵增援，受到郑成功部队的阻击，顿兵漳州灌口不能前进。家丁库成栋刺杀陈锦，把他的首级送给郑成功，福建的清朝文武官员惊慌失措。十月，清朝驻防浙江的固山厄真金砺，率领援军来漳州解围，郑成功退守海澄。一六五二年冬，张煌言秘密回到吴淞、天台，联络各地抗清斗争力量。一六五三年春，张名振带兵进入长江，郑成功派陈辉等领兵二万，进屯崇明，攻破镇江，登金山，遥望石头城（南京），拜祭明孝陵。原来长江上游约定响应的抗清义师，没有动静，遂退兵到崇明的平阳沙。十二月，崇明清兵万人，乘冻涉江来攻，张名振、张煌言亲自领兵左右冲击，全歼来犯的清军。
顺治十一年（一六五四年）正月，长江上游有人送来愿为内应的腊书，张名振、张煌言与陈辉等会合，率海船数百艘，再进长江，攻瓜州、仪真，一直到燕子矶（南京江边），等待上游消息。四月，还没有动静，便率水师东下，进攻崇明。郑成功派陈六御、程应蕃增援，复进镇江，焚毁小闸，到仪真烧粮船六百只，获得船只达五百艘。张名振带砂船六十只，泛海到登莱，远及朝鲜沿海。这三次进军长江，在江浙地区影响很大，有不少人参加抗清斗争。原福王政权中的诚意伯刘孔昭，也跟随张名振、张煌言进长江作战。当时有人反对这件事，张煌言解释说：“孔昭之罪与马、阮等，然马、阮再卖浙东，而孔昭以操江亲兵，栖迟海上者盖累年矣。则其心尚有可原。”（《鲒埼亭集》卷九）一六五五年，郑成功推张名振为元帅，陈辉、洪旭、陈六御为副，率领二十四镇兵，再进长江。清朝宁波守将张洪德、舟山镇将巴臣功、台州副将马信等先后投降。不幸张名振中途病逝，第四次进军长江的计划，又未能实现。
郑成功曾被唐王赐国姓朱，因而又被人称为“国姓爷”。他始终以忠于明室，复兴明室为职志。改厦门为思明州，依明制设立六部分管政务。一六五五年，鲁王去监国称号，次年移居南澳。桂王被李定国迎入云南，鲁王向桂王上表称臣。郑成功自一六五〇年即与李定国互通声息，接受桂王的号令，配合作战。一六五八年，桂王加封郑成功为延平郡王，张煌言为兵部左侍郎。清军进攻云贵，郑成功与张煌言大举出兵，展开了向长江地区的第五次进攻。一六五八年秋季，郑成功、张煌言率领大兵十七万，其中五万人习水战，五万人习骑射，五万人习步击，以万人往来策应，万人为“铁人”。“铁人”披铁甲，耸立阵前，专砍马足，最为精锐。大军到浙江，攻克乐清、宁海等地，在羊山遇到台风，损失巨舰百余艘，漂没战士八千余人，郑成功、张煌言被迫撤回厦门。
桂王、李定国败后，一六五九年五月，郑成功、张煌言进军长江，再次发动对清军的进攻。当月，攻克瓜州、镇江。六月二十二日到达江宁，从仪凤门登陆，在岳庙山屯营。张煌言建议说：“师久易生他变，宜分兵袭取句容、丹阳等城。”郑成功未能采纳这个正确意见。七月初五日，芜湖降书至，郑成功命张煌言带兵控制上游，防备江楚援兵。张煌言审度形势，分兵出击。一军出溧阳，攻广德；一军镇守池州，截断上游援军；一军攻和州，保卫采石；一军入宁国，攻徽州。他传檄大江南北，各地人民响应，清官归降，一举收服了太平、宁国、池州、徽州等四府、三州、二十二县。张煌言考察官吏，安抚地方，一时各地人士都到军门接受指示，参加抗清斗争，江南震动。
郑成功在江宁城下看到的情况是：巡抚以下官员都要逃走，松江水师提督马逢知已经送到降书，总督郎廷佐也来信接洽投降，其实是缓兵之计。郑成功临阵轻敌，误认为大局已定，江宁旦夕可下，不攻城，不打援，八十三营大军牵连立屯，警戒不严。清廷此刻则如临大敌，顺治帝甚至准备领兵亲征。清廷命令自贵州回京路过江宁的军队进入江宁城内，增强作战力量。一六六〇年六月二十三日，清军骑兵出击，攻破郑成功的前屯余新营。次日黎明，清军倾城出击，郑成功已命令部队离营，屯扎山上，摆设挨牌、火炮，列阵迎敌。清军来攻，郑成功退却，大将甘辉被俘牺牲。郑成功撤走镇江等地驻军，从长江出海。
张煌言得知郑成功出海，清总督郎廷佐已派水师截断长江，便决定进军鄱阳湖，号召江楚人民进行抗清斗争。八月初七日，船到铜陵，被清援军打败。抗清义士魏耕请赴英霍山寨，张煌言焚舟登陆，率军数百人前进。不久，被清军冲散，张煌言与一卒一童，从建德、祁门乱山间，经休宁、严陵、东阳、义乌，出天台，到达浙东海滨，招集散亡，在台州沿海的小岛上暂驻。次年春初，回到临门。
郑成功在十六年中六次进军失败，东南沿海州县，屡得屡失。江宁败归，更加自感难于发展。台湾通事何斌建议东取台湾，说：台湾沃野千里，可以立国。张煌言在临门写信劝阻，说“军有寸进而无尺退。今入台则两岛（金门、厦门）将来恐并不可守，是孤天下人之望也。”（《鲒埼亭集》卷九）郑成功不听。一六六一年三月，留子郑经守厦门，亲率大军三万乘海船百艘，进取台湾。
明朝在台湾设有巡检所统辖，驻兵澎湖。万历、天启以来，福建即有大批居民移住台湾。一六二四年，荷兰海盗殖民者窃据台湾西南的海港鹿耳门。次年，又侵入台南修建赤嵌城（今台南）。一六二九年（崇祯二年），福建大旱。郑芝龙招集流民数万人去台湾垦荒，收取租赋（《鹿樵纪闻》、黄宗羲《行朝录》）。这时，台北的鸡笼（基隆）等地，被来自吕宋的西班牙海盗所占据。一六四二年（崇祯十五年），荷兰殖民者又从西班牙殖民者手中，夺取了鸡笼和淡水，对居民进行残暴的掠夺。一六六一年四月，郑成功军经澎湖，到达鹿耳门，得到当地人民的支持，顺利击败荷兰殖民者，进而攻占赤嵌。荷兰殖民者以揆一为首，据守王城（台湾城，今安平），郑成功军围攻九个月。十二月十一日，揆一投降。郑成功放揆一回国，逐走荷兰殖民者，收回台湾全部领土，改称台湾城为东都，设一府二县。次年五月，郑成功在台湾病死，年三十九岁。子郑经自厦门去台湾，继承郑氏的统治。张煌言继续在临门坚持抗清。鲁王寄居金门岛上。