1.调整军事机构

袁世凯一向把军事实力作为政治斗争的依托，因此在他就职大总统以后，立即调整军事机构，安置亲信，以达掌握军队和直接控制军队之目的。早在南北统一的北京中央政府尚未成立之前，他即在北方设立的两个办事机构中，将“军事参议处”作为其中之一。在组织总统府的过程中，又于1912年4月22日将军事处与秘书厅并列为总统办事机关，同时撤销原来的临时筹备处和军队参议处[54]。军事处以禁卫军军统冯国璋兼任总长，傅良佐为次长，田文烈为秘书长，均为袁在北洋系之亲信或幕僚。对于南京临时政府原设的参谋本部，中央政府北迁后袁仍将之列为总统直辖机关，参谋总长一职因黄兴未就而由临时副总统黎元洪遥领(其间徐绍桢未任)[55]。并于10月30日公布《参谋本部官制》，规定其职权为掌管全国国防用兵事宜；统辖全国参谋将校，并监督其教育；管辖陆军大学、海军大学、陆军测量；监督各国驻扎武官，掌办军事交通等[56]；并进一步明确凡关于国防用兵的一切计划和命令，须呈请大总统认可后，方能分别咨行陆军部、海军部办理。他甚至不顾南方革命党人的反对，将原巡防队、武卫右军改编成一支拥有35个营的拱卫军，并由段芝贵任总司令，袁乃宽为军需长，受总统府直接节制。

第一届内阁组成，陆军部、海军部为国务院所设十部之中的军事机关，依民元7月18日公布的《各部官制通则》和陆续公布的各部官制，陆军部的职权应为管理陆军军政，统辖陆军军人、军属，监督所辖官署[57]。海军部职权亦同。由于当时以陆军为主，因此无论权限或设置均较侧重陆军部。该部的建置基本沿袭前清旧制，设总长一，次长一，参事四，秘书三，副官十四；下辖八司，分别为军衡司、军务司、军械司、军学司、军需司、军医司、军法司、军马司，各司设司长一人，司副官八人；并由财政部每年拨付经费137.4万余元，为日常支用[58]。虽然当时全国军队有中央军和各省地方军之别，且编制统属复杂，但作为最高军事机构，其“管理全国陆军行政事务”的职掌仍使之具有统掌全国军事的大权。

地方陆军军事机关按不同建置在各省区设置。民国初年各省设置都督，都督府为一省军政总枢，1913年1月8日公布《现行都督府组织令》，明确其职权，各省陆军由都督节制。特别区域或次要之省份特设护军使署，该设置是一种临时措施，由中央视各地需要派遣，据1913年12月19日公布的《护军使暂行条例》，护军使分作两种：一设于无军政长官的省区，直属中央，并节制全省军队；一设于有军政长官的省区，其所辖范围另行决定。各省重镇地方设置镇守使署，负绥靖地方之责，原属临时措施，设置并不普遍，1913年9月5日公布《镇守使署条例》后才逐渐制度化。镇守使一般多由师长、混成旅长、旅长等充任，根据各地情况不同，职权各有侧重，编制亦不相同。绥远、察哈尔、热河等特别行政区则特设都统署[59]。地方军事机关设置繁复，其目的，即藉此从军政方面强化中央集权，控制地方割据。