最后的战斗
当拿破仑仍只有40多岁时，多种身体内的疾病及缺乏运动，使他衰老。哈德逊爵士坚持在拿破仑骑马超越朗沃德限制时，要派一个士兵跟随他，这使得这名囚徒愤怒而不再骑马，哨兵站在他室内可见之处，使拿破仑更有理由留在室内。同时，丧失延年益寿的兴趣，更加迫使他怠于活动。1818年，贝特朗记载：“自从他……起身到房外后，已经过100天了。”拉斯·卡斯注意到：国王血液循环不良，脉搏跳动低到每分钟55次。
1820年，他从事园艺工作，以军事的勇气和纪律对付各种问题。他征召全体部属参加工作，他们高兴地丢下旧日的例行撰文工作，参加锄地、运土、栽种、灌溉和除草。哈德逊爵士以一种新的亲善态度，致送囚徒植物及工具。这个灌溉良好的菜园，不久出产新鲜蔬菜，拿破仑愉快地享用。他的健康显著改进，但当菜园产物耗尽，恶劣气候来临时，拿破仑又回到室内怠惰了。
不久，他的疾病又复发，有12处之多：牙疼、头疼、皮疹、呕吐、赤痢、四肢发冷，他的溃疡恶化。同时，据他死后解剖显现的癌症也已开始使他几乎疼痛不断。这些身体上的苦痛，影响他的情绪，甚至他的心灵。他变得忧郁、易怒和疼痛，自夸并重视他的尊严，易于发怒却又很快宽恕。吝啬钱币，但在遗嘱中却慷慨地赠与。1820年他沮丧地描写自己：
我怎么倒下来了！我，曾活力无限，这个脑子从不休息的人！我坠入茫然昏睡，我必须用力才能睁开眼皮。有时，我惯于对我四五位秘书叙述不同的主题，他们记载和我讲的一样快。可是，当时，我是拿破仑。今天，我什么也不是……我是植物，不再活着。
他连续有几位医师，但无人久留以对他的症状作有系统的研究，或提供一种合适的养生之道。奥马拉医师是第一位，也是最好的。可是他逗留在圣赫勒拿岛的时间被削减，代替他的两位英国医师——斯托克及阿诺特皆为好人，忍耐而尽责。但至1819年9月21日，由于拿破仑的舅舅费斯克枢机主教介绍一位39岁的医师安托马尔基来到，使得局面混乱。两位英国医师同意由他负责。安托马尔基一再跟拿破仑辩论他的问题，是将军还是医师杀人最多，当拿破仑抱怨胃痛时，他得意、自信又无情。他开一服催呕剂放在柠檬水中，拿破仑痛苦地扭转身体，几乎死去，以为中毒了。拿破仑赶走了安托马尔基，并禁止他回来。但在一两天内，安托马尔基又拿着药物和小药瓶回来，国王虽然咒骂他，也只有容忍他。约在1821年3月中旬，拿破仑病倒在床，此后，很少起床。他遭受几乎不停的疼痛。安托马尔基和阿诺特一再使用小量的鸦片麻醉他。3月27日，他说：“如果我现在结束生命，那将是一种极大的快乐。有时，我曾渴望死去，并且我不怕死。”在他去世前几个月，他几乎吐出所吃的一切食物。
4月15日，他立下遗嘱，摘录如下：
一、我死为天主教徒，死于我所从出的怀抱……二、我希望：我的骨灰长眠在塞纳河畔，在我所热爱的法国人民中间。三、我永远有理由喜欢我最亲爱的妻子玛丽·露易斯，直到最后片刻，我都为她保持最恩爱的情感。我恳求她照顾我儿子，以免他踏入环绕他幼年的陷阱……五、我之早死是由于英国寡头政治执政者的暗杀。
他须处理存在拉菲特那里的大约600万法郎——包括530万法郎存款及利息。他相信，他约有200万法郎留给了欧仁。他在遗嘱中，以相当多的数额赠予贝特朗、蒙托隆、拉斯·卡斯；赠予他的仆役长马尔尚（Marchand）和秘书克梅纳瓦尔；赠予那些曾经侍候或帮助他的人，这些人，为数不少。没有人被遗忘，同时“以1万法郎赠予康蒂永军官，他曾被控从事暗杀威灵顿爵士受审，结果被判无罪。康蒂永有足够权利暗杀这位寡头政治者，因为他曾送我至圣赫勒拿岛毁灭我”。
他单独留些“给我儿的忠告”（1821年春）：
我儿不必为我死而想报仇，他应由此获得教训。他不必常将我的成就牢记在心。他和我一样，永远是位纯粹的法国人，他必须致力和平地统治，如果他只想模仿我，并非出于绝对必要，再度重启战端，那他除了模仿外，将一无所是。要重新开始我的事业，一定要假定我一无所成，要完成它。在另一方面将要加强基础力量，说明这座开工大厦的全部计划。像我这种工作，在一个世纪内不会做成两次，我曾被迫用武力约束、制服欧洲人；今天，人们一定会相信我曾挽救法国革命于奄奄一息。我曾经清除它的罪恶，并扶持它让人们赞赏，我曾以新理想激励法国和欧洲，这些新理想将永远不会被忘却。愿我儿使我的播种都开花，愿他把埋藏在法国土壤中一切繁荣元素向前推展！
最后准备处理他的灵魂。他曾费时地去接触宗教信仰，他好像读过吉本的著作，似乎考虑所有宗教对哲学家都是错误的，但对政治家，一切宗教都是有用的。他为赢得埃及，曾变为一个伊斯兰教徒；为控制法国，曾变成一个天主教徒。他曾对古尔戈表现单纯的现实主义评论说：“尽情地说，每件东西都是物质，多少都有组织。在外出打猎时，我解剖鹿，发现它们的内脏与人类一样。当我看见猪的胃和我一样，并和我一样消化时，我心中暗想：‘如果我有灵魂，它也有。’”“亲爱的古尔戈，当我们死亡，我们一起死亡。”3月27日，去世前六星期，他对贝特朗说：“我非常高兴没有宗教信仰，我发现这是种极大的安慰，因为我没有恐怖的幻想，不惧怕未来。”他问道：我们如何以一位公正上帝的存在去调和邪恶者的幸福与圣贤的不幸？“瞧着塔列朗，他确是寿终正寝。”
当他即将过世时，他开始发现信宗教的理由。他告诉古尔戈：“只有一个疯子才会宣布：他将死去而不忏悔。一个人所不知的，不能解释的，有这么多。”他觉得，宗教对爱国心是必要的一部分。
宗教形成我们命运的一部分。灵魂、法律和风俗结合在一起，组成神圣的整体，我们称它为祖国。我们永不应放弃它的利益。在宗教协定（Con-cordat）时期，有些老革命者向我谈到使法国尊奉新教时，我感到非常厌恶，好像他们要求我放弃法国人的身份，宣布我是位英国人或日耳曼人一样。
所以他决定谦虚地来配合法国人死亡的传统仪式。他找到一位当地牧师，安排每周日在朗沃德举行纪念弥撒。他轻易、舒适地恢复童年的信心，并以预言他在天堂受款待来娱乐友人及自己：“我去看克莱贝尔、德塞、拉纳、马塞纳、奈伊等，他们将会来见我，我们谈及我们与腓特烈、替伦、孔代、恺撒及汉尼拔的职业。”
至4月26日，他非常虚弱，首次无异议服从他的医生。当晚，他叫嚷了一会儿，提议给其子4亿法郎。据当时日夜陪伴他的蒙托隆回忆，4月26日清晨4点左右，拿破仑告诉他，“有种奇特的感觉”，“我刚看到我美好的约瑟芬……她正坐在那，我好像昨晚才见过她，她没有改变——一直那样，仍完全忠于我。她告诉我，我们正再度相见，她答应我永不分离，你看见她了吗？”
5月3日他接受临终仪式。当天除阿诺特及安托马尔基外，又增加了两位医生，这四人同意给病人10粒氯化亚汞。“这剂特别大量的不合适药物引起了可怕的肠挛，使他丧失知觉，并且显示肠胃系统出血。”
他于1821年5月5日病逝，喃喃私语道：“居军队首位。”
5月6日安托马尔基在16位证人面前，包括7位英国外科大夫，贝特朗及蒙托隆，主持验尸，验尸结果立即显示，拿破仑致死的主因为：幽门溃疡性癌症——这是胃通往肠的一部分。一处溃疡穿破胃壁形成1/4英寸的洞并蔓延腐烂。安托马尔基曾诊定肝炎，但肝脏虽较正常者大却无疾病症状。除了皮肤、腹膜处发现有脂肪素外，心脏也有，这或许会造成心跳不正常减慢。膀胱缩小并有几粒结石，这是肾脏不健全，也许正是这造成国王经常排尿，也可解释他在博罗季诺及滑铁卢之役中缺乏注意的原因。没有检验报告有梅毒迹象，但生殖器短小，显然阳痿。
5月9日，一列相当大的队伍，包括哈德逊·洛爵士，护送棺木至朗沃德郊外格拉纽姆斯（Geraniums）谷地拿破仑自选的墓地，棺木上覆盖他在马伦戈所穿戴的斗篷及他生命标记与军装中最骄傲部分的宝剑。他于当地安厝19年后，至法国重新爱戴他，而移陆返国。