二 明军主力入陕
从洪武元年（1368年）五月至次年二月，明军倾全力进攻大都并占领今河北、山西地区，陕西元军得以有近10个月的喘息时间。然而他们不仅无所作为，反而置已据有潼、华而西窥长安的明军于不顾，再次自相残杀起来。李思齐、张良弼攻王保保，王保保杀关保、貊高。元廷一再令陕西元军出潼关，收复汴、洛，抄明军之后路以解大都之危，然而诸将都置之不理。直到明军平定河北、河东，元廷逃窜漠北，徐达、常遇春得以调转兵锋再次军临陕西，残元诸将才又慌张起来，共推李思齐为总兵，“拥甲十余万”集结于凤翔一带，准备负隅顽抗。
这年正月中，朱元璋设置河东陕西都转运使司，以朱珍为河东陕西转运使，为平定三秦作后勤与行政上的准备。二月间，徐、常大军经平阳（今山西临汾）抵河中（今山西永济），会合由河南西进的冯宗异部，明军指挥张良在黄河大庆关一带（今大荔县东）建造浮桥。二月辛卯（1369年4月3日），明军以常遇春、冯宗异为先导，经浮桥渡河进入关中，沿渭北一线长驱西进。先期把守潼关的明军郭兴、于光、金兴旺部也从渭河以南以轻骑直捣奉元。四天之后，驻守鄜城的元陕西行枢密院副使施成以军降明，徐达令其仍守鄜城。至此陕北、关中间元军的联系被切断，关中东部的元朝防御体系也解体了。
被残元诸将临时推为总兵的李思齐在明军的攻势面前慌了手脚，他一面退踞凤翔，留部将张德钦、穆薛飞等守长安，一面调张良弼、孔兴、脱列伯以及李思齐属下的金牌张、龙济民、李景春诸将集结渭北鹿台（今西三高速公路泾河桥附近）构筑防线以保卫奉元。然而在明军沿渭河两岸发动的钳形攻势下，这些残元的乌合之众各怀鬼胎，互相观望，并不认真抵抗。最有实力的张良弼一军首先在明军到达前三日经野口（今彬县境）西遁，其余诸将随即一哄而散，弃鹿台西奔。三月庚子（1369年4月12日），徐达大军兵不血刃占领鹿台，并于当天连渡泾、渭二河进抵奉元城北三陵坡（今西安北草滩一带），与自渭南西进的郭兴一军会合。这时元朝陕西行省守臣已逃走，长安父老千余人前往三陵坡迎降。徐达屯兵城外，先遣左丞周凯入城抚谕官民，次日，10万明军整师入城，受到古城人民的热烈欢迎。历经金、元两代统治者240年之久的民族压迫之后，长安古城终于重归汉族封建王朝的版图。“西北望长安，可怜无数山”，两个半世纪以来的不幸终于成为历史。
徐达随即代表明王朝宣布了一系列“与民更始”的法令措施：改奉元路为西安府，从此“西安”之名沿用至今。以夏德[3]为首任知府，明将耿炳文率部留守。耿、夏等人立即展开了一系列安定民心的工作。当时关中饥荒，明军开仓分粮，户给米1石。长安存粮不足，又自河南孟津仓运粮入陕救饥，户给2石。耿炳文又率军民修复了宋以来毁废的长安引水系统，使中断多年的浐河水又流进了古城，一时“秦民大悦”[4]。
这时元朝在关中的统治已土崩瓦解。四乡百姓纷纷起来擒杀、解送前元官吏与溃败兵将。元陕西行省平章哈麻图从奉元逃到周至，为乡民所杀。平章歪头、西台治书侍御史王武出城后无处可逃，只得回城投降，被徐达处斩。元陕西行省左丞拜秦古逃入终南山，不知所终。郎中王可、检校阿失不花、三原县令朱春等少数顽固官吏走投无路，后自杀，成了残元的殉葬品。只有元西台御史桑哥失里逃到三水县（今旬邑县）顽抗一时。
三水县东30里中岭山麓有绵延数里的悬崖，“峭壁三百尺，下临水，高下各数十窟，可容数百人。中有二井，盖避兵之绝险者”。由邠州（今彬县）至鄜州（今富县）的道路经过这里，“栈道连云，石梯落霞”，烧绝栈道后即“危峦不可攀援”。[5]桑哥失里与一批官绅逃到这里后，凭险负隅，四出劫掠。为了拔掉这个匪巢，徐达遣将多方进攻，终于将其消灭，桑哥失里势穷投崖而死。此后这里号为“官家洞”“桑村洞”，名传至今，“门依碧流，崖悬柏霭，久为揽胜者所取”[6]，是渭北著名景观。
官家洞[7]之役后，关中大部地区已告平定，只有西府一隅尚为元守。徐达不容李思齐苟延残喘，在西安休整两天后，又继续进攻。兵临凤翔城下时，朱元璋曾致书招降，并向李思齐指出：如凤翔不守，你只有流亡漠北，但漠北蒙古之地能容得下你一个汉臣吗？而“中原相从之众”又怎能甘心随你流亡边外异族之地呢？李思齐得书后想投降，但其部将却蛊惑说：西北余地广阔，凤翔不守，可以“西入吐蕃”，何至于流亡漠北？李思齐遂改变主意。但他既有心“西入吐蕃”，也就无心固守西府。乘徐达大军尚未围城，李思齐便率部西奔临洮（甘肃今县）。三月丙午（1369年4月18日），徐达率军进驻凤翔，随即留金兴旺、余思明守城，自与众将攻取西府州县。四月初徐达克陇州（今陇县），参政傅友德克凤州（今凤县），至此关中全部为明朝所有。
四月戊辰（1369年5月10日），明朝置陕西行中书省（后改布政司）于西安府，在关中正式建立政权。同时，朱元璋因关中已定，而元朝余孽又由漠北威逼北平（今北京），遂调常遇春率部增援北线。三个月后常即以39岁英年病逝于北线军中，徐达统军继续追击元朝诸将，并将明朝的统治向陕北、陕南扩张。