第二节 清查阉党余孽，销毁《三朝要典》
在严惩魏忠贤、客氏、崔呈秀三个阉党集团的元凶之后，清查阉党余孽的工作随之逐步展开。
早在天启七年（1627年）十月崔呈秀倒台还乡后，魏忠贤的一些心腹、党羽即遭到奏疏的弹劾而被免职，如南京守备太监杨朝、浙直织造太监李实、承天守备太监李希哲、提督太和山太监冯玉、天寿山太监李进、河南道御史倪文焕、吏部郎中周良材、主事张元芳、工部尚书吴淳夫、太仆寺卿白太始、尚宝司卿魏抚民等，皆被迫辞官或被免职。太监涂文辅也辞去监视仓库之职，东厂太监王体乾也因罪被免官。
十一月，揭发弹劾阉党分子的奏疏不断增加，又有漕运太监李明道、崔文昇，吏部尚书周应秋，太仆寺卿张凌云、陈大同，兵部尚书田吉，提督操江右佥都御史刘志选，锦衣卫左都督田尔耕、孙云鹤，巡抚延绥右都副御史朱童蒙，右都御史署顺天府尹李春茂，巡抚山东右佥都御史黄宪卿，户部尚书张我续，刑部左侍郎陈九畴，刑部尚书薛贞，总督蓟辽兵部尚书刘诏，工部尚书梁梦衮、孙杰，左副都御史李夔龙等，先后被免官。
魏忠贤的心腹李永贞，在明熹宗死后已预感到前途不妙，在明思宗即位后4天便上疏告病辞职，于九月初七日获得批准。十月初，他干脆将外宅小院砌死，仅留一个小洞让家人给他送水送饭，自己躲在里面读书，静观形势的发展。到月底，得知魏忠贤请求辞职得到批准的消息，认为风波即将平息，便拆墙而出。本来他想找明思宗的近侍徐应元联络，不料徐应元却在十一月初遭到明思宗的斥逐，这才慌了手脚，急忙暗中派人去找太监王体乾、王永祚、王本政，各送5万两银子，希望他们在皇上面前为他美言几句。但这三个太监怕受到连累，把这些银两献给了皇上。李永贞吓得魂飞魄散，便连夜和他的外甥孙良济化装外逃。十一月二十六日，明思宗下令将其降为净军，谪戍湖广显陵。十二月初九日，李永贞被捉获，押赴显陵。崇祯元年（1628年）二月，李永贞又与徐应元一起被调发凤阳。
经过一段时间的清查，许多阉党骨干和亲信遭到免职和惩处，受到广大百姓的欢迎和拥护。但明思宗清醒地认识到，仍有不少阉党党羽盘踞要职，整个阉党集团的罪行也未受到彻底的清算，不解决这些问题，就无从谈论扭转国家的危局。于是，他在天启七年（1627年）十二月二十三日命内阁及部院大臣“定阉党逆案”，即对阉党集团进行一次全面清查，根据每个阉党分子罪行的大小，依照明朝的法律，作出判刑的审查结论。
议定逆案的工作涉及的范围非常广泛，上至中央的各部、院、卿、寺，下至地方的各个部门，究竟将哪些人列入逆案，列入逆案者又如何判刑，是一项十分严肃复杂的工作，必须以事实为依据，以法律为准绳，既不能让阉党分子漏网，也不能冤枉无辜的官吏。
但是，由于明思宗就位后，担心打草惊蛇，并未对各个行政、司法、监察机构进行调整或改组，内阁和各部、院、卿、寺充斥着魏忠贤的亲信、党羽。清查逆案的工作，牵涉到他们的切身利益，甚至身家性命。他们不甘束手待毙，必然要进行阻挠和破坏，正如御史张三谋所指出的：“今日群下非他，即多半事魏忠贤媚崔呈秀之流。昼伏之鼠忌明，灵场之鬼宜夜，其心固不欲世界光明也。此辈反复布置，必欲使杨（涟）、左（光斗）不为忠臣，邹（维琏）、赵（南星）尽为邪党。”这些阉党余孽往往故意颠倒黑白，把水搅混，继续将勇于同阉党作斗争而遭受打压、迫害的杨涟、左光斗、邹维琏、赵南星等东林党人诬陷为“邪党”；同时又极力袒护自己的同党，把大事化小，小事化了。因此，清查工作显得十分艰难而曲折。
天启七年（1627年）十一月，户科给事中李觉斯上疏弹劾魏忠贤的“五虎”“五彪”“十孩儿”，说：“魏忠贤、客氏、崔呈秀冒滥弟姪亲属俱已远戍，中外咸歌舞之矣。然其“十孙（孩）儿＇“五虎”造恶较弟姪尤甚，不尽置于重典，尚令扬扬而归。内官李实下手杀人，涂文辅奸欺横索，宜一体究遣。”明思宗下旨：“令法司一并议奏。”但刑部尚书苏茂相、左都御史曹思诚、大理寺署印少卿姚士慎却曲加护持。他们审议了一番，竟然提出这样的处理意见：“吴淳夫、倪文焕当削秩、夺诰命；田吉、李夔龙裭职；田尔耕、许显纯当逮论；杨寰、孙云鹤、崔应元等当削夺。”明思宗看出这是重罪轻判，很不满意，下令再议。他们仍阳奉阴违，重新拟出一个处理方案：依照“职官受财枉法”的律条，将吴淳夫、李夔龙、田吉、倪文焕改判发配边疆卫所充军，并由各自原籍的抚按官员对他们进行追赃，其中倪文焕5000两，吴淳夫3000两，李夔龙、田吉各1000两；依照“职官故勘平人因而致死”的律条，改判田尔耕、许显纯监候处斩；依照“同僚知情共勘”的律条，改判崔应元、杨寰、孙云鹤充军边卫。这个方案一公布，舆论愤忿不平，一片哗然。给事中曹师稷上疏说，“五虎”“五彪”为逆党之腹心，同恶相济，按照《大明律》的“交结近侍官员”的律条，他们哪有什么首从之分？三法司不按此律判刑，却引用一般的贪酷职官律例判刑，避重就轻，巧为奸臣开脱罪责；况且，还规定田尔耕、许显纯须在原籍监候处斩，崔应元、杨寰、孙云鹤须在附近的边卫充军，舆论沸腾岂是无因？如今刘志选、梁梦环、李永贞一并奉旨审讯，我担心三法司会仿而效之，用袒护“五虎”“五彪”的办法来袒护这些奸臣。御史吴焕也上疏说，历史上被惩处的奸臣，都是朝闻而夕就惩，甚至不敢回家与妻子诀别。现今“五虎”“五彪”诸奸臣，虽屡屡接到惩处的明旨，却都把诏书往墙上一挂，照样若无其事地优游饮宴。如刘志选、梁梦环、曹钦程都是大恶巨奸，他们或燕处于园亭，或潜藏于京邸，因为有得力的靠山为之奥援，朝廷也无可奈何。刑部尚书薛贞身为朝廷的执法官员，是对阉党行刑的刀斧手，却公然上疏为阉党抗疏辩解！
为了推动清查工作的开展，明思宗决定对内阁大臣进行调整。他刚就皇帝位时，内阁首辅是黄立极，次辅是施凤来，阁臣有张瑞图、李国槽，他们都依附和听命于魏忠贤，当然不能指望他们为清查阉党工作出力。起初为了集中精力扳倒魏忠贤，明思宗并未对内阁有所动作，相反，当有人弹劾内阁辅臣时，他反而指责其“逞臆轻诋”，而对被弹劾的阁臣多加安抚。随着清查工作的深入，改组内阁的时机逐渐成熟。天启七年（1627年）十一月中旬，首辅黄立极及阁臣等四人联名上疏请求增补阁臣，明思宗便令按旧例，由九卿及科道官员廷推，结果推举孟绍虞、钱龙锡等12人，报请明思宗点用。当月下旬，黄立极致仕还乡。十二月，明思宗为了破除“阿党”，命以枚卜法选用，结果选出钱龙锡、李标、来宗道、杨景辰、周道登、刘鸿训6人。至崇祯元年（1628年）五月，施凤来、张瑞图、李国槽相继致仕，来宗道、杨景辰、李标、刘鸿训、周道登、钱龙锡也相继入阁任事。来宗道一度出任首辅，杨景辰为次辅，两人都是《三朝要典》的副总裁，廷臣纷纷请毁《三朝要典》，他们难辞其咎，于六月致仕。李标继任为首辅，钱龙锡与刘鸿训协力辅助，三人都是东林党人。刘鸿训曾在天启元年任少詹事，后因得罪魏忠贤而被罢斥。崇祯元年四月，被召回任为礼部尚书兼内阁大学士。当时魏忠贤虽已被诛，但其党羽势力犹盛，其他阁臣皆畏首畏尾，他却挺身而出，冲破重重阻力，罢斥杨维垣、李恒茂、杨所修、田景新、孙之獬、徐绍吉、张讷、李蕃、贾继春、霍维华等阉党分子，获得广泛称誉。但他也因此遭到阉党余孽的合谋攻击，于当年十月被罢官。不过，当年十二月，曾遭魏忠贤迫害的原天启首辅、东林党人韩炉还朝复职，与李标、钱龙锡一起主持阁务，清查阉党的工作仍继续向更深程度发展。
清查阉党集团的工作，不仅遭到阉党余孽的种种阻挠和顽强抵抗，而且还碰到一个如何对待魏忠贤一伙所炮制的带有明熹宗“钦定”假象的《三朝要典》的问题。
《三朝要典》一书，主要是万历、泰昌、天启三朝有关梃击、红丸、移宫三案的文献汇编。三案是万历、泰昌、天启三朝最高统治集团内部的斗争，关系到由谁来执掌最高统治权力的重大问题。三案不仅同东林党人和大太监王安有直接关系，而且涉及齐、楚、浙、宣、昆诸党的大批官员，魏忠贤本人也卷入了移宫案。如何对待三案，便成为一个敏感的政治问题。天启初年，东林党人一度执掌国家的重要权力，他们对三案的看法也就成为当时官方的论断，即认为东林党在三案中是主持正义，有功于国家社稷的，他们主持修纂的《光宗实录》也是按照这种观点来编写的。到天启五年（1625年），当魏忠贤的势力占据优势后，他们便力图对三案进行翻案，以便为杀害王安及东林“六君子”等倒行逆施的行为提供依据。经过一番密谋、策划，当年二月，阉党分子、御史杨维垣首先上疏为梃击案翻案，说当年主持此案审查、现任刑部侍郎的东林党人王之寀不但无功，而且有罪，因为他“诬皇祖（明神宗）”“负先帝（明光宗）”，“即碎之寀之首，其罪岂足赎乎？”结果导致王之寀被革职为民。四月，魏忠贤的谋主、刑科给事中霍维华又上疏，洋洋数千言，全面否定三案，大肆攻击刘一璟、韩炉、孙慎行、张问达、周嘉谟、王之菜、杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顾大章等与三案有关的东林党人，并赞扬与东林党人对立的范济世、刘廷元、徐景濂、郭如楚、岳骏声等浊流派官员。当时人说：“此疏乃一部《三朝要典》也。”受魏忠贤摆布的明熹宗，竟下旨说：“这本条议，一字不差。”韩炉等人被削夺，而范济世等人则分别被起用。天启五年五月，礼科给事中杨所修进一步建议：“三案宜仿《明伦大典》，命史臣成书，以示天下。”《明伦大典》是明世宗命史馆编纂的，采用《资治通鉴》之例，以年、月、日为纲，汇集议礼派的有关奏疏和张聪所写的记述大礼议发展过程的纂要。书前有明世宗所作的序，成为一部有关议礼的钦定著作。杨所修的建议，就是要求仿照《明伦大典》的编纂方法，将浊流派官员有关三案的章奏汇编成书，后面再附以史臣的论断，以统一天下的舆论。明熹宗表示同意，于是以内阁首辅顾秉谦等人为总裁的一帮纂修官，正式开馆编纂。到六月，编纂完成，名曰“三朝要典”。全书共二十四卷，按照阉党的观点，全面否定此前有关三案的结论，极力诋毁东林党人。书前冠以顾秉谦代拟的明熹宗“御制序”，试图用“钦定”的大棒来钳制舆论。天启六年十月，阉党集团又着手改修《光宗实录》，凡是涉及三案的史事，一律根据《三朝要典》进行改写。
由于《三朝要典》前头冠有顾秉谦代拟的“御制序”，带有明熹宗“钦定”的假象，否定此书要冒很大的政治风险，所以在清查工作刚开始时，没有人敢于触及这个问题。随着清查工作的逐步深入，人们逐渐认识到，《三朝要典》必须彻底否定，否则，东林党人和清流派官员在三案中保护明光宗、明熹宗的行为就是违法的，而站在他们对立面的魏忠贤以及后来投靠他的浊流派官员的行为反倒是合法的，清查阉党的工作也就变成非法的行为。崇祯元年（1628年）三月，新任南京兵部武选司主事别如纶大胆上疏，请求对《三朝要典》重新进行评判。奏疏说，皇上登基之后，霭雾全消，但是非未定，其中急须商榷的就是《三朝要典》。《三朝要典》中指为奸邪而遭斥逐、诛窜者，哪个不是今日济济在位与淳淳启事之人，哪个不是皇上许恤许谥为理学节气之人？如果仍然把它当做信史看待，那还有是非可言吗？许显纯之流当年奉魏忠贤指使，罗织罪名，诬陷杨涟、左光斗的文字，全都载入《三朝要典》之中，难道还要作为确论传之后人吗？刘志选、梁梦环献媚阉党，动摇中宫，神人共愤；刘志选以杨涟、左光斗、魏大中辈为元恶大憝，难道还要将他们的奏疏作为正面的议论予以保存吗？崔呈秀已被抄家戮尸，其奸恶大罪已大白于天下，《三朝要典》结尾收录的一篇崔呈秀奏疏难道还要保存而与皇上的圣意相背吗？皇上如果不以臣言为非，请将此疏下之九卿、科道，宣付史馆，博采群议，令就《三朝要典》的论断孰是孰非各自注明意见。集此众论以揽天下之公议，议论自一，是非自定，起废恤谥诸大典也就有了统一的标准，而已决未决之大狱也就可依据法律作出判决了。明思宗阅后，因担心重新引发党争，说他是“生事妄言”，未予采纳。
过了一个月，翰林院侍读倪元璐再次上疏，进一步奏请销毁《三朝要典》。早在崇祯元年（1628年）正月，当魏忠贤及崔呈秀已死并被抄没家产，阉党分子杨维垣曾上疏，将东林党人和魏忠贤、崔呈秀一并称为邪党，企图把水搅混。倪元璐就上疏为东林党人辩白，力辟东林为“邪党”之说，谓：“臣顷阅章奏，见攻崔、魏者，必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔、魏？崔、魏既邪党矣，击忠贤、呈秀者又邪党乎哉？”他还力荐原先的内阁辅臣韩炉、钱谦益及姚希孟参政。四月，他再上《公议自存私书当毁疏》，一针见血地指出：“臣观梃击、红丸、移宫三案开于清流，而《三朝要典》一书成于逆竖，其议不可兼行，而其言不可不速毁……杨涟（弹劾魏忠贤）二十四罪之疏发，魏广微（曾炮制《缙绅便览》，分别开列魏党与东林党人名单）门户之见兴，于是逆珰杀人则借三案，群小求富贵则又借三案。经此二借，则三案之面目全非。”话中点出了阉党集团借总结三案的历史，以歪曲史实的手法来镇压东林党人的实质，因此它对三案的总结是违背天下之公议，以行一己之私，必须彻底销毁。明思宗读过奏疏，觉得言之有理，且切中要害，令内阁辅臣来宗道代为票拟谕旨。来宗道多年取媚于魏忠贤，对倪元璐的奏疏心存不满，讥笑倪元璐说：“渠何事多言，词林故事，止香茗耳。”意思是说，翰林院的词臣不过是喝茶清议的闲职，你又何必多管闲事呢？但既然是皇上要他代为拟旨，他只好拟出这样一道谕旨：“这所请关系重大，着礼部会同史馆诸臣详议具奏。”明思宗在后面加上一句：“听朕独断行。”即对《三朝要典》如何处理，请礼部和史馆诸臣详议之后提出意见，最后由皇帝定夺。
明思宗的谕旨一下，大臣议论纷纷，大多数支持倪元璐的奏疏，主张销毁《三朝要典》。魏忠贤的党羽、翰林院侍讲孙之獬觉得事情不妙，跑到内阁哭诉，力主《三朝要典》不可毁。接着，又上疏陈述不可毁的理由，说什么《三朝要典》有明熹宗的“御制序”，岂可投之于火？皇上是先皇的兄弟，属同枝继立，何必如此忍心狠手？这样做，对祖考（明光宗）是“失孝”，对明熹宗是“失友”。他还以生病为由，提出辞职。御史吴焕随即上疏，予以痛斥，指出孙之獬所谓《三朝要典》有明熹宗“御制序”不能烧毁，是以“御制”来压皇上，使之不敢动；至于“忍心狠手”之说，更是功罪不明，邪正颠倒。因此，他请求皇上立刻将孙之獬革职，“以为无礼于君者戒”。来宗道接到此疏，极力庇护孙之獬，他代明思宗拟旨，说孙已回到原籍老家，翰林院词臣不过是个闲职，不必过于苛求。当年翻三案的急先锋、协理戎政兵部尚书霍维华，此时也跳出来，力持《三朝要典》不可毁之说，主张对它稍作修改而存之。
经过反复的辩论，明思宗终于明白，《三朝要典》如不彻底否定、销毁，清查阉党集团的斗争就难以继续展开，阉党余孽也难以彻底清除，势必留下无穷的后患。五月初十日，他颁布谕旨：“朕惟皇祖考洎于熹皇，止慈止孝，炳若日星，载之《实录》，自足光昭盛美，乃复增《三朝要典》一书，不能于已明之纲常复加扬阐，徒尔刻深傅会，偏驳不伦，朕无取焉。”下令将皇史晟收藏的《三朝要典》取出，用火焚毁，并传示全国各处官府、学宫，将所有《三朝要典》书籍及刻版一概销毁，规定此后官方不以此书定臧否，人才不以此书定进退。《三朝要典》的销毁，为阉党的清查扫除一大障碍，清查工作的步伐逐渐加快了。