第一节 组建东林内阁，平定奢安之乱
明思宗刚就帝位时，内阁首辅是黄立极，次辅是施凤来，阁臣有张瑞图、李国槽。自天启三年（1623年）魏忠贤引其心腹魏广微、顾秉谦入阁，至天启五年顾秉谦升任首辅，内阁便为魏忠贤所控制。黄立极是魏忠贤的同乡，一切唯魏忠贤之命是从。施凤来与张瑞图是万历时同年进士，施凤来素无节概，以和柔媚世；张瑞图与之秉性相近，在会试策中竟然提出“古之用人者，初不设小人、君子之名，分别起于仲尼”的谬论，遭到士林的耻笑。四人之中，只有李国槽稍微干净一点。魏忠贤被贬自缢后，户部主事刘鼎卿上疏弹劾内阁首辅黄立极，要求将他立即罢斥。明思宗对内阁的状况当然是不满意的，但考虑到当前最紧迫的任务是清除阉党集团的势力，继而清查阉党逆案，不宜扩大打击面，影响政局的稳定，对刘鼎卿的上疏未予理睬。不久，客氏被笞死，崔呈秀被抄家，“五彪”“五虎”连遭弹劾，国子监生胡焕猷又上疏弹劾黄立极、施凤来、张瑞图、李国槽，请求绳之以法。明思宗不仅没有采纳，反而降旨痛斥其“逞臆妄言，轻诋大臣”，下令着大小九卿、科道从公会审，依律定罪，并抚慰黄立极等四位辅臣。
黄立极等四位辅臣眼看魏忠贤及其骨干、爪牙纷纷遭到清算，自己又遭弹劾，心怀忐忑，各自请求辞职。明思宗仍然优旨慰留。他们求罢不成，便于天启七年（1627年）十一月中旬联名请求增补阁臣。明思宗觉得改组内阁的时机渐趋成熟，下旨依照廷推旧例，由九卿、科道从公博议。结果，推出孟昭虞、钱龙锡等12人，供皇上点用。由于外廷许多部门多在阉党把持之下，这次廷推出来的候选名单鱼龙混杂，明思宗觉得很难圈点。当月下旬，黄立极致仕。十二月，明思宗命以枚卜法选用，于是选出了钱龙锡、李标、来宗道、杨景辰、周道登、刘鸿训6人。钱龙锡等新任阁臣与施凤来、张瑞图、李国槽等原有阁臣，共同组成新的内阁班子，总算实现了内阁的更替。
新组建的内阁班子，以施凤来为首辅，张瑞图为次辅，继续遭到言官的弹劾。崇祯元年（1628年）正月与三月，河南道御史罗元宾两次上疏，指责施、张之流阴阳闪烁，彼此弥缝，养痈不顾。施、张只好辞官而去。李国槽接替施凤来出任首辅，五月以母亲年老乞请退休，推荐天启前期的首辅韩炉和孙承宗来顶替自己的职位。明思宗乃下旨召还韩炉，准许李国槽致仕，令来宗道代为首辅，杨景辰为次辅。来宗道为黄立极同年进士，也是谄媚成性。他在天启年间担任礼部尚书时，为崔呈秀母亲请求恤典，奏疏中有“在天之灵”的谥美词句，后又反对焚毁《三朝要典》。杨景辰系张瑞图同乡，在翰林院时曾三次上疏为魏忠贤歌功颂德。来、杨两人，都是《三朝要典》的副总裁。当廷臣纷纷请求毁掉《三朝要典》之际，他们自然受到言官的交章弹劾，崇祯元年六月被罢归。接着，由李标继任首辅，阁臣有周道登、钱龙锡、刘鸿训等，而周道登不学无术。有一次明思宗御经筵，问几位辅臣，宰相须用读书人，当做何解。周道登竟然答不上来，半晌才说，容臣等到阁中查明会奏。明思宗脸上略显愠色，继而又露微笑，问道，近来诸臣的奏疏内，多有“情面”二字，何谓情面？周道登又回答说，情面者，面情之谓也，弄得左右同僚窃笑不已。加上他为人贪鄙，庇护私交，于崇祯二年正月被罢归家居。好在钱龙锡与刘鸿训协力辅佐李标，朝政因而稍清。
崇祯元年（1628年）十二月，韩炉应召返京。韩炉，字象云，山西平阳府蒲州（在今山西永济市西）人。万历二十年（1592年）进士，选为庶吉士，后历任编修、少詹事、东宫讲官。万历四十五年升为礼部右侍郎，协理詹事府。明光宗继位后，拜礼部尚书兼东阁大学士，入参机务。明光宗病危时，他与方从哲、刘一璟同受顾命，全力支持明熹宗继位，反对李选侍垂帘听政，后又尽心协助前后两任首辅方从哲与叶向高的工作。明熹宗大婚后，他援引祖制劝皇上令乳母客氏出宫。杨涟上疏弹劾魏忠贤二十四大罪后，魏忠贤请韩炉出面为之求情，他又断然拒绝。后来叶向高去位，韩炉继为首辅。他为官廉正，老成持重，得到广大正直官员的尊敬和信赖，但却为魏忠贤和客氏所不容。东林党人赵南星、高攀龙被逐，他即和阁臣朱国祯上疏，指出皇帝的命令未经内阁而直接宣布，内阁对高攀龙奏疏所拟的处理意见被无缘无故地改动，违背了国家的制度。魏忠贤极为恼火，就借口韩炉代拟的诏令不恰当，假传圣旨对其进行谴责，并假传圣旨将原先由首辅一人拟定诏书的制度改为由阁臣共同负责，以削弱韩炉的权柄。韩炉遂上疏乞休，并在疏中揭露魏忠贤的种种罪状。不久，阉党爪牙又上疏大加弹劾，将其削籍除名，并把其家人毙死狱中，还假造事端逼其交出所谓的“赃银”2000两。韩炉卖光田宅抵偿，最后只得住到祖先坟地的破屋里。
韩炉是著名的东林党人，其资历与声望皆在李标之上。他还京后，李标将首辅的位子让给他，自己与钱龙锡等人悉心协理，辅佐朝政，当时人称这届内阁为“东林内阁”。东林内阁秉政虽只一年时间，但面对复杂多变的局势，辅佐年轻的明思宗，沉稳地处理各种繁重的政务，取得了一定的成绩。
首先，参定逆案，颁布中外。定阉党逆案是铲除魏忠贤集团的最后一步，不走完这一步，对阉党集团的斗争就无法结束，必将留下无穷的遗患。而这项工作就是由韩炉、李标、钱龙锡负责主持的。尽管韩炉、钱龙锡最初不想广搜树怨，但他们最后还是按照明思宗的意旨，开列261人的阉党名单，分8等定罪，交由皇上亲自裁定，颁布中外。这对阉党无疑是一个极其沉重的打击，实为全国政治生活中的一件大事。
其次，辅佐皇帝，期于至当。韩炉再任首辅之后，崇祯元年（1628年）十二月二十四日，明思宗在文华后殿阅览章奏，召见韩炉等辅臣，谕示他们票拟时几位辅臣应该坦诚商议，消除分歧，务使拟旨期于至当。韩炉等顿首致谢。退朝后，韩炉针对魏忠贤专权时内阁首辅不在朝房而在私邸处理百司章奏，并与次辅甚至众辅分头拟票，以行其私的做法，向明思宗进言：“上所谕甚善，而密勿政机，诸臣参互拟议，不必显言分合。至臣等晨昏入直，势不能报谢宾客。商政事者，宜相见于朝房，而一切禁私邸交际。”意思是，拟票之事在首辅主持下秉公办理，而不必强调是分是合；辅臣早晚都在朝房值班，不在私邸接见宾客，有要事相商时一律到朝房来谈。明思宗听后，立即宣谕百官，遵照执行。
崇祯元年（1628年）十一月初，吏部依照明思宗的指示，会推增补内阁辅臣的候选名单，结果推出东林党人成基命、钱谦益等11人，而被明思宗看重的礼部右侍郎周延儒不在其中。有人便暗中散布流言，说此番会推，“皆谦益党把持”。一心想钻进内阁的礼部尚书温体仁见有机可乘，遂借天启元年（1621年）的所谓“关节受贿”事件，递呈《直发盖世神奸疏》，指责钱谦益“关节受贿，神奸结党，不当与阁臣选”。明思宗问他奸党是谁。温体仁先是指主持会推的吏部和科道官员，后又将为钱谦益辩白的辅臣也说成是钱谦益的同党。所谓“关节受贿”事件本来在天启年间早已结案，明思宗下令重审，结论与原先一样，证明“关节受贿”与钱谦益无关。廷臣因此愤愤不平，纷纷上疏弹劾温体仁。十二月，御史毛九华揭发温体仁家居时曾向崔呈秀行贿，御史任赞化也弹劾温体仁娶娼、纳贿、夺人财产等不法行为。明思宗召见大臣，温体仁仍力诋毛、任为钱谦益死党。明思宗深以为信，深夜秉烛，在内殿召见韩炉等辅臣，气愤地说，六科十三道各有职掌，国家大事不见条陈，只以私意彼此相攻。若再如此，朕将罪以乱政之法。韩炉揭发礼部尚书等大臣与阉党互相勾结、贪污腐化的罪行，这就是国家大事。但韩炉不好直接顶撞皇上，只得说毛九华、任赞化等言官“一时见识不透”，请求皇上宽宥他们。明思宗接着说，卿见人何曾有国家的意思？若实实为国为民为封疆，朕自看得出来。如今定有一件私意，方才上本。方今是何时？东西交警，南北用兵，不忧国，只是分立门户，动说什么党，什么东林，何益国事家情？从内殿回来，韩炉即具揭上奏，说：“人臣不可以党事君，人君亦不可以党疑臣，但当论其才品臧否，职业修废而黜陟之。若戈矛妄起于庙堂，畛域横分于宫府，非国之福也。”意思是，人臣事君不应分门别户，人君对待众臣也不必问其是东林还是非东林，而应按其人品与才能进行黜陟，只有这样做才能真正消除存在已久的党争。可惜，明思宗听不进去，未予采纳。
第三，保护正直之士，抑制邪恶小人。天启五年（1625年）八月，抗金名将熊廷弼被魏忠贤陷害致死，传首九边，遗体不得归葬，并被抄家追赃，是一大冤案。崇祯元年（1628年）秋，工部主事徐尔曾为之诉冤，要求为其昭雪，未获准许。第二年，熊廷弼之子诣阙上疏，请求携父尸归葬。韩炉即为之申冤，说熊廷弼之死，实由逆阉魏忠贤欲杀杨涟、魏大中诬以行贿，从而尽杀杨涟等人；接着，又诬以贪污17万两，严令追赃，查抄家产，刑及妻孥，迫使其长子自刎而死，女儿吐血而亡，冤情大矣！明思宗终于允许熊廷弼之子携其父之遗骸归葬。
天启年间由阉党杨维垣引进的御史史蕴、高捷，在内阁大学士刘鸿训罢斥杨维垣等阉党分子之后，合力攻击刘鸿训，因而为言官所不齿而被罢官。王永光执掌吏部后，又极力推荐，拟重新加以起用。钱龙锡坚持正义立场，坚决反对，终使此议告寝。
刘鸿训当阁臣时，锐意任事，痛斥阉党杨维垣、李恒茂、杨所修、霍维华之流，因此引起阉党分子的刻骨仇恨。他们合谋攻击刘鸿训，诬以受贿、擅自改敕，并劾以用田仰巡抚四川，受贿2000金。李标、钱龙锡都站出来为之辩护，力言“鸿训不宜有此（改敕之事）”，“力辩其纳贿之诬”。
第四，悉心处理军国重务。韩炉复任首辅后，辽东形势危急，但国家财政困难，朝议多主张裁汰各镇驻军，兵科给事中刘懋还上疏建议裁汰驿卒。明思宗拿不定主意，向韩炉征求意见。韩炉回答说，裁汰冗兵，应该只清理冒名占籍吃空饷和增置的冗兵，冲要地方的额兵不能裁汰。驿传负担过重，疲惫不堪，应该责成各地的巡抚、巡按查实核减，以苏民困，将节省下来的费用还之于民。明思宗点头表示赞同。
明思宗好察边事，常派厂卫的旗尉四处侦伺。宣府巡抚李养冲上疏委婉地批评说，旗尉往来如织，来无影，去无踪，不仅踪迹不定，而且费用也无所从出。明思宗不明所以，将这个奏疏拿给李标等辅臣看，问道，边情危急，派遣旗尉侦察，有什么不对？再说，祖宗设立厂卫是干什么用的？李标回答说，派旗尉侦察确实应当慎重。李养冲的奏疏认为，旗尉外出侦察，地方官就得向他们行贿，否则怕他们回去说地方官的坏话。但要行贿，这笔钱又从哪里出呢？他的话不是没有道理，明思宗听了，默然不语。
崇祯二年（1629年）十月，皇太极统率后金八旗兵绕道蒙古闯关南下，取道遵化，将薄都城。京师戒严。明思宗急召廷臣商议对策，吏部左侍郎成基命请求召还天启年间曾任阁臣的孙承宗，任以兵事。明思宗加以采纳，任命成基命为内阁大学士，并命孙承宗以原官兼兵部尚书，筹划通州（今北京通州区）守备。孙承宗入京，明思宗当即召见，询以御敌之策后，连连点头称赞，命其“总督京城内外守御事务，仍参帷幄”，并催促首辅韩炉草拟敕书命所司（指军事机构）铸给关防印鉴。孙承宗与袁崇焕率明军英勇作战，迭挫后金军队，终于逼迫皇太极退兵，使京城转危为安。
东林内阁秉政年余，辅佐明思宗定逆案、理朝政、伸正义、抑邪党、保京师，工作应该说是卓有成效的。但不久，明思宗误中皇太极的反间计，下令逮捕入卫京师有功的袁崇焕，阉党余孽借机掀起一股翻案风，诬陷、攻击参与清查逆案的韩炉、李标与钱龙锡等东林党人。钱龙锡于崇祯二年（1629年）十二月致仕归里，后被逮入诏狱。崇祯三年正月，韩炉也致仕还家。到三月，李标乞休家居。至此，所谓的东林内阁便告解体了。
在酝酿组建东林内阁的同时，明思宗也在思考如何平定奢安之乱、稳定西南局势的问题。
洪武初年，明朝在统一西南地区时，为了减少阻力，明太祖实行“凡西南夷来归者，即用原官授之”的政策，保留并新建了一批土司，通过他们来统治当地的少数民族。土司职位是世袭的，但其承袭必须经过朝廷的审核并履行严格的手续；土司对朝廷负有按时朝贡、服从征调的义务。不过，土司的内政完全自主，朝廷不加干预，因而也具有较强的割据性。某些土司的野心一旦膨胀，图谋割地自立，便会发动武装叛乱。
洪武四年（1371年），明军平定四川，元彝族永宁宣抚司禄照归附，旋改为安抚司，七年又改为宣抚司。万历初年，永宁宣抚使奢效忠死，奢氏家族内部发生二三十年争袭职位的斗争。后来，在朝廷的支持下，由奢效忠之妻世统抚养长大的奢效忠之侄奢崇明承袭职位。奢崇明表面上对明廷恭敬有加，实际上心蓄异志，与其子奢寅暗中招纳亡命之徒，图谋反叛。天启元年（1621年），后金攻占沈阳、辽阳，明廷遣官招募川兵赴援辽东。奢崇明请调马步土兵3万援辽，得到批准后，即遣其婿樊龙、部党张彤等领兵奔赴重庆。但他们到重庆后，却又久驻不发。四川巡抚徐可求带病移镇重庆，催促其从速进兵。樊龙等要求给每个土兵发放安家银20两，朝廷因国库空虚，只答应发给每个土兵17两，3万马步兵共计54万两。后因筹措困难，实际只拨付4万两。樊龙等便以此为借口，于九月发动叛乱，诛杀徐可求等20多名文武官员，占领重庆。后分兵四路，一扼夔州水口，一守通往綦江、遵义之要道，一断通往泸州之交通，一截川西之栈道，构筑起坚固的防线。
在永宁（今四川叙永）等待消息的奢崇明，得知樊龙已顺利占领重庆，立即与其子奢寅率领大军攻占遵义，并分兵攻打合江、纳溪、泸州、兴文、永川、长宁、荣昌、隆昌、壁山等城，全蜀震动。奢崇明自号“大梁王”，设丞相以下各文武官职，于十月间统兵数万进围省城成都。此时，成都城内只有2000名守军，粮饷告绌。四川左布政使朱燮元一面急邀石柱（今属重庆）、罗纲（今四川德阳东北）、龙安（今四川平武）、松（今四川松潘）、茂（今四川茂县）诸道兵入援，并征集成都周围200里内的粮食运入城里，一面与巡按御使薛敷政、右布政使周著、按察使林宰等分陴拒守。朱燮元用火器击退叛军的进攻，又派人掘开都江堰，放水注满早已干涸的护城河，以阻滞叛军的攻势。叛军在成都四面筑起望楼，高与城齐。朱燮元派勇士突击，斩杀三名叛帅，放火烧毁望楼。朝廷得到朱燮元拒守成都的奏报，提拔他为右副都御史，兼四川巡抚。不久，石砫宣抚司掌印女土官秦良玉带兵抵达成都城下。此前，奢崇明举兵反叛后，曾遣使携丰厚的礼品去找秦良玉，妄图拉她入伙。但秦良玉向来对朝廷忠心耿耿，她下令斩杀来使，令其弟秦民屏、侄秦翼明带领4000土兵急趋重庆，潜渡渝江，驻营南坪关（今重庆南川区南平镇），以断叛军之归路；自己则应朱燮元之调，亲率6000精锐溯江而上，赴援成都。与此同时，其他诸道援兵，也陆续收复安乐、乐至等县，赶到成都城下。不过，此时叛军的增援部队也陆续到来，双方的战斗进入僵持的态势。
天启二年（1622年）正月，奢崇明的叛军制造形似舟船的攻城器械，高一丈左右，长500尺，中起楼数层，载着手持机弩毒矢的数百名叛军，由几百头牛拉着前进，向成都守军发起攻击。朱燮元招募勇士发射炮石，击中驾辕之牛，牛掉头返走。官军乘势发起冲击，大败叛军。奢崇明部将罗乾象见叛军势衰，主动联络官军，决意投降。朱燮元又派牙将周斯盛诈降，邀奢崇明前来商议有关事宜。奢崇明果然应约前来，后察觉中计，急忙打马而逃。他眼看破城无望，准备撤军。罗乾象趁机在营内纵火，叛军大乱。奢崇明父子仓皇拔营远遁，逃往泸州。罗乾象率部归明，被围困102天的成都至此彻底解围。
成都解围后，官军乘胜追击，次第收复江安、新都等地。五月，各路官军进逼重庆。重庆三面阻江，只有城西一面通陆，但筑有佛图关、二郎关两道险关，易守难攻。叛军拥有精兵数万，驻守城西通远门城壕至二郎关的17个营垒。朱燮元经过精心策划，命监军副使丘志充、杨述程和总兵杜文焕率兵从正面发起进攻，令秦良玉、秦民屏率兵绕至后路，两面夹击。叛军惊溃，秦良玉等夺取二郎关，杜文焕破佛图关。诸将进抵城下，进行合围，城中粮食匮乏。朱燮元以计擒杀樊龙，张彤亦为乱兵所杀，失陷9个月的重庆终被收复。接着，官军又收复了距永宁宣抚司不远的泸州。
十一月，明廷晋升朱燮元为兵部右侍郎，总督四川，兼制湖广军务，仍兼四川巡抚。翌年，即天启三年（1623年）四月，朱燮元决计攻占永宁，捣毁奢崇明的老巢。他召集诸将，说：“我久不得志于贼，我以分，贼以合也。”认为官军所以迟迟未能平息叛乱，是由于兵力分散，而叛军兵力集中的缘故。于是，他列营永宁北面的纳溪，阳为进取，暗中却令大军会集于永宁西北的长宁。布置停当后，即由长宁发起强攻，连破麻塘坎等寨，然后与秦良玉合兵，在土地坎击败奢寅，追至老军营、凉伞铺，尽焚其营。复追至横山，入青冈坪，进抵永宁城下，一鼓而克之。叛军不少人溺水而亡，2万人投降。副总兵秦衍祚等，也攻占遵义。奢崇明父子逃入蔺州（今四川古蔺）。官军继续追击，于七月收复蔺州城。奢崇明父子率残部逃往贵州水西龙场（在今贵州修文）客仲坝，投靠奢崇明之妹、水西宣慰使安尧臣之妻奢社辉。朱燮元认为四川已无叛军，也不穷追。奢崇明便在贵州安顿下来，与安邦彦的叛军会合，做最后的挣扎。
安邦彦是贵州水西彝族宣慰使安位的叔父，是权力欲极强的野心家。万历末年，水西宣慰使安尧臣死后，由年幼的儿子安位袭职，其妻奢社辉代管土司事务。安邦彦一心想取安位而代之，进而据地称王。他暗中勾结奢崇明，奢崇明起兵叛明后，派人向他求助，他即于天启元年（1621年）二月挟安位举兵响应。一时间，48土目各率部应和，全省骚动。安邦彦分兵攻破安顺、平坝、霑益（今云南宣威），自统一军进围贵阳，称“罗甸大王”。三月，明熹宗令湖广、云南、广西官军赴援贵州。尚未卸任的贵州巡抚李枟和巡按御史史永安督率贵阳城中军民拼死抵御。安邦彦几次尝试攻城，皆无法拿下城池，便派兵截断通往贵阳的各条道路，使各路官军无法入援贵阳。李坛和史永安见城中粮尽，人相食，连章向天启元年十月擢任贵州巡抚的王三善告急，要他从速赴援。王三善进兵平越（今贵州福泉），遭到挫败，又派人向四川求援，迟迟不敢进兵。史永安复上疏弹劾，他这才分兵三路，向贵阳挺进。安邦彦听说官军突至，不知人数多少，派人侦察，回报说有数十万之众，仓皇带领护卫逃窜。被围10个月的贵阳终告收复，但城中的40万军民大多已战死、饿死，仅余200人。
贵阳解围，王三善遂有轻敌之心。不久，湖广、广西、四川的援兵先后到达贵阳，他决定继续追击叛军，于天启二年（1622年）十二月底令一军屯陆广（在今贵州黔西东），指向大方安位巢穴，一军屯鸭池（今贵州黔西东南），指向安邦彦巢穴。两路官军仅有汉土兵6万，加上轻敌冒进，先后被数万叛军击败。贵州境内的苗族土司见官军失利，纷纷起兵附和叛军，进据龙里。安邦彦纠合逆党宋万化等再犯贵阳，被官军击败。宋万化及其妻皆被擒，安邦彦为之夺气。不久，附和叛军的诸苗相继降附，王三善发下黄旗，令竖诸苗寨中。安邦彦望之胆寒，不敢再出来活动，只能屯兵水西以自守。后来，奢崇明父子在四川被击败，逃入贵州投靠水西，奢崇明的气焰又复嚣张起来。面对这种局势，王三善决定合师进剿。他集合诸将商议，但天启二年十一月出任贵州总督的杨述中与诸将却多持反对意见，主张实行招抚。王三善坚执己意，于天启三年闰十月亲自统兵6万渡过乌江，进攻大方。奢社辉及其子安位逃往火灼堡（在贵州西北部），安邦彦逃奔织金堡。安位派人乞降，杨述中应允，要求他擒献奢崇明父子以自赎。王三善附加一个条件：除擒献奢崇明父子，还要擒献安邦彦，才许招抚。双方来回谈判，一拖就是几个月。安邦彦因此获得喘息的机会，重整旧部，聚集力量。在这个关键时刻，王三善又拟在贵州改土归流，废土司改设郡县，当地苗族和土司惶恐不安，又纷纷依附于安邦彦，叛军势力复振。孤军深入的王三善久屯大方，陷于乏粮的困境。杨述中因与他意见不合，拒绝伸出援手。王三善只得在天启四年正月向贵阳撤退。叛军尾随追击，中军参将王建中、副总兵秦民屏战殁。安邦彦又令心腹陈其愚诈降。王三善不知有假，令其随行参赞军务。陈其愚便在鸭池将王三善撞下马来。王三善自刎未死，被俘遇害。
明廷逐渐意识到，王三善等人的战死，奢安之乱迟迟不能平息，是由四川和贵州两省的军事行动不相协调造成的。为了统一指挥，天启五年（1625年）三月任命朱燮元以兵部尚书衔总督云、贵、川、湖、广西军务。朱燮元奔赴重庆，调集兵马。安邦彦侦知，拟乘朱燮元发兵之前，于天启六年分兵进犯云南、遵义，而令奢寅攻打永宁。但奢寅未及举兵，即被朱燮元收买的心腹阿引杀死。奢寅一死，安邦彦觉得自己年岁已大，难有作为，遂向朱燮元求抚。朱燮元奏报朝廷，得到允准后，派参将杨明辉前往招抚，自己则回浙江山阴老家料理父亲的丧事。但杨明辉奉朝廷制书，却只招抚安位，而未赦免安邦彦之罪。安寿彦一怒之下，杀掉了杨明辉。抚议由是告寝。
明思宗继位后，忙于清除阉党势力，无暇他顾。到了崇祯元年（1628年）六月，魏忠贤、客氏和崔呈秀已被清除，《三朝要典》已被焚毁，钦定逆案的名单也在草拟之中，他便重新下令召回朱燮元，命其仍督云、贵、川、湖、广西军务，兼巡抚贵州，赐予尚方剑，继续负责平定安奢之乱。此时，叛乱发生已近7个年头，战火纷飞，里井萧条，贵阳居民不及500家，附近山谷的苗、仲家（布衣族）又因官军多杀降报功而依附于叛军，局势非常严峻。朱燮元赴任后，大力招抚流移，广开屯种，招募勇士，扩充兵力。并檄调云南兵马下乌撒（今贵州威宁），四川兵出永宁、下毕节，自己亲统大军驻扎陆广，以逼大方。另派总兵官许成名、参政郑朝栋由永宁收复赤水。安邦彦闻讯，派兵分守陆广、鸭池、三岔河（在今贵州织金县东部）诸要冲，另派一军赴遵义。安邦彦自称“四裔大长老”，奢崇明自号“大梁王”，其部将悉号“元帅”，想以水西为根据地，称王西南。他们统兵十几万，赴永宁以御川军。行至赤水河，朱燮元授意许成名佯败，诱敌深入。安、奢不知是计，进至永宁。朱燮元乃遣总兵林兆鼎、副将王国祯、刘养鲲分别率兵从三岔、陆广、遵义三个地方向永宁挺进，对安、奢形成合围之势。安邦彦急忙分兵四应。兵分而力弱，而官军人多势众，叛军因而纷纷溃逃。在天启二年（1622年）已投向官军的原奢崇明部将罗乾象，又以奇兵绕出其背进行突袭。安邦彦、奢崇明逃奔永宁五峰山桃红坝的山顶，官军乘雾猛攻，安、奢又复大败。最后逃至红土川，于崇祯二年八月十七日皆负伤而被俘斩。
安邦彦、奢崇明授首之后，朱燮元以贵州境内叛军已大部被歼，不欲穷兵，派人招抚安位。安位犹豫不决。朱燮元集诸将商议，说：“水西地深险多箐篁，蛮烟僰雨，莫辨昼夜，深入难出。今当扼其要害，四面迭攻，贼乏食，将自毙。”诸将依计而行，四面迭攻百余日，毙敌万余。副将刘养鲲又派人深入大方，放火焚烧安位的宫舍。安位大为恐慌，于崇祯三年（1630年）派人请降。朱燮元提出四个条件：贬秩；割出6目地归朝廷；交出杀害王三善的凶手；开辟毕节等驿道。安位全部接受，率48土目投降，安奢之乱彻底平定了。