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- 第二章商品经济的发展与明朝的衰落
第二节革新的继续与反侵略斗争
（一）穆宗的短期统治
明世宗长子载基，为阎贵妃所生。出生后两个月即病死。嘉靖四年（一五二五年）王贵妃生次子载壑。四岁时立为太子。一五四九年病死。第三子载壑（穆宗）为杜贵妃所生，一五三九年封裕王。世宗死后，奉遗诏即帝位，年三十岁，改明年（一五六七年）年号为隆庆。穆宗在裕王府时，高拱曾以翰林院编修为王府侍讲九年。穆宗即位，以阁臣加少保兼太子太保。嘉靖末任吏部侍郎的陈以勤和礼部侍郎张居正，也曾先后为王府侍讲。穆宗擢任陈以勤为礼部尚书兼文渊阁大学士、张居正为吏部左侍郎兼东阁大学士，入阁参预机务。
内阁首辅徐阶在世宗死后代拟遗诏颁布，并未与李春芳、高拱等阁臣商议。遗诏内称：“只缘多病，过求长生，遂致奸人乘机诳惑。祷祠日举，土木岁兴，郊庙不亲，朝讲久废。既违成宪，亦负初心。天启朕衷，方图改辙，遽婴疾病，补过无缘，（《实录》作‘由’）”又称：“自即位至今，建言得罪诸臣，存者召用，没者恤录，在系（《实录》作‘监’）者即先释放复职，方士人等，论厥（《实录》作‘查照’）情罪，各正典刑（《实录》作‘刑章’）。斋醮工作采办诸劳民事，即行停止。”（《国榷》卷六十四）徐阶自拟的遗诏，纠正了嘉靖末年的一些弊政，穆宗遵诏实行，获得朝野的称誉，但诏中代拟的世宗自责之词，轻重之间却未能与阁臣多加斟酌，不免招致非议。高拱原与徐阶不和，穆宗即位后，自以为是王府旧臣，得新帝倚重，力斥徐阶遗诏是诽谤先帝，应当治罪。徐阶与高拱各自指使言官，弹劾对方。穆宗初即位，阁臣之间就已相互攻讦不止。吏科给事中胡应嘉被阁臣郭朴议解职。言官指为高拱挟私怨报复。隆庆元年五月，高拱愤请致仕。穆宗命以少傅兼太子太傅、尚书、大学士养病。九月，郭朴致仕。次年七月，徐阶也获准致仕。阁臣李春芳继任首辅。
穆宗在位仅六年即病死。自即位后即传示不朝，不召见大臣。他虽然不再崇奉道教，但广修宫苑，在后宫游玩享乐，朝廷政事多倚付内阁。徐阶致仕后的次年，穆宗又召回高拱入阁。史称内阁首辅李春芳，恭谨自饬。内阁政事，多由裕王府旧臣高拱、陈以勤、张居正等掌理。内阁的权位也更重了。
一、改革的继续
吏制的改革--高拱再度入阁兼掌吏部事。他对日趋腐败的官吏选任制度，作了若干改革。为了遍识人才，授予诸司簿籍，将官吏的爵里姓氏，是否贤能，按月填写，逐年会集，作为选用人才的依据。又奏请科贡与进士并用，不循资格。各部官员考察，应多方参照，不能单凭文书报告决定升降，也不应拘限人数多少。被降职的官员，应公开说明理由，使众人心服。对于军事系统官兵的任用，也作了一些革新。他建议兵部增设侍郎，作为总督的储备人选。由兵部侍郎而出任总督，由总督而任职兵部，内外交替，边防人才，自会增多。他又认为“兵者专门之学”，兵部司属官员应该慎重选任，多选有智谋才力、通晓军事的人才，作为长期专任的官员，不要迁调其他部门。一旦边境有事，就可以从这里选取督抚以至各级军官。此外，也还可以选取边地人员，以备兵部的司属。这样上下相通，题奏军情，便可无隔阂。他还指出，边地官员，责任重大，不应交付杂流或被贬谪的人员。高拱的这些改革的建策，都得到穆宗的准许，付诸实行。虽然这也还只是局限于某些制度的改易，但由于他本人是内阁大学士兼掌吏部，这些措施的实行，对于矫除积弊，刷新吏治和强化边兵，都还能起到一定的作用。
江南新政--继世宗朝江南和广东等地的赋役改革之后，穆宗朝又出现了海瑞在江南推行的新政。
海瑞在穆宗即位后，即获释出狱，恢复原官。一五六九年夏，以右佥都御史巡抚应天十府。在他管辖的界内，实行了如下的新政：摧抑豪强--豪强兼并民田，是江南地区的大患。海瑞查勘富室强占贫民的田地，夺还贫民。虽是权势之家，也不宽贷。徐阶罢相家居，海瑞查勘徐家田土，不讲情面。一时之间，雷厉风行。据说豪民多逃窜他处以避祸。
改革赋制--海瑞认为，“欲天下治安，必行井田，不得已而限田，又不得已而均税，尚可存古人遗意。”因此，他在江南力行清丈田亩，颁行一条鞭法，即庞尚鹏在浙江实行的成法。
厉行节俭--史载，海瑞在巡抚应天十府任上，“裁节邮传冗费，士大夫出其境，率不得供顿。”（《明史?海瑞传》）兴修水利--江南故有淞江，汇震泽（太湖）入海，沿江许多土地可得灌溉，后来被潮啮，淤为陆地。民间因此流传“惟海龙王始能开得”的谣谚。隆庆四年（一五七〇年）正月初三，海瑞奏请开吴淞江。工程开始后，他乘轻舸往来江上，亲督畚锸，身不辞劳。二月，即竣工，只用银六万八千三百九十七两。二月九日又兴工浚常熟县白茆河，因饥民云集，募充工役，兼行赈济，三月底完工，用银也仅四万一千二百三十八两。对于当地的圩岸塘浦支河堰坝，也遍加修筑。由是旱涝有备，民赖其利。
海瑞的新政，特别是夺还富民所占田土，不能不遭到豪绅的非议。都给事中舒化劾海瑞“迂滞不达政体”、给事中戴凤翔劾海瑞“庇奸民（贫民），鱼肉搢绅，沽名乱政”。海瑞实行新政，刚刚半年，就被解职，改为督南京粮运。海瑞辞谢不就，称病归里。
二、俺答封贡
明世宗断绝与蒙古俺答汗的贡市贸易后，蒙古得不到迫切需求的铁器和布帛，连年在边地抢掠。穆宗即位后，一五六九年九月俺答汗又领兵攻掠山西石州，杀知州王亮。入境二十日，明兵竟不敢抵抗，任其掳掠而去。明廷诏夺督抚镇诸臣官职，调任抗倭名将福建总兵官戚继光督师蓟辽。一五六八年五月，戚继光以都督同知总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事。总兵官以下均受节制。随后又以戚继光为总兵官，镇守蓟州、永平、山海关等处。戚继光调集浙江精兵三千北来，向北兵示范，以加强军纪。又在边墙修建空心敌台一千二百座，以加强北边防御。一五七〇年五月，总督陕右副都御史兼总兵侍郎王崇古总督宣大山西军务。
这时，蒙古内部的局势，又有所发展。
一是俺答汗已渐向西方扩展其势力并展开了对瓦剌的远征。据蒙文《阿勒坦汗传》记载，俺答汗曾于马年（一五五八年，嘉靖三十七年）降伏畏兀儿残部，随后又出征瓦剌，进军哈密东北的扎拉满特山，结纳吐鲁番的白帽沙汗。越库凯罕山，掳掠瓦剌属部而回。黄龙年（一五六八年，隆庆二年）即俺答攻掠石州的次年，又率大军远征瓦剌，直趋阿尔泰山。瓦剌属部吉格肯阿噶诺延（一说系诺延之妻）献女给俺答汗，率众归附。俺答汗封其子奥巴岱为太师（前引珠译本，第六二至六六页）。俺答汗向西方求拓展，需要在东部与明朝息兵，也更需要恢复贸易，以获取明朝的铁器等物资。明宣大山西总督王崇古分析这时的形势说：“即虏使自诉，彼近边驻牧，则分番夜守，日防我兵之赶马捣巢；远抢番夷，则留兵自守，时被我兵之远出扑杀。在虏既未遂安生，故游骑不时近边，扰我耕收。大举每岁窥逞，劳我慎防，在我亦无时解备。华夷交困，兵连祸结。”（《明经世文编》卷三一七《确议封贡事宜疏》）。
另一情况是：丰州汉人农业地区日益扩展，汉人豪强渐成一大势力。明英宗正统以后，丰州地区为蒙古占据。一五四六年，玉林卫百户杨威被蒙古俘掳，《明实录》记载他曾被“驱之种艺”。杨威被俺答放回传达讲和之意，仍说：“自后民种田塞内，虏牧马塞外，各守信誓”。（《世宗实录》卷三一一）大抵这时所谓“种艺”，还只是少数汉人俘虏所从事的活动，所谓“塞外”基本上都还是畜牧区。大约十余年后，白莲教徒丘富被俘掳到丰州地区，与日益众多的汉人俘虏和逃亡农民开始在丰州川从事农业耕种，并建造城廓房屋，被称为板升。这大约是类似辽代契丹地区所谓“汉城”的汉人聚落。嘉靖末季，蒙古连年掳掠，被俘的汉人日众，这种聚落也得到迅速的发展。蒙古依靠这些聚落处置汉人俘虏，委付大小首领进行统治。这些首领逐渐成为役使广大农奴的豪强。丘富死后，势力最大的豪强是山西人赵全，役使万人。其他头目如周元、李自罄等也都统治数千人。明廷得到的情报是：这些汉人豪强极力鼓动俺答在边境掳掠，以扩大他们对农奴的占有。蒙古在边地进兵，也是由他们作向导。明廷把赵全等人视为叛逃的仇敌，也是极大的隐患。
总的形势是，连年交战之后，明朝和蒙古都已利于息兵通市，但实际上却还在保持着对峙的局面，遂使赵全等人从中渔利。
一五七〇年九月俺答之孙把汉那吉率领家室降明，打破了长期的对峙。把汉那吉是俺答的嫡孙，幼年丧父，由俺答的大夫人（一克哈敦）抚养。据说是由于俺答将他的第三妻赐给阿尔秃斯，把汉那吉愤而与妻子家人十余人到山西行都司平虏卫降明。明大同巡抚方逢时受降后，驰报宣大总督王崇古。王崇古安置把汉那吉留住大同，随即与方逢时上疏陈奏，说：“若俺答临边索取，则可由此与他通市，责令缚送板升诸逆，还被掠人口，这是上策。如果发兵前来，不可理谕，则明示欲杀，彼望生还，不敢大逞，然后徐行我计，这是中策。如果弃而不求，也当对把汉那吉厚加资养，结以恩义，将来俺答死后，他可收集余众，自为一部。边地也可得安宁。”疏上，朝议多有异词。内阁大学士高拱、张居正采王崇古议，诏授把汉那吉指挥使，赐绯衣一袭。这时，俺答正在率众西征，得报，返回。俺答妻大夫人痛失爱孙，对俺答多所责难。俺答也自悔处置失宜，但仍采赵全的建策，自率大军并命长子辛爱黄台吉军及永谢布兵，分三路至明边境，索要把汉那吉。王崇古遣百户鲍崇德前往劝说，提出缚送赵全等板升头目，交换把汉那吉还蒙古。俺答派人到明朝探听情况，看到把汉那吉蟒衣貂帽，驰马从容，受到优待。俺答得报，大喜过望，对鲍崇德说：“我不为乱，乱由（赵）全等。今吾孙降汉，是天遣之合也。天子幸封我为王，永长北方，诸部孰敢为患！即不幸死，我孙当袭封，彼受朝廷厚恩，岂敢负邪！”（《明史?王崇古传》）遂遣使臣随鲍崇德到明朝议和。
丰州汉人豪强势力的发展，原已与蒙古封建主诸多矛盾。明朝与俺答的使者反复洽商后，俺答汗终于同意将赵全等十大板升头目，交付明朝。周元得讯，服毒自杀。十一月十九日，俺答汗遣使押送赵全、李自馨等头目交付明朝官员。次日，明廷遣军官护送把汉那吉出境，行前赠予布帛。十二月，把汉那吉返回蒙古，俺答汗夫妻迎于河上。一场风波，遂告结束。
此事明廷处置得宜，取得了双方都满意的结果。俺答汗与弟老把都、侄吉能及永谢布部均遣使入谢，并请求通贡开市，永结盟好。穆宗交三镇议复。一五七一年二月，王崇古奏上“确议封贡事宜疏”力言互市之利，条陈八议。一、加封号。依前朝故事，封授俺答王号，子弟封授官职。二、定贡额。许每年一贡，俺答贡马十匹，来使十人。其他首领以次递减。三、酌定贡期贡道。入贡互市，在春季马弱之时，自大同左卫验入。四、立互市。每年择日开市，贸易一月。市场设在大同左卫威虏堡、宣府万全右卫张家口、山西水泉营。五、抚赏。自各镇备边费用中拨出布帛抚赏蒙古使臣、守市兵士及酋长。六、归降。通贡后，边地不再收纳蒙古降人，自蒙古归降的汉人，许住边堡。七、权宜。受降之礼，宽优处置。八、戒狡。造谣饰诈，破坏贡议者治罪。王崇古在奏疏中还说道：“俺答年近七十，老把都儿、黄台吉、吉能各年逾五十。倘各酋未死，边境有数年之安，则宣左山西残城可渐实，芜田可渐垦，客兵可渐减”。（《国榷》卷六十七）奏疏下兵部廷议。朝臣议论不同。阁臣李春芳、高拱、张居正等都赞同王议，面奏穆宗亲决。三月，穆宗采王崇古议，敕封俺答为顺义王，赐绯蟒衣一件，彩币八件。
五月间，明宣大副帅赵伯勖等奉诏敕，往大同得胜堡向俺答汗等宣诏。原来拟议的受降之礼于是变成册封典礼。俺答等搭设棚厂，陈列彩旗，大张旗鼓迎诏。宣诏后，俺答行礼谢恩。老把都儿、黄台吉、吉能等以下一百一十二名首领也各敕授军官称号。礼成后，俺答又奉上蒙文谢表，遣使入京贡马。各级受封的首领共贡马五百〇九匹。明礼部奏请穆宗上殿宣表受百官朝贺，说是“圣朝盛事”。（《穆宗实录》卷五八）俺答受封，贡市重开，明朝与鞑靼蒙古建立起正常的联系。百余年来争战连年的边地从此得以重现和平。据说，东起永平府，西到嘉峪关七镇数千里的边境，“军民乐业，不用兵革”（《明史?王崇古传》），明廷每年可省军费十分之七。边地居民得以安心耕牧，蒙古商民往来贸易。边境城镇又呈现繁荣景象。八年后，任山西宣大总督的方逢时陈述当时情况说：“八年以来九边生齿日繁，守备日固，田野日辟，商贾日通，边民始知有生之乐”。（《明史?方逢时传》）俺答封贡的实现，确是穆宗朝的一大成就。
三、广东等地的农民起义
广东地区社会矛盾尖锐，嘉靖后期即先后有陈以明、张琏、李亚元、赖清规等领导各地农民起义反抗。穆宗即位后，隆庆元年（一五六七年），又爆发了以曾一本为首的起义。
曾一本在嘉靖末年曾随从吴平起兵，兵败投降。这年，再次起兵，执澄海知县，败官军，击毙守备李茂才。次年六月，进攻广州，杀知县刘师颜。转战福建。明将周云翔杀参将耿宗元，投入起义军，屯平山大安峒，准备进攻海丰。一五六九年五月，被官军战败，周云翔被俘，部众一千三百余人被杀。曾一本在福建柘林奥战败，转移至马耳澳。八月，在海战中失利被俘，部众被杀害者一万多人。
一五七二年，肇庆恩平十三村陈金莺，邻邑苔村三巢罗织清，藤洞九径十寨黄飞莺，各自发动起义，互通声气。旧例，两广惟大征得叙功，总督殷正茂和总兵官张元勋，改变办法，令雕剿得论功，将三巢、十寨、十三村的起义者镇压下去。
惠州、潮州一带，山险木深，蓝一清、赖元爵等率众起义，各据险结砦，连地八百余里，起义军数万人。一五七二年殷正茂在镇压了十三村的起义后，征兵四万前来镇压惠、潮一带的起义者。起义军奋起抵抗，直到穆宗死后，起义才告失败。
（二）神宗继统与张居正的兴革
穆宗于隆庆六年（一五七二年）五月病逝，年三十六岁，遗诏皇太子翊钧（神宗）继帝位。穆宗即位前，王妃李氏生子，五岁而死，另一子，不满周岁而死。即帝位后，立王妃陈氏为皇后，无子。神宗翊钧系李贵妃所生。一五六八年立为皇太子。继位时年十岁。
穆宗死前一年，内阁首辅李春芳致仕。高拱继任首辅。礼部尚书吕调阳入阁，与张居正同参机务。司礼监秉笔太监冯保与张居正结纳，在穆宗病危时即密嘱张居正预草遗诏。神宗宣诏即位，高拱条上五事，旨在削弱司礼监，加强内阁拟旨之权。张居正授计冯保，密陈陈太后与李贵妃：高拱擅权不可容。次日，传出皇帝圣旨，太后懿旨、贵妃令旨：“今高拱擅政，专制朝廷，我母子惊惧不宁，高拱即回籍闲住，不得迟留。”（《国榷》卷六十八）神宗即位方七日，高拱即罢相归里。张居正继任首辅。
一、张居正的兴革
湖广江陵人张居正，嘉靖进士。穆宗隆庆元年入内阁参预机务。任首辅后，建言并尊陈后、李妃为皇太后。得两太后倚任，尊称为张先生。张居正任内阁首辅，先后凡十年。是明代权力最大的首辅，也是兴革最多的首辅。
张居正在任期间，针对前朝形成的积弊，参酌前人试作的革新，从多方面采取了兴革的措施。
官吏考成--张居正认为，当时官场的从政者或“虚声窃誉”，或“巧宦取容”，或“爱恶交攻”，章奏繁多，实效甚少。万历元年（一五七三年）他提出官吏考成法。说：“盖天下之事，不难于立法，而难于法之必行；不难于听言，而难于言之必效”。（《张文忠公全集》奏疏三）明朝考察官吏原有制度，但行之既久，形同具文。张居正严格立法，要求法之必行，言之必效。考察标准是“惟以安静宜民者为最，其沿袭旧套虚心矫饰者，虽浮誉素隆，亦列下考”。方法是逐级考核，抚按以此核属官之贤否，吏部以此别抚按之品流，朝廷以此观吏部之藻鉴。若抚按官不能悉心甄别，而以旧套了事，则抚按官为不称职，吏部宜秉公汰黜。吏部不能悉心精核，而以旧套了事，则吏部为不称职，朝廷宜秉公更置。（《张文忠公文集》奏疏五）。又建立随事考成制度：“凡六部都察院，遇各章奏，或题奉明旨，或复奉钦依，转行各该衙门，俱先酌量道里远近，事情缓急，立定程期，置立文簿存照。”除了一般的例行公事以外，另立文册二本，一本送各科备注，实行一件，注销一件。一本送内阁查考。必俟销完乃已。张居正奏称：“若各该抚按官奏行事理有嵇迟延搁者，该部举之；各部院注销文册有容隐欺蔽者，科臣举之；六科缴本具奏有容隐欺蔽者，臣等举之。如此，月有考，岁有稽，不惟使声必中实，事可责成，而参验综核之法严，即建言立法者亦将虑其终之罔效，而不敢不慎其始矣”（同上，奏疏三）。以部院考核抚按，以六科监督部院，以内阁督察六科。这样，各级官吏，不敢敷衍塞责，建言立法者，不能随意发令，使朝廷政令的贯彻执行有了保证。
张居正在考察中裁撤了冗员，奖励廉能，据说官员们“不敢饰非，政体为肃”。
加强边防--张居正进入内阁后，就注意整饬边防，提出饬武备、信责罚、造兵将的方略。调任戚继光整顿蓟镇防务，支持王崇古实现俺答封贡。王崇古晋为兵部尚书，方逢时总督山西宣大，戚继光仍驻蓟镇，又用名将李成梁为辽东总兵官驻守辽东，以巩固边防。当时边防的形势是：俺答封贡实现后，北边恢复安静，往来互市。但东部蒙古插汉（察哈尔）部与辽东泰宁、朵颜卫结纳，因不通互市，不时在边地扰掠。李成梁固守边镇，屡战获胜。辽东战争因而尚不致扩大。
整顿学校--嘉靖以来，府、州、县学中的某些混入的生员，不务实学，为非作恶，在地方上形成一种势力，被称为“学霸”（《明会典》卷七八）。一五七五年，张居正整顿各地学校，规定：“今后岁考，务须严加校阅。如有荒疏庸耄，不堪作养者，即行黜退，不许姑息。”“童生必择三场俱通者，始行入学，大府不得过二十人，大州县不得过十五人，如地方乏才，即四五名亦不为少”。（《张文忠公全集》奏疏五）核减生员，黜革学霸外，又大力整顿提学官和儒学教官。张居正奏称：各地儒学教官往往是“士之衰老贫困者，始告授教职，精力既倦于鼓舞，学行又歉于模范，优游苟禄，潦倒穷途，是朝廷以造士育才之官，为养老济贫之地。”（同上，奏疏四）张居正请敕吏部，慎选提学官，有不称者，奏请改黜。对于教官中学业荒疏，但年力尚壮者，送监肄业深造。如已年老，则黜革回籍。
清理田赋--张居正任首辅后，面对前朝形成的财政危机，从节流与开源两方面力图挽救。节流主要是裁减冗官冗费，对皇室的费用力求撙节。开源主要是清理逋欠的田赋。万历元年，敕令“自隆庆改元以前逋租，悉赐蠲除，四年以前免三征七”。次年规定，拖欠七分之中，每年带征三分。第三年，张居正用考成法严厉督促官员奉行“输不及额者，按抚听纠，郡县听调”（《明史?傅应桢传》）。经过整顿后，明朝的财政有所好转。万历四年（一五七六年），京通储粟足支八年，太仆寺积金四百余万。次年，岁入四百三十五万九千四百余两，岁出三百四十九万四千二百余两，积余八十六万余两。但万历六年（一五七八年）的财政收支又出现了亏空，计岁入三百五十五万九千四百余两，岁出三百八十八万八千四百余两，亏空了三十九万余两。张居正上疏说：“量入以为出，计三年所入，必积有一年之余，而后可以待非常之事，无匮乏之虞”。他要求神宗“一切无益之费，可省者省之。无功之赏，可罢者罢之。务使岁入之数，常多于所出”。（《张文忠公全集》奏疏八）张居正清理逋赋，说是针对侵欺隐占的“权豪”、“奸民”，但实行中，地方官吏不敢催征势豪大户，反将下户贫民，责令包赔，流弊也是严重的。
清丈田亩--明朝田赋减少的根本原因是豪民兼并田地而不纳税，税赋仍加给失去田地的农民。所谓“小民税存而产去，大户有田而无粮”，是历代常见的现象，至万历时尤为严重。各地农民不断逃亡或起义反抗，田地被兼并田去税存也是重要的原因。张居正曾指出：“夫民之亡且乱者，咸以贪吏剥下，而上不加恤；豪强兼并，而民贫失所故也”。张居正在清理田赋逋欠后，进而在一五七七年提出清丈全国各种类型的田地。次年，正式实行。企图通过丈量，田地“皆就疆理，无有隐奸。盖既不减额，亦不益赋，贫民不致独困，豪民不能并兼”。（《张文忠公全集》附录“文忠公行实”）一五八一年，田地丈量完毕，总计田七百一万三千九百七十六顷，较弘治时的统计数字多出三百万顷。虽然执行丈量的官吏或改用小弓丈量，以求田多，有的豪猾势家也千方百计进行抵制，致使这一数字不很确切，但毕竟把地主豪强隐瞒的土地清查出了不少，使豪民的隐田逃赋受到打击。湖广等地原来垦田数字减少最多，经清丈后增额最多。
改革赋制--一五八一年，张居正在清丈田地之后，又在全国范围内推行前朝试行过的一条鞭法，对赋役制度作了全面的改革。
《明史?食货志》说：“一条鞭法者，总括一州县之赋役，量地计丁，丁粮毕输于官。一岁之役，官为佥募。力差，则计其工食之费，量为增减；银差，则计其交纳之费，加以增耗。凡额办、派办、京库岁需与存留、供亿诸费，以及土贡方物，悉并为一条，皆计亩征银，折办于官，故谓之一条鞭”。《续通典》卷七说：“一条鞭法，通计一省丁粮，均派一省徭役，于是均徭、里甲与两税为一”。大致说来，此项改革包括：（一）赋役合并。原来的赋（两税）役（里甲、均徭、杂泛）以及土贡方物等并成一项。取消力役，一律征银，由人丁和田地分担。（二）田赋一概征银。除苏、松、杭、嘉、湖地区继续征收本色粮食，以供皇室官僚等食用外，其余一般征收折色银。（三）计算赋役数额时，以州县为单位，各州县原有的赋役额不得减少。（四）赋役银由地方官直接征收。原先田赋交本色粮食，很不方便。改为征银后，便于交纳、储存和运输，这就是所谓“丁粮毕输于官”。
一条鞭法简化了征收项目和手续，计亩征银，在一定程度上抑制了豪强漏税的弊端。役银由旧制依户、丁征收改为以丁、田分担，也使无田或少田的居民减轻了负担。一条鞭法的主旨在于使多占田者多交税，是针对当时土地兼并盛行而采取的有效措施，也是赋役制度史的一大变革。新法自一五八一年开始实行，各地逐步推广，大约至一五九二年前后，全国各地包括边远省区，都已陆续实施。各地方因情况不同，具体的实施办法也互有差异。如关于役银的丁、田分担比例，各地实行的办法就极不一致。有的地方以丁为主，以田地为辅，采用“丁六粮（即田地）四”的分担比例；有的地方以田地为主，以丁为辅，人丁承担四分之一，田地承担四分之三；也有的地方，丁田平均分配，各承担二分之一。即使在同一地区的不同州县，负担比例也不一致。如凤阳府所属泗州与盱眙一五九九年所编的四差银（四差包括里甲、均徭、驿传和民壮），都是丁所出的总额，大于田粮所出的总额，而天长一县则相反。三州县每石地亩粮所带征的四差银数量，轻重也极悬殊，其中泗州和盱眙分别是一钱三分和四钱九分五厘三毫，而天长县却高达二两一钱。总的说来，各地征额虽然多有差异，但改力役为征银，依占田与人丁多少分担，各个地方则基本相同。这一办法之能以实行，当是反映了农民已便于出售产品，换取货币。农民生产的布帛菽粟，到市场上出售，自不免要受商人的盘剥，但在客观上却也促进着商品经济的发展。
张居正任内阁首辅，先后凡十年。这十年间，明朝边境，大体保持安静，因而得以致力于内政的兴革。张居正曾奏谏“凡事务实，勿事虚文”。他以务实精神所致力的兴革，大体上在于考核选拔人才与增加朝廷财政收入这两个方面。增加收入的办法，局限于清理田亩、改革赋役，实质上是反映着官府与豪民的利益争夺。不过，这些改革客观上也有利于减少贫民的负担，作用还是积极的。一五八二年三月，张居正病死。死前一月，曾上疏请捐免万历七年以前积欠赋税，以消除岁岁“带征”之弊，获准施行。死后赠上柱国谥文忠，与世宗朝的张璁同一谥号。明代先后两张文忠，均以兴革为己任。张居正的施政范围与年限，都超过了张璁。
二、黄河的治理
张居正任内阁首辅期间，还经办过一件大事，即任命潘季驯治理黄河水患。
一五七八年，黄河在桃源北的崔镇决口，河水北流，宿迁、沛县、清河县、桃源两岸多被冲坏，黄河淤淀，迫使淮河南流，高家堰湖堤被冲决，淮安、扬州两府间的高邮、宝应等地都被水淹没，形成大患。张居正深以为忧。这时，河漕尚书吴桂芳病死，遂荐用刑部侍郎潘季驯为工部侍郎兼右都御史，总理河漕。
乌程人潘季驯，曾在世宗嘉靖四十四年（一五六五年）总理河道。穆宗隆庆四年（一五七〇年），黄河在邳州决口，再次受命治河，次年工竣。神宗万历五年（一五七七年）巡抚江西，次年，入刑部。河决为患，朝中议论不一。或主浚海口，或主复故道。潘季驯受命后，与督漕侍郎江一麟去实地观察水势。他认为，故道久湮，虽修浚恢复，深广也不能如今河。应该筑崔镇以塞决口，筑遥堤以防溃决，“淮清河浊，淮弱河强，河水一斗，沙居其六，伏秋则居其八，非极湍急，必至停滞，当藉淮之清以刷河之浊，筑高堰（高家堰）束淮入清口，以敌河之强，使二水并流，则海口自浚”。（《明史?潘季驯传》）于是上疏提出治河的六条办法：（一）塞决口以挽正河；（二）筑堤防以杜溃决；（三）复闸坝以防外河；（四）创滚水坝以固堤岸；（五）止浚海工程以省糜费；（六）寝开老黄河之议以仍利涉（《神宗实录》卷七六）。六策获准实行，至次年十月修筑工程结束。共筑高家堰堤六十余里，归仁集堤四十余里，柳浦湾堤东西七十余里，塞崔镇等决口百三十，筑徐、睢、邳、宿、桃、清两岸遥堤五万六千余丈，砀、丰大坝各一道，徐、沛、丰、砀缕堤百四十余里，建崔镇、徐升、季泰、三义减水石坝四座，迁通济闸于甘罗城南，淮、扬间堤坝无不修筑。此次全面治理后，接连数年，河道不再有大患。一五八〇年春，潘季驯因功加太子太保，进工部尚书兼左副都御史，同年秋为南京兵部尚书。
潘季驯依据治河的经验，反复研考，写成《河防一览》、《宸断两河大工录》等著作，提出许多有价值的治河理论。他的治河方法以束水攻沙为基本原则，即“缮治堤防，俾无旁决”，从而使水由地中，沙随水去。因为黄河之水“合则流急，急则荡涤而河澡，分则流缓，缓则停滞而沙积”（《明史?河渠志》）。为了贯彻这一原则，潘季驯非常重视河堤的修建。修堤方法有：“缕堤以束其流”，“遥堤以宽其势”，“滚水坝以泄其怒”。缕堤筑于接近河滨的地段，平时用来约束河水，使之奔流于河床之中。洪水到来后，流量太大，河床往往不能容纳，因而须事先离河二三里另外筑堤一道以防洪水侵及陆地，这便是“遥堤”。滚水坝是选择地势低洼而又地基坚实的地段，用石头建成，当洪水涨到一定高度时，洪水会通过减水坝宣泄一部分，贮于低洼地带，以免河床水量过多。由于减水坝由石头做成，因而不会被水冲溃造成灾害。潘季驯对于筑堤的方法也有总结，说：必真土而勿杂浮沙，高厚而勿惜巨费，让远而勿与争地，则堤乃可固。潘季驯的这些理论，是多年的实际经验，考索而得，在当时是难能而可贵的。
三、达赖封贡
张居正任首辅期间发生的又一重大事件，是俺答汗封赠达赖喇嘛和达赖向明朝遣使通贡请封。
蒙古俺答汗在明穆宗时接受王封，重开贡市，随即请求明廷派遣佛教僧人、授予佛经，以便在蒙古弘扬佛法。一五七二年，穆宗派遣藏族喇嘛去蒙古传教，各授僧官。神宗即位后，俺答汗再次请求佛经、佛像。神宗依王崇古之请，赏赐前此往蒙古传教的藏族喇嘛二人禅衣等物，又授在蒙古的藏族喇嘛九人僧官。一五七五年二月，明廷依俺答之请，遣通事（翻译）官一员，送藏僧四人前往蒙古。十月，俺答在丰州川建成寺院及呼和浩特城，请赐城名。明廷赐名为“归化”。一五七七年，又在青海察布齐雅勒建成寺院，明廷赐寺名为“仰华”。
与此同时，俺答汗也在向藏族地区约请高僧。藏书《安多政教史》记载说，藏族喇嘛阿兴向俺答汗荐举格鲁派高僧、哲蚌寺主锁南嘉错，俺答汗于一五七四年遣使往迎大师。次年锁南嘉错应邀北来。明《神宗实录》记万历六年（一五七八年）二月，“乌思藏阐化王男札泽藏卜差番僧来西海，见其师僧活佛（锁南嘉错）在西海为顺义王子孙等说法，..因托顺义王俺答代贡方物，请敕封”（《神宗实录》卷七二）。这年五月，俺答汗在察卜齐雅勒寺即仰华寺会见锁南嘉错，遵奉藏传佛教格鲁派（俗称黄教）。土默特等部众一百零八人皈依为僧。锁南嘉错将此次盛事比之于薛禅汗（忽必烈）之尊崇八思巴帝师。锁南嘉错为俺答汗奉上“咱克喇瓦尔弟（转轮王）彻辰（即薛禅，贤智）汗”称号，俺答汗赠予锁南嘉错“瓦齐尔达喇（执金刚）达赖（海）喇嘛”称号。依格鲁派活佛转世之制，锁男嘉错尊奉宗喀巴弟子根敦朱巴为一世达赖喇嘛，前哲蚌寺主根敦嘉错为二世达赖喇嘛，己为三世。俺答汗皈依藏传佛教后，宣布废除蒙古奴仆殉葬旧俗，烧毁魔道神像（萨满巫神），并宣布不再抢掠汉族和藏族。
一五七九年二月，张居正奏报，甘肃巡抚送来乌思藏僧人带来的锁南嘉错即三世达赖给他的书信一封，译文呈：“释迦摩尼比丘锁南坚错贤吉祥合掌顶礼朝廷钦封干大国事阁下张：知道你的名，显如日月，天下皆知有你，身体甚好。我保佑皇上，昼夜念经。有甘州二堂地方上，我到城中，为地方事。先与朝廷进本，马匹物件到了。我和阐化王执事赏赐，乞照以前好例与我。我与皇上和大臣昼夜念经，祝赞天下太平，是我的好心。压书礼物，四臂观世音一尊，氆氇二段，金刚结子一方有。阁下分付顺义王早早回家，我就分付他回去。虎年（一五七八年）十二月初头写。”（《张文忠公全集》奏疏八）张居正将达赖的信件译出奏报，并称所赠礼物不敢私受，恭候敕旨。神宗降旨：“宜勉纳所馈，以慰远人向凤慕义之诚”，并接受达赖的请求，给予封赏。
由于蒙古俺答汗通贡讲和，导致藏族达赖喇嘛遣使通贡请求封赏，进一步密切了明朝与藏族地区的联系。穆宗朝的俺答封贡与神宗朝的达赖封贡，实为明王朝的两件意义重大的事件，影响是深远的。
（三）神宗亲政与平定战乱
一五八二年，张居正死后，内阁大学士张四维继任首辅。神宗这时年已二十，遂亲自过问朝政，企图有所作为。
张居正实行新政，触及豪民权贵的利益，执政时已屡遭攻击和非议。他交通太监冯保，得到两宫太后的礼重，神宗也对他视如师保。神宗渐长，对张居正的专擅，渐有不满，被张居正罢黜的反对新政的言官，也在伺机报复。
张居正死后当年十二月，御史江东之弹劾司礼监太监冯保专擅威福、欺君蠹国及贪污受贿等十二罪，关连到张居正家人游七，涉及居正。神宗将冯保贬为奉御，安置南京。陕西道御史杨四知因上疏劾张居正“贪滥僭奢，招权树党”，神宗诏令“姑贷不究，以全终始。”次年正月，南京刑科给事中阮子孝又上疏弹劾张居正“各子滥登科第，乞行罢斥”。首辅张四维上疏代辩，说“居正诸子所习举业，委俱可进。惟其两科连中三人，又皆占居高第，故为士论所嫉，谤议失实”。（《神宗实录》卷一三二）神宗不听，自批“都教革了职为民”。三月，大理寺将查议冯保案有关人员的狱词送呈。神宗阅后，诏夺张居正上柱国太师等封号和谥号。言官群起上疏，弹劾张居正，并及居正荐引的官员。礼部尚书徐学谟，被劾党附居正，诏令致仕。辽东名将李成梁也被劾“附居正饰功”。兵部尚书张学颜疏辩成梁战功非妄，也因而被劾，自请致仕。驻守蓟镇的名将戚继光被调驻广州，抑郁而死。
明宗室荆州辽王宪■在穆宗时因奉道教被废。一五八四年四月，王妃奏陈张居正谋陷亲王，霸夺产业，势侵金宝。神宗命司礼监太监张诚前往荆州张居正家，查抄家产，籍没入官。居正长子敬修因被拷掠追查金宝，自缢而死。内阁首辅申时行与诸大臣合疏请缓，张居正死后调任刑部尚书的潘季驯上疏力救，诏留空宅一所，田十顷供养居正八旬老母。不久之后，潘季驯也被言官弹劾“党庇居正”落职为民。
原内阁首辅张四维于一五八三年四月因父丧归里，不久死去。申时行继任首辅，荐引吏部侍郎许国为礼部尚书兼东阁大学士入阁。自御史至给事中等言官，弹劾朝官，仍不休止。被张居正罢免又得复任的言官，自不免挟嫌报怨。新进的言官则以弹劾锋锐博取守正君子之名，冀得升进。都察院复参张居正，神宗诏定的罪名是“诬蔑亲藩，侵占王坟，钳制言官，蔽塞朕聪，私废辽王，假丈量田地，骚动海内，专权乱政”（《国榷》卷七十二）。张居正推行新政，恃有两宫太后的支持，不顾言官的反对，遇事专行当是事实。辽王妃的控告，触及宗室藩王的利益，更加激怒神宗。张居正籍没家产，史家认为，不及严嵩的二十分之一。（《明史纪事本末》卷六十一）但比起前朝首辅张璁的“持身特廉”，自不免相形见绌。言官弹劾他接受馈遗，当也有据。不过，神宗夺谥后，言官群起，迎合帝意，以投机取宠，弹章多有望风扑影，虚事夸张。沈德符《万历野获编》即指出“江陵（张居正）身后，攻之者寻敝索瑕，以功为罪”，又说：御史杨四知弹劾张居正贪侈，诸公子打碎玉碗玉杯数百只，这些事有谁见到？（《万历野获编》卷九，补遗卷二）御史丁此吕弹劾礼部右侍郎高启愚主持南京科试，曾出试题“舜亦以命禹”，是劝张居正篡位。神宗将高启愚削籍为民。内阁首辅申时行说丁此吕是“以暖昧陷人大逆”，吏部尚书杨巍请调丁此吕出朝。御史江东之、李植因首先弹劾冯保，得神宗信任，交章弹劾申时行、杨巍“阻塞言路”。申、杨上疏以辞官力争，神宗不得已，诏准杨巍之议，调丁此吕出朝。内阁大学士许国尤为愤慨，连上三疏求去，说：“昔日颠倒是非在小人，今乃在君子（指言官），党同伐异，罔上行私。”内阁诸臣与江东之为首的言官，逐渐形成对立。
明朝言官谏官之设，原为对皇帝行诤谏，对各级官员实行监督和纠察。但自世宗议大礼以来，朝官与言官结纳朋比，相互攻讦，弹章成为彼此攻击的工具。张居正死后，言官又掀起风浪，自诩为君子，以指摘官员瑕疵为能事，致使有大功者不能受赏，有小过即被迫辞官，朝中纷争动荡，难以正常施政。神宗也已看到言官的消极作用，曾在一个诏书中说：“言官论人，须当审事实，参详公论。若不谙事实始末，不分人品高下，辄肆诋诽，大臣将人人自危，岂成政体！”（《神宗实录》卷一三三）神宗亲政后，亲自批答奏疏，但由于追查张居正，仍不免轻信弹章，言官诋诽之风因而难以遏止。言官由攻击张居正，进而攻击居正荐引的官员，又进而攻击新任的阁部诸臣。神宗亲政的几年间，言官的弹章纷至沓来，朝官的抗辩，接踵而上。这些奏章又往往是空话连篇，强词夺理，真伪混杂。意在有所作为的年轻的神宗，陷入无休止地批览章奏和臣僚纷争之中，难以自拔了。
神宗显然受到豪门权贵的影响，在诏书中曾指责张居正丈量田地使海内骚然，但仍然继续实行官吏考成之法，改革赋役的一条鞭法也还在各地继续推行。神宗鉴于张居正的专擅，有意收揽大权，削弱内阁，但由于陷入朝臣纷争之中，有心勤政而难以勤政。亲政四年，便怠于政事。一五八六年秋，自称“一时头晕眼黑，力乏不兴”，宣示免朝。这年以后，即以多病调摄为名，很少上朝，也不再召见大臣。奏疏仍由神宗亲览，却往往“留中”，不作处理。皇帝独揽大权而又怠于政事，阁臣言官相互攻讦，明王朝的政局日益陷于纷乱昏暗之中。
神宗怠政以来的几年间，青海、宁夏和四川播州等边境地区即相继爆发了反明的战乱。
一、青海蒙古之乱
被称为鞑靼的蒙古诸部，自达延汗死后，由其子孙后裔分别统领，划地而牧。俺答汗雄踞河套及土默特，最为强盛。俺答汗与明朝实现封贡，边境大体安定。一五八一年，俺答汗病死、年七十七岁。子辛爱黄台吉嗣位称彻辰汗。一五八三年，明廷敕准袭封顺义王。两年后病死，子扯力克继汗位，明廷再封顺义王。俺答汗晚年，军政大事均由出自阿尔秃斯的次妻三娘子（原名不详）参与处置。辛爱与扯力克先后收继三娘子为哈敦，佐理国政、与明朝修好。明廷敕封为忠顺夫人。《明史?鞑靼传》说她主兵柄，部众畏服，“自宣大至甘肃不用兵者二十年”。
俺答汗占据西海后，由其子丙兔驻牧，守护仰华寺。一五八八年，丙兔子真相，进据青海莽剌川。达延汗第四子巴尔苏博罗特的后裔火落赤驻青海捏工川，联络巴尔苏的另一支后裔、驻牧阿尔秃斯的卜失兔起兵反明。一五九〇年六月，真相、火落赤等率四千骑攻入明境，围攻旧洮州古尔占堡。明兵来战，蒙军四散。明岷洮副总兵李联芳分兵追逐，陷伏身亡。把总、千总以下多人战死。火落赤得势，又邀约顺义王扯力克率三千骑渡河，至临桃以张声势。声言向明境进攻。七月，火落赤攻掠河州，明临洮总兵刘承嗣抗御失败，伤亡甚众。蒙军攻掠二十余日，西陲震动。神宗不得不召见阁臣问计。内阁诸臣对边事均不甚了了。首辅申时行请推一大臣经略。神宗命兵部会推，遂以曾任宣大山西总督的兵部尚书郑洛为右都御史经略陕西四镇及宣大山西边务。八月，敕谕暂停顺义王扯力克的市赏二十万两。
郑洛受命西行，十月又奉敕兼任陕西总督。十一月，郑洛至兰州，奏报说：火落赤等的相犯，是以莽剌和捏工川为据点，河套声援是由甘肃入青海。因晓谕不准径行塞内，否则督兵堵截。次年正月，郑洛督军在甘肃水泉营边墙，截击卜失兔部，斩首八十八级，获得全胜。蒙兵五千七百余帐，被逐出塞外。二月，郑洛遣总兵尤继先率兵至莽剌川，大败火落赤部，斩首五百余级。火落赤、真相北逃。郑洛招谕顺义王扯力克北归。三月，扯力克离西海北归，向明朝谢罪，请复贡市。郑洛自西宁入青海追击残敌，召回当地藏族等居民八万余人复业。又在西宁布署防戍后还朝。
郑洛出兵，获得全胜，明廷议功，加少保。言官又群起攻击，指摘郑洛放归顺义王，是没有“除凶雪耻”，欺罔误国。郑洛被迫称病辞官归里。
二、宁夏之乱
青海战乱之后，随即爆发了宁夏副总兵哱拜父子的反乱。
谈迁《国榷》称哱拜为“黄毛虏”，当是黄头回鹘，即今裕固族人。嘉靖时投明，为都指挥使，进参将。一五八九年，以副总兵致仕，子承恩袭职，为宁夏卫指挥。一五九一年，郑洛调集宁夏驻军去甘肃平乱。宁夏巡抚党馨命指挥土文秀率千人往援。哱拜自请率子承恩从征。平乱后，党馨不为哱拜叙功，而核查他冒粮之罪。土文秀及哱拜义子哱云等也因未得升赏，心怀不平。承恩因强娶民女被党馨杖责，更加怨愤。一五九二年二月，党馨与督储道兵备副使石继芳克扣应发兵士三年的冬衣布花银，只给一年。党馨曾被张居正指为“刻而且暴”，诸军久怀怨恨。哱拜遂唆使军锋刘东旸、许朝等起事，杀党馨及石继芳。总兵官张惟忠自杀。刘东旸自称总兵，承恩、许朝为副总兵，哱云、土文秀为左右参将，共奉哱拜为主。总督尚书魏学曾遣使招降，刘东旸等要求世守宁夏。
哱拜部下连续攻掠中卫、广武，明守臣或降或走，河西四十七堡相继陷落。叛军渡河，指向灵州。三月，总督魏学曾命副总兵李昫代摄总兵官进军平乱，收复河西诸堡。哱拜父子向河套地区的鞑靼卜失兔部求援。卜失兔率三千骑来宁夏，与哱拜合兵。哱云引卜失兔攻平虏堡。明伏兵射死哱云，卜失兔败逃出塞。明援军到来，兵分六路，包围宁夏镇城。叛军坚守，不能下。四月，明廷自宣大调任李成梁之子李如松为提督陕西军务总兵官，浙江道御史梅国桢监军，领兵来援。又任朱正色巡抚宁夏，甘肃都御史叶梦熊协力平乱。五月，明廷特赐总督魏学曾上方剑，违令者立斩。六月，叶梦熊自甘州携带神炮火器四百车至灵州。浙江巡抚常居敬募兵千人，自办军粮，来援宁夏。梅国桢、李如松统领辽东、宣大山西兵来聚集。明军声威大振。明军攻宁夏城月余，仍不能下，七月，魏学曾被劾免职，由叶梦熊代为总督，仍持剑督军。
叶梦熊下令决黄河水淹灌宁夏城，又派人去乱军施计离间。九月，刘东旸、许朝诱杀土文秀，哱承恩又诱杀刘、许，斩首悬挂城上，开城投降。哱拜自缢而死。叶梦熊、朱正色、梅国桢等率部进城，尽杀哱拜部下降人二千，押送哱承恩至京师处死。
明廷此次平乱，调集北南军兵，历时半年，付出了沉重的代价。宁夏城被围，城中乏食，死亡无数。叶梦熊决河灌城，城外水深八九尺，居民付出的牺牲，也是巨大的。
三、播州杨应龙之乱
明属四川的播州（遵义），处在四川与贵州交界地带。唐代曾被南诏国彝族占领，太原人杨端夺取其地，世代占有，至明初已传袭二十一世。明太祖灭夏国，杨氏降明。明朝建播州城，在当地实行土司制度，设宣慰司，杨氏世袭宣慰使，统辖草塘、黄平西安抚司，真州、播州、余庆、白泥、容山、重安六长官司。杨姓以外共有七大姓均与杨氏结为姻亲，世袭各级土官。
穆宗隆庆五年（一五七一年），杨应龙袭职为播州宣慰使，成为杨氏第二十九世土司。明廷加授他都指挥使衔。杨应龙对播州各族人民的统治极为残酷，茅瑞徵《万历三大征考》说他“在州专酷杀树威，有小睚眦即杀害，人人惴恐”。并且渐轻朝廷，居室用龙凤，又违制擅用宦官。
一五九〇年，贵州巡抚叶梦熊疏论应龙凶暴诸事，巡按陈效历数应龙二十四大罪上奏。明廷正调播州土兵去协守松潘，四川巡按李化龙上疏请暂免斟问，候应龙戴罪图功。杨应龙妾田雌凤，谋杀嫡妻张氏，妻叔张时照与所部何恩、宋世臣等上变，告杨应龙谋反。贵州巡抚叶梦熊主张立即派兵征剿，四川士大夫纷纷为其说情，认为“蜀三面邻播，属裔以十百数，皆其弹压，且兵骁勇，数赴征调有功，剪除未为长策”。（《明史纪事本末》卷六十四）四川巡抚、巡按也都主张招抚。朝廷命黔蜀两省会同查问。杨应龙愿赴蜀，不赴黔。一五九二年，杨应龙到重庆接受审讯，论法当斩。明廷随后又命释放。
万历二十一年（一五九三年）正月，巡抚都御史王继光到重庆，严提勘结，杨应龙抗不复出。王继光一意主剿，与总兵刘承嗣、参将郭成等议分三军并进。在娄山关一带地方，明军战败，都司王之翰所部被杀伤大半，只得撤兵。
次年三月，明廷以兵部侍郎邢玠总督贵州。一五九五年邢玠到四川招抚，准杨应龙输四万金赎罪，又以重庆太守王士琦为川东兵备使，防备杨应龙。
杨应龙对明廷输金赎罪，暗中却积蓄力量，图谋割据称王，令州人称己为千岁，子朝栋为后主。（李化龙《平播全书》卷四）分遣土目置关据险，设立巡警，劫掠屯堡。又厚抚苗族兵士，用以摧锋，名为“硬手”军。
杨应龙经过几年准备，一五九八年十一月起兵攻掠贵州洪头、高坪、新村诸屯。又侵湖广四十八屯，阻塞驿站。次年二月，贵州巡抚江东之命都司杨国柱等率兵三千进剿，大败，杨国柱战死。明廷闻讯大惊，任都御史李化龙兼兵部侍郎节制川、湖、贵三省兵事，并增调浙江、福建、云南、广东等地部队前去会剿。
六月，杨应龙乘明兵尚未会集，攻陷綦江。他退屯三溪，以綦江之三溪、母渡，南川之东乡坝，立石为播界，号“宣慰官庄”。
明神宗得报綦江失守，罢免原四川、贵州巡抚谭希思和江东之，命总督李化龙便宜征讨。
一六〇〇年春，各路明军陆续抵达川贵两省，李化龙急速部署出剿，分八道进兵。四川方面分为四路，总兵官刘綎由綦江，总兵官马孔英由南川，总兵官吴广由合江，副将曹希彬由永宁。贵州方面分为三路，总兵官童元镇由乌江，参将朱鹤岑由沙溪，总兵官李应祥由兴隆。湖广方面一路，分两翼，总兵官陈璘由偏桥，副总兵陈良玭由龙泉。每路有兵三万，由官兵与各土司兵组成。
杨应龙认为明军八路，以刘綎部最为精锐，命子朝栋率劲兵迎击，被刘綎军战败，各路明军乘势猛攻，四川方面攻下形势险要的娄山关。贵州、湖广出发的明军，攻下乌江一线，逐渐缩小了包围圈。到五月十八日，八路明军会集于遵义北的海龙囤下，分批猛攻。海龙囤是杨应龙的老巢，地势险峻，直到六月五日才被攻下。杨应龙自缢死。其子朝栋，弟兆龙等被俘，解至京师处死。
明军自出师到平定杨应龙，前后历时一百十四天，斩杀甚众。当地各族人民由于杨应龙的叛乱遭到惨重的灾祸。乱平之后，明廷在播州地区实行“改土归流”。废除土司的世袭制度，改依内地地方官制，由明廷直接派遣官吏“流官”统治。原属四川省的播州地区设置二府二州八县。遵义府属四川，下辖真安州及遵义、桐梓、绥阳、仁怀四县；平越府属贵州，下辖黄州及余庆、瓮安、湄潭三县。改土归流后，遵义、平越二府加强了与周邻地区的联系，促进了各族人民之间的经济文化交流，对于当地的开发与进步，还是有益的。（清雍正时，遵义改属贵州省）
（四）反抗外国侵略的斗争
一、援助朝鲜、抵抗日本的侵略
明神宗即位以来的二十年间，与周邻各国大体保持着安静的局面，并无大的战事。万历二十年（一五九二年）日本国出兵侵略朝鲜，明廷援助朝鲜，展开了抵抗日本侵略的大战。
日本战国群雄，经过近百年的战争，到十六世纪五十年代基本上实现了地域性的统一。各地霸主相互争夺全国的统治权。一五六八年九月，控制尾张国的织田信长率军进入京都。一五八二年六月，织田信长家臣明智光秀发动叛乱，信长自焚。信长的部将羽柴秀吉（即丰臣秀吉，《明史》称为平秀吉）得知织田信长自焚的消息，立即率军四万向京都挺进，在山崎、八幡之间的淀川河谷地带大败明智光秀军。明智光秀切腹自杀。羽柴秀吉继承信长的事业，于一五八四年与冈崎领主德川元康结盟，完成了全日本的统一。一五八五年日本天皇任命他为“关白”（摄政），又兼太政大臣，赐姓丰臣。
丰臣秀吉统一日本后，积极向外扩张，储备军粮、战船，策划侵略邻国朝鲜。
朝鲜李朝国王，自明成祖时接受明朝的王封，岁时入贡，与明朝进行互市贸易，一直保持着正常的关系。明廷得知日本的侵略策划，即转告朝鲜预作戒备。
一五九二年初，丰臣秀吉正式发布命令，出征朝鲜。侵朝日军共计十八万余人，舟师数百艘，分为九军。第一军由小西行长率领，渡对马海峡，四月十二日在朝鲜釜山登陆。加藤清正率领的第二军和黑田长政率领的第三军等相继到达釜山。
日军占领釜山后，分兵北犯，朝鲜承平日久，军兵虚弱，连续溃败。日军占领王京（汉城）后，进而攻占平壤。朝鲜王子被俘。在三个月时间里，日军几乎占领了朝鲜全国。朝鲜国王李昖逃到义州，遣使向明朝告急。
明廷得报，不知军情虚实，只派副总兵祖承训、辽东游击史儒统兵三千余去朝鲜作战，史儒战死，祖承训只身逃回。
败报传来，明朝君臣大为震动。神宗即命兵部右侍郎宋应昌为经略备倭事宜，继调提督陕西总兵官李如松为提督蓟辽等处防海御倭总兵官前往支援。李如松原籍朝鲜，高祖英迁居辽东，任为铁岭卫指挥佥事。父李成梁，镇辽二十二年，战功显赫。十一月，李如松自宁夏来到东征军中，部署军事。十二月二十五日，率四万余人，誓师渡鸭绿江。次年一月六日，抵达平壤城外。
平壤东南临江，西枕山徒立，迤北牡丹台高耸，地形险要，易守难攻，日军筑设炮台，有鸟铳等新式火器。李如松指挥攻城，城上日军炮矢如雨。明前锋军士稍有退却，李如松手斩一人，挺身直前。李如松坐骑被击毙，换马再战。李如松弟如柏被铅丸击中盔顶，仍继续奋战。部将吴惟中被铅丸击中，鲜血流淌，也仍然奋呼督战。经过激烈战斗，明军终于从平壤小西门、大西门突入，日军退保风月楼，夜半渡大同江南逃。
明军与朝军收复平壤后，乘胜追击，一月十九日，李如柏收复开城。继而收复平安、黄海、京畿、江源四道。日军大部退屯王京。
李如松连战皆捷，产生轻敌思想，二十七日以轻骑趋碧蹄馆，离王京三十里，突然遭到数倍于己的日军围攻，损失士兵几百名。明军退回开城。李如松探听到日军在龙山仓积储军粮数十万，就密令部将查大受选勇士深入敌后纵火烧粮。
日军连战皆败，军粮被焚，又染疾病，士气低落，无法再战。日军主帅小西行长写信给明游击沈惟敬，试探明朝战和意向。这时，明军已调集刘綎的川军和陈璘的水师，准备继续作战。经略宋应昌派遣游击周弘谟同沈惟敬去日军谈判，要日方“献王京，返王子，如约纵归”。（茅瑞徵《万历三大征考》）日军于四月十八日撤出王京，退到釜山一带。于是汉江以南，千有余里的朝鲜故土都被收复。
明军援朝抗倭战争即将取得完全胜利之际，兵科给事中侯庆远上疏说：“窃怪我与倭何仇也。诚不忍属国之翦复，特为动数道之师，挈两都而手授之，..我之为朝鲜亦足矣。”“全师而归，所获实多。”（《神宗实录》卷二六一）神宗传谕撤兵。兵部尚书石星也一意主和，只留刘綎的川兵进行防守，其他各镇兵全部撤回国内。
丰臣秀吉以和议为缓兵之计，留驻朝鲜釜山的日军始终未撤。万历二十五年（一五九七年）正月又发动水陆军十四万余人，再次侵入朝鲜。
明廷以兵部尚书邢玠为总督，佥都御史杨镐为经略，麻贵为提督，再次赴朝抗倭。明军抵达朝鲜后，麻贵统率诸军驰赴王京，这时日军已入庆州，据闲山岛，围南原。八月，南原、金州相继失陷，日军紧逼王京，麻贵派兵扼守汉江，另派副总兵解生守稷山，朝鲜都体察使李元翼出忠清道，袭击日军。解生于稷山挫败日军，参将彭友德也在青山获胜。日军行长所部退屯井邑，清正所部退屯庆州，又都退到蔚山。
十二月间，邢玠、杨镐和麻贵共同商议进兵方略：“分四万人为三协，副将高策将中军，李如梅将左，李芳春、解生将右，合攻蔚山”。李如梅部游击摆寨以轻骑诱败日军，清正所部退保岛山，于城外复筑三寨进行防守。裨将陈寅身先士卒，冒弹矢勇呼而上，砍栅两重。杨镐妒嫉裨将立功，鸣金收军。日军乃闭城不出，坚守待援。明军包围十昼夜，不能攻克。万历二十六年（一五九八年）正月小西行长救兵骤至，杨镐惧战逃奔，诸军相继，死亡近二万人。明军全部撤回王京，明廷罢免杨镐，以天津巡抚万世德为经略。
总督邢玠接受前一战役缺乏水军的教训，招募江南水兵，增强军事力量。二月，邢玠分兵四路，中路李如梅（后以董一元代），东路麻贵，西路刘綎，水路陈璘，各守信地，相机行动。当时日军分三路驻扎，东路清正，据蔚山。西路行长，据粟林、曳桥，建砦数重。中路石曼子，据泗州。九月，明军分道进兵，互有胜负。十月，福建都御史金学奏报“七月九日平秀吉（即丰臣秀吉）死，各倭俱有归志”。明军乘势加紧发动进攻。十一月十七日夜，清正发舟先走，麻贵遂入岛山、西浦。刘綎攻夺曳桥，明军总兵陈璘率水师一万三千余人，战舰数百艘，分布忠清、全罗、庆尚诸海口。刘綎进攻行长，围攻顺天大城，陈璘以舟师夹击，焚日船百余。石曼子西援行长，陈璘邀击于半洋，杀石曼子。日军企图从海上逃走，副总兵邓子龙和朝鲜统制使李舜臣，统率水军邀击于釜山南海，大败日军。邓子龙年逾七十，意气风发，直前奋击，日军死伤无算。朝鲜李舜臣曾在日军第一次侵略朝鲜时，率领铁甲龟船，多次打败日本水军，获得辉煌胜利，牵制了日军的行动，为以后中朝联军反击战的胜利奠立了基础。这次海战中，他与邓子龙密切配合，打击日军，击碎和烧毁敌船多艘。在作战中，李舜臣与邓子龙都壮烈战死。这次海战，明军与朝鲜军共歼敌万余人，取得了抗倭战争的最后胜利。
次年闰四月，邢玠班师，留偏师暂驻朝鲜。神宗以朝鲜事平，下诏宣告，朝鲜遣使贡谢。神宗回赐彩币，诏谕朝鲜国王李昖：“吾将士思归，挽输非便，行当尽撤，尔可亟图。务令倭闻声不敢复来，即来亦无复足虑”。（《神宗实录》卷三三四、朝鲜李朝《宣祖实录》卷十九）日本丰臣秀吉于一五九八年七月病死，部下分为东西二军。德川家康（元康）击败丰臣西军，一六〇三年在江户设立幕府执政。次年，遣使去朝鲜。丰臣氏家族败灭，日本与朝鲜又恢复了聘使往来。
二、澳门之争与天主教的传播
神宗万历时，葡萄牙殖民者继续在澳门扩展其势力，来澳门者多至万余人。神宗即位后，即向澳门的葡萄牙商船抽取舶税。每年可得税银二万余两。葡人居住澳门，每年贿赠明朝官吏银五百两，其后转归官府，形成地租。明廷因有利可得，遂听任澳门被葡人租占。广东居民则掀起了反侵略的斗争。
一五八一年（万历九年），西班牙国王兼为葡萄牙国王，葡萄牙事实上被西班牙所兼并，又与荷兰殖民者发生冲突。一六〇一年，派出战舰两艘，装备大炮，驶入澳门港外，自称与中国通贡市。葡方记载说，葡人曾拘捕并处死荷兰人多人。《明史?和兰传》说，明税使李道召其首领入广州城游一月，未敢奏闻。一六〇三年，又有荷兰船舰炮击澳门，焚掠商船。次年，荷兰遣使求贡市，未获允准，派军舰来攻，在澎湖海上遇明朝福建水师，退走。荷兰遂转向漳州求通贸易，并进而侵占台湾岛，在台湾“筑室耕田，久留不去”。（《明史?和兰传》）一六〇五年，葡人借口防备荷兰来袭，不得中国允准，即在澳门修筑炮台等工事，以图长久占据。
一五七四年，葡萄牙的耶稣会士范礼安等传教士四十一人，曾自葡来澳门，企图进入中国内地传教，未获允准。一六〇六年，范礼安病死澳门。意大利籍的耶稣会士郭若静遂在澳门西北隔海的小岛青州建筑墙高六、七丈的耶稣会礼拜堂。犹如堡垒，作为传教的据点。香山知县张大猷请毁去墙垣，不成。香山居民遂携带竿矛，冲入青州岛，将教堂焚毁。当时传说郭若静将据地称王。澳门中国居民纷纷迁往广州。广州城内戒严，澳门商业贸易停顿。葡萄牙殖民者居住澳门，生活需用均靠当地居民供给。青州教堂事件发生后，葡萄牙殖民者被迫派遣代表去广州，陈述传说虚诳，又向官吏行贿，以平息事态。（冯承钧译费赖之《入华耶稣会士列传》）次年，番禺举人卢廷龙入京会试，上疏请驱逐澳门番人出居浪白外海，就船贸易，交还壕境澳故地。明廷因“事亦难行”，予以搁置。自一五九八年起任广东总督的戴耀，因见有宝货之利，对葡人多有纵容，遇事或佯禁而阴许。一六一〇年，江西万安人张鸣岗接替戴耀，继任两广总督。一六一四年上疏陈述澳门事，说：“有谓宜剿除者，有谓宜移之浪白外洋就船贸易者，顾兵难轻动。”他认为：“壕境在香山内地，官军环海而守，彼日食所需，咸仰于我，一怀异志，我即制其死命”，“似不如申明约束，内不许一奸阑出，外不许一倭阑入，无启衅，无弛防，相安无患之为愈也。”（《明史?佛郎机传》）疏上，被明廷采纳。张鸣岗书中所说“外不许一倭阑入”，是指葡人役使倭奴，引起明朝的注意。同年，两广制定“海道禁约”，在香山县刻石立碑，内列禁畜养倭奴，禁买人口，禁兵船骗饷（舶税），禁接买私货，禁擅自兴作房屋亭舍，如有违犯，即行治罪（康熙《香山县志》）。此后，又在澳门附近的雍陌设参将，领兵千人扎营驻守。
澳门被葡人租占后，不仅成为商业贸易的基地，也还是欧洲传教士来华传教的前站。一五七九年，意大利传教士罗明坚来澳门，学习中国语文，次年，去广州，向两广总督馈赠礼物。一五八二年，又获准去肇庆传教。一五九〇年回国。意大利贵族出身的传教士利玛窦曾同罗明坚在肇庆传教，苦学中国语文。一五八九年移居韶州，以后又到过南京、北京与南昌等地。一五九六年，被教廷任命为耶稣会在华会长。一六〇一年，偕同西班牙传教士庞迪我再次到达北京，向明神宗贡呈珠嵌十字架、自鸣钟及《万国图志》，得神宗嘉赏，获准留住京师。利玛窦研习中国儒学，得以与明朝官员和士大夫交往。撰述天文、数学、地理、语言学等方面的著述多种，为在中国传播西方的科学知识作出了贡献。一六一〇年病死于北京。意大利传教士龙华民继任耶稣会在华会长。
万历时，先后来中国的西方传教士还有葡萄牙人麦安东、孟三德、费奇观、罗如望、李玛诺，意大利人石方西、熊三拔等。他们在中国都用汉语姓名，以便交往。一五八三年，利玛窦在广东肇庆，开始接收中国信徒一人。一六〇三年，各地的中国教徒有五百人。一六一七年多至一万三千人。明朝末年，发展到三万八千余人。元代景教徒多是色目人和蒙古人，正式奉教的汉人，史不多见。明神宗万历时，耶稣会士经澳门来内地传教，天主教才在汉族居民中传播。