一、经济综合管理部门陷入半瘫痪
“文化大革命”爆发后，国务院各工作机构在坚持业务工作的同时，进行“文化大革命”。由于担心国民经济被冲击，周恩来多次提出制止运动波及经济领域的指示。在其建议下，1966年7月2日，中共中央、国务院发出《关于工业交通企业和基本建设单位如何开展文化大革命的通知》。通知要求这些企业单位要在保证完成生产任务的条件下，结合“四清”运动，分期分批开展“文化大革命”。7月22日，中共中央、国务院又联合发出《关于工交企业和基本建设单位如何开展文化大革命运动的补充通知》，再次强调“这次文化大革命的重点是文教部门和党政机关”，“县以下单位、基本建设单位、设计单位以及科研单位，应把文化大革命和四清运动结合起来，分期分批进行。”
11月16日，党中央指示由谷牧、余秋里主持召开五部（冶金、水电、铁道、化工、机械）、七市（京、沪、津、沈、哈、汉、穗）及各大区有关负责同志参加的工业交通座谈会，讨论工交企业“文化大革命”的问题。参加座谈会的同志在发言中，均主张分期分批搞“文化大革命”，反对全面铺开；不赞成在工人中建立联合造反组织和在工交企业间开展串连；要求正确处理好革命和生产的关系。
但是，随着主持一线工作的刘少奇、邓小平等领导人被打倒，国务院各部门领导也作为“走资派”纷纷被“炮轰”“火烧”，几无幸免。到1966年底，多数工作机构受到冲击，不能坚持正常工作。1966年的最后一天，中央广播事业局被“造反派”组织“毛泽东思想战斗团”夺了权，首开国务院各工作机构夺权先河。运动逐渐超出了控制的范围，“造反派”朝着进一步激进的方向发展。
12月9日，中共中央发出《关于抓革命、促生产的十条规定（草案）》，供讨论和试行。《规定》除在原则上重申抓革命、促生产的方针，要求工人坚持八小时工作制、遵守劳动纪律、完成生产定额、保证产品质量外，重点强调：群众要自己教育自己；在业余时间里每周除讨论一次生产问题外，其他搞“文化革命”；由工人群众认真讨论健全或改选领导生产的班子；有问题在本单位协商解决不了的，可向上级机关反映，特别必要的时候也可派少数代表来京反映；工人群众有建立革命组织的权利，“文革”要坚持文斗，不要武斗；各单位工人群众之间、工人群众组织之间，可以在业余时间在本市进行串联；学生可以有计划地到厂矿，在工人业余时间进行串联。并明确指出：对工人的造反、上访、串联等活动，不许厂矿领导打击报复，不准克扣工资，不许开除职工；被打成“反革命”的工人，必须平反；被迫离开工厂的工人，必须允许他们回厂参加生产，离厂时的工资应该照发。15日，中共中央又发出《关于农村无产阶级文化大革命的指示（草案）》。这两个文件的发布，打破了周恩来等人力图把动乱阻挡在经济战线之外的愿望，实际上是公开允许和鼓励工矿企业和广大农村开展“文化大革命”。
随着“造反派”夺权，大多数领导干部遭到迫害，国家机关工作陷入瘫痪半瘫痪状态。1967年2月21日，《中共中央关于军委1月28日八条命令的说明》明文规定：国防工业各部、公安部、外交部、计委、经委、建委、科委、财政部、各级银行、新华社、广播事业局，都应以本机关的无产阶级革命派为主进行夺权斗争。于是，中央政府机关相继被冲垮，大批领导干部被揪斗打倒，有的领导干部不知去向，国务院各部门领导班子大多陷于瘫痪，国务院的办公制度被打乱，经济工作不能正常运转。1967年4月6日，周恩来接见国家计委、经委、建委造反派代表时说：经济战线上现在抓工作的连我只有五个人嘛！ (16) 由于夺权的冲击，1967、1968两年的年度计划没有编，统计数字也没有了，计委形同虚设。 (17)
在这种情况下，周恩来多次提出成立国务院业务小组的建议，以便领导全国经济工作，保持国民经济正常运转。1967年2月2日，周恩来致信陈伯达、江青并中央文革小组，提议：每星期一、三、五晚上在中央文革小组办公驻地钓鱼台召开碰头会，以文革为主，我参加，讨论形势和政策及有关文件草案；每星期二、四、六下午在怀仁堂或国务院会议室召开碰头会，以政治局常委周恩来、陈伯达、康生、李富春为主，副总理陈毅、李先念、聂荣臻、谭震林、谢富治和军委副主席叶剑英参加，并请中央文革小组派人出席，讨论党政业务问题。 (18) 过了几天，周恩来在向毛泽东汇报工作时，特别提到了国家经济稳定的问题。他提议，新建立的各级领导班子，在内容和形式上都要保持连续性才好。周恩来在汇报中还说，现在国务院不能正常工作了，可以考虑成立中央业务小组，代行国务院的职权。对此，毛泽东也表示同意。
经过半年多的艰难酝酿，1967年九十月份，国务院业务小组最终批准成立， (19) 成员有周恩来、李富春、李先念、余秋里、谷牧和杨成武六人。业务小组的成立，对于掌握全国局势不致陷入不可收拾的地步，起到了无可替代的作用。在政局混乱情形下，周恩来与尚未被打倒的几位副总理只能苦撑经济残局。国务院业务小组成立初期，组长是周恩来，没有设副组长，日常工作以李富春为主，李先念协助。业务小组的主要工作，是讨论处理国民经济运转中遇到的一些重要问题和日常工作，工作范围主要是指导经济工作。但从成立后前两年的运转情况来看，活动时断时续、工作时强时弱，随政治局势跌宕而起伏。
鉴于造反行动越来越猛、部委局面日益失控的状况，1967年5月27日的中央常委碰头会上，通过了《关于对国务院××部（委）实行军事管制的决定（试行草案）》。决定指出：国务院各部（委）经过今年领导革命、监督业务的夺权斗争后，现在大多数单位的革命造反派均已分成两派，互相斗争，影响业务和生产甚大，势非实行军管不可。次日，毛泽东批准了这个决定，国务院一些部（委）陆续成立军管会或军管小组。31日，首先对铁道部、交通部实行了军管。从1968年开始，整个政府机关便被控制在了军事管制之下，国家计委也不例外。实现军管后，结合老干部、军队代表，共同组成了新的领导班子，建立革命委员会，实行所谓的“一元化”领导，党政不分，革命委员会既是党也是政。国家计委曾经最多时拥有超过5000名工作人员，经此冲击后一下子压缩到600余人，其他干部大多被下放到农村和工厂，或者被送到“五七”干校接受再教育。1969年，干脆把国家计委搬到了湖北襄樊，搞农业生产去了，大批资料被烧毁，只留下十几个人组成一个计划起草小组，帮助周恩来应付一些日常事务。计划工作遭到一次空前的浩劫后，国民经济综合管理部门实际上陷入瘫痪状态。
为弥补综合经济部门调整所带来的管理空白，李富春提出加强国务院业务组的建议。1968年9月9日，国务院业务组在关于国务院直属口办事机构调整问题的报告中提出：设置国务院值班室，作为国务院业务组的办事机构，负责行政业务接洽和同各部委军管会、军代表的联系，工作人员暂定为19人。1969年4月中共九大召开之后，鉴于党中央领导成员和国务院副总理人员发生巨大变化，国务院业务组也必然要做相应调整和改组。7月3日，周恩来将中共中央政治局有关成员会议上商议的中央和国家机关精简方案设想写报告给毛泽东。其中，国务院业务组拟由周恩来、谢富治、李先念、纪登奎、李德生、李富春、余秋里、粟裕、苏静九人组成，周恩来为组长，李先念、纪登奎为副组长，李震、邱国光、刘西尧列席。毛泽东当日批示“原则同意”。 (20) 由此改组后的国务院业务组正式成立。
新组建的业务组和原来的相比，一是成员增加了；二是工作范围和任务几乎包括了国务院的各方面工作；三是由于周恩来工作繁重，业务组开会讨论问题往往不能出席，业务组的日常工作以李先念为主、纪登奎协助。实际上，国务院业务组开始起着国务院常务会议的作用了。此后一直到1975年四届全国人大召开前，国务院业务组就在周恩来的领导下，顶着重重压力，处理国务院日常工作，讨论和决策国民经济建设重大问题，勉强组织国民经济的运转。
1970年6月22日，中共中央批准国务院《关于国务院各部门建立党的核心小组和革命委员会的请示报告》，对国务院系统进行大改组、大精简。经过撤并压缩，国务院部委机构由原来的90个精简为27个，各部委干部编制总数压掉82％，27个部委干部只留下原来干部编制总数的18％， (21) 其中，国家计划革命委员会由原来的国家计委、经委、国务院工交办、国家物委、物资部、地质部、劳动部、统计局、中央安置办公室九个单位合并而成。许多部并入国家计委，在政治动荡环境下新旧势力倾轧严重，人事关系很复杂，导致原来的工作秩序被打乱，国民经济综合管理工作仍然处于虚置状态。